Активная разведывательная работа по добыванию информации о военных приготовлениях Германии велась с территории СССР и органами госбезопасности Украинской, Белорусской, Молдавской, Латвийской, Литовской, Эстонской ССР и Ленинградской области, а также разведывательными подразделениями погранвойск, охранявших западную границу Советского Союза. В Центр постоянно шла информация о концентрации войск на сопредельной с СССР территории, оккупированной немцами. Имеются документы, свидетельствующие о симпатиях населения этих регионов к нашей стране и об их помощи в сборе и передаче разведывательных сведений через границу.
Значительно активизировалась в предвоенный период и контрразведка, основные усилия которой были направлены на предупреждение и пресечение разведывательно-подрывной деятельности спецслужб Германии и Японии.
После заключения в 1939 г. договоров о ненападении и дружбе между СССР и Германией и последовавшего затем присоединения к СССР западных регионов и Прибалтики германские спецслужбы резко расширили подрывную работу против Советского Союза, используя имевшиеся ранее и вновь приобретенные агентурные позиции в государственно-административном аппарате, профашистских партиях и движениях.
Активную подрывную работу против СССР в эти годы вела японская разведка. Свои усилия она концентрировала в Дальневосточном регионе и Забайкалье. Наиболее интенсивно действовали японские спецслужбы, дислоцировавшиеся в Маньчжурии и возглавлявшиеся японской военной миссией в Харбине.
Возрастание угрозы войны потребовало от руководства внешней разведки более активно приобретать новые и укреплять имеющиеся оперативные позиции в органах высшего военного управления и спецслужбах фашистской Германии и ее союзников, других иностранных государств.
Советская разведка и контрразведка, используя расширившиеся в предвоенные годы экономические и другие международные связи СССР, а также репатриацию немцев, проводили мероприятия по агентурному проникновению на территорию фашистской Германии и оккупированных ею государств; осуществляли долгосрочные мероприятия по подготовке агентов для вывода их за границу; вели контрразведывательную работу среди сотрудников дипломатических и консульских представительств, других категорий иностранцев, приезжавших в Советский Союз. Органами госбезопасности были разработаны указания о разведывательном и контрразведывательном опросе перебежчиков и организации среди них контрразведывательной работы.
Большая работа проводилась органами госбезопасности по контрразведывательной защите экономики от диверсионных акций германских и японских спецслужб, в том числе и с использованием бактериологического оружия.
На органы госбезопасности были возложены также контроль за технологическим состоянием промышленных, прежде всего оборонных объектов, эффективностью их деятельности, выявление причин невыполнения планов, выпуска некачественной продукции и т. п. Ими было налажено систематическое информирование по этим вопросам партийных и государственных инстанций разного уровня.
В 1939–1940 гг. пограничные войска были выдвинуты на линию новой государственной границы. Кроме того, они охраняли зону заграждения по линии старой границы, участвовали в поддержании режима безопасности на присоединенных территориях, вели борьбу с бандитскими и диверсионно-террористическими формированиями.
Пограничные войска активно добывали разведывательную информацию о военных приготовлениях фашистской Германии, задерживая и выявляя вражеских агентов среди нарушителей границы. Масштабы этой работы и ее результаты видны из приведенных в спецсообщениях НКВД СССР в ЦК ВКП(б) и СНК СССР данных о нарушениях государственной границы СССР со стороны Германии с ноября 1940 г. по 10 июня 1941 г.