Роман викликав жваву дискусію в критиці й серед читачів. Загалом же критика прихильно оцінила його. Г. Скульський у книзі «Доля героїв» писав (с. 86): «По яскравості опису гімназичного побуту, по майстерності деталей, по тонкому гумористичному зображенню окремих картин, по вмінню одним-двома штрихами створити основи характерів повість «Наші тайни» лишається кращим твором Юрія Смолича, кращим на цьому матеріалі художнім твором. 1 все ж книга має цілком істотні і серйозні недоліки». Критик указував на деяку розтягненість окремих епізодів, більш переконливе змалювання негативних образів (Репетюк, Бронька, Кульчицький, Воропаєв), ніж позитивних (Сербин, Макар, Зілов). Особливо різко писав Г. Скульський про образ Мірель: «Цілком непотрібний в повісті образ Мірель. Вся ця лінія зі спробою врятувати «заблудлу душу» проститутки є копією із подібних же історій в «Студентах» Гаріна і «Яме» Купріна. Крім усього іншого, в зв'язку з передачею всяких «пікантних» подробиць, з'явились у повісті місця, що навряд чи можуть бути зразком літературних описів, місця, які цитувати просто не хочеться. Нагадаємо читачеві «любовний» зв'язок Кульчицького з Мірель і Сербина — з сестрою-жалібницею» (с. 88).
Уже в наступних виданнях роману письменник фактично дав нову його редакцію. Врахувавши критичні зауваження, Ю. Смолич докорінним чином змінив образ Мірель, обставини її життя, стосунки з «командою футболістів». Було знято розповідь про любовні пригоди гімназистів на селі, сцени спокутування директора гімназії Мірель за намовою гімназистів, Катрі Крос — Бронькою Кульчицьким, самогубство Мірель. Ті думки і почуття, які перед пораненням відчув Шая Піркес, письменник передав Катрі Крос. Назву розділу «Кол-нідре» у другій редакції було замінено на «Про що співала скрипка», а розділу «Хто був Гоголь?» — «Під двома прапорами». Ю. Смолич у другій редакції зняв підрозділи «Що думають про себе німці», «Німецькі варварства» і ми», які йшли перед підрозділом «Ми горлаємо «ура!» пошепки»; «Запитання повторюється», «Загадки» — перед підрозділом «В задньому покою»; «Еще дер лерерін дер дойтшен шпрахе» — перед підрозділом «Перший наряд», «Справжня любов» — перед підрозділом «Останні гімназисти».
Не зразу письменник знайшов потрібні художні фарби для образу Пірксса. Готуючи повторні видання, Ю. Смолич грунтовно його переробив: зняв нотки жертвепості, душевної надломленості, притаманні Піркесу в першому виданні (було вилучено подробиці погрому в кишенівському гетто, де загинули Шаїні батьки, роздуми про батьківщину, музику, дещо змінено взаємини з Мірель). Його характер у новій редакції став більш цілісним. З книжного героя, що несе на собі печать якогось фатального прокляття, Шая перетворився на справді живого юнака.
У новій редакції Ю. Смолич посилив мотив засудження хитань Сербина. Як зізнавався письменник, «… автор не зовсім вірно змалював його в першій редакції роману. Автор надто поблажливо поставився до м'якотілості Сербина та його непевності в вирішенні для себе соціальних питань… Так оцінювали поведінку Сербина і його власні товариші, які в ту пору були проти нього незрівнянно активніші, чітко визначили кожний для себе своє місце в житті і в класових битвах… Бо саме так нетерпимо до хитань Сербина поставився і сучасний читач — читач покоління Сербина і Сербиних дітей: про це він заявив авторові і в особистих листах, і при прилюдному обговоренні роману «Наші тайни» (Смолич Юрій. Розмова з» читачем, с. 142–143).
Крім того, письменник зробив багато дрібніших змін. Так, він облагородив мову Мірель і, навпаки, наповнив специфічними виразами, вульгаризмами мову Броньки Кульчицького, змінив назву села Носківці, де розгортаються події роману, на промовисті «Бидлівці» тощо.
Читачі по-різному оцінили нову редакцію твору. У багатьох листах, на диспутах і обговореннях висловлювалися невдоволення з приводу зміни тих чи. Інших колізій, вилучення окремих розділів. Письменник, проаналізувавши найтиповіші зауваження і пропозиції, звернувся до читачів із відкритим листом студентові Чумачснку; цей лист був пізніше надрукований у «Розмові з читачем» та «Разговоре с читателем и писателем» (М., 1960). Ю. Смолич, зокрема, писав: «Це дуже трудно — вносити поправки до своєї книги, й переробляти її значно трудніше, ніж писати нову книгу». Письменника вже захопили нові ідеї, нові людські образи полонили його, він прагне сказати читачеві нове, ще не сказане слово, — й пише нові книги. Дуже трудно знову входити в світ віддалених вже від тебе людських образів та в замкнуте вже коло подій і передумувати їх знову. А як трудно руйнувати живу тканину закінченої розповіді, де все стоїть на своїх місцях, і робити трансплантації в живому організмі сюжету! Скільки ідейних ускладнень і скільки чисто технологічних труднощів! І головне — хто правий, а хто ні — автор у своїх попередніх концепціях, чи критик, або читач в судженнях з приводу них?.. Письменник приймає лише ті думки критиків та читачів, які він відчуває своїми власними думками.