Земля, на которой селились монахи, принадлежала князю Кугушеву. В 1705 году владелец передал в дар отцу Исаакию участок и средства для строительства монастыря, а в январе 1706 года митрополит Рязанский Стефан (Яворский) удовлетворил прошение отца Исаакия об устроении на этом месте церкви. В том же 1706 году именным повелением императора Петра I был утвержден общежительный монастырский чин Саровской пустыни.
Первый деревянный храм новой обители, в честь иконы Божией Матери «Живоносный источник», был заложен 28 апреля, а уже 16 июня (29 июня по новому стилю) 1706 года – освящен. Этот день считается днем основания Саровской пустыни. По преданию, строительство церкви сопровождалось чудесами. 16 мая 1706 года была окончена кровля, и после молебна на храм был водружен крест. В следующую ночь вдруг раздался колокольный звон, который слышали все люди, находившиеся тогда в пустыни и знавшие, что ни в строившемся храме, ни вообще в обители нет ни одного колокола. На другой день чудесный колокольный звон повторился, и всех присутствовавших осветил необыкновенный свет. Когда через месяц совершалось освящение храма, прибывшие со всей округи богомольцы привезли и пожертвовали всю необходимую утварь, церковные облачения, иконы. Например, жители села Кременки пришли в Саров торжественным крестным ходом и принесли из своей церкви несколько икон, два колокола, богослужебные книги и аналой.
Грамота Петра I
В нынешняя лета, прошедшаго 1705 году, по Указу Благочестивейшаго, Великаго Государя, Царя и Великаго Князя Петра Алексиевича, всея Великия и Малыя и Белыя России Самодержца, и по грамотам из Патриаршаго приказу о церковном строении в уезде града Арзамаса на речках Сатисе и Саровке, на Старом Городище, с единой стороны от Арзамаса пятьдесят верст, а с другой стороны – Темникова тридесять верст, строителю иеромонаху Исаакию с братиею (которой прежде сего на оном месте, пользы ради души своея, многия лета в уединении живяше по челобитью его), Указ Его Государев и благословение Архиерейское дадеся, и построен храм Божий в честь Пречистыя Девы Богородицы Марии, Живоноснаго ея источника и собрашася тамо жити монахи постническаго жития в прославление и славословие имене Божия чиновным церкве Господня установленным пением.
Известие об основании обители в Саровских лесах довольно быстро разнеслось по окрестностям и привлекло немало желающих посвятить жизнь Богу. Доверие и уважение внушал также настоятель – отец Исаакий, о котором было известно, что он опытен в иноческой жизни, обладает глубокими познаниями в Божественном писании и трудах святых отцов Церкви и верно понимает духовные потребности. Поэтому многие искали у него руководства в духовной жизни. Отец Исаакий составил устав по образцу древних восточных, обсудил его с братией, после чего устав был принят всеми насельниками с обязательством «держать и хранить его безотложно».
Стихи митрополита Стефана Яворского, посвященные саровским монахам:
В последующие годы настоятель приложил много усилий к расширению пустыни и ее владений, а также к строительству новых храмов. Это было нелегко: в 1712 году в результате лесного пожара почти вся пустынь сгорела, и ее пришлось отстраивать заново. Затем обитель неоднократно подвергалась нападению разбойников, грабивших храмы и наносивших монахам увечья, пытавшим их в надежде узнать, где те прячут несуществующие сокровища.
В 1731 году отец Исаакий, к тому времени постриженный в великую схиму с именем Иоанн, по возрасту и болезни сложил с себя обязанности настоятеля. Игуменом Саровской обители стал его ученик отец Дорофей, при котором монастырь продолжил активно развиваться. По имеющимся документам значится, что отец Дорофей, в миру Димитрий, пришел в пустынь в 1705 году и через три года был пострижен в монашество. Отец Дорофей был послушником первоначальника – отца Исаакия – и пережил с ним все скорби и труды. Следуя примеру отца Исаакия, он был примером смирения и вместе с братией ходил на рыбалку и косил траву. Его жизнь была примером благочестия, терпения, милосердия, стремления содействовать славе Божьей и всепоглощающей любви к Нему. Как свидетельствовали современники, отец Дорофей учил всех не столько проповедью, сколько собственным примером: своим благоразумием, твердостью характера, бескорыстием. Он утверждал между братией порядок общежития примерной жизнью, трудолюбием, послушанием и братолюбием. Слух о его святой жизни привлекал к нему многих, искавших богоугодного жития. Наставления этого опытного духовника были необыкновенно мудры и полезны. В 1733 году число братии было 36 человек, что для провинциальной пустыни немало. В 1744 году возведен и освящен первый каменный соборный храм – во имя Успения Пресвятой Богородицы, заложенный еще отцом Исаакием, а также каменная больница с церковью преподобных отцов Зосимы и Савватия, Соловецких чудотворцев. Отец Дорофей был настоятелем 15 лет и в 1746 году принял схиму и сдал место иеромонаху Филарету.