В целях конспирации агенты жили и обучались раздельно. После окончания подготовки формировались агентурные группы, их участники легендировались и направлялись на переправочные пункты «Цеппелина», где им уточняли детали предстоящей переброски и суть задания.
С 1943 года порядок тройной фильтрации был отменен, а процесс обучения претерпел изменения. Главные команды «Цеппелина» сами занимались подготовкой агентуры из числа лиц, отобранных ауссенкомандами военнопленных. Последние сразу направлялись в форлагеря главных команд на 2-3-недельный карантин, где подвергались «промыванию мозгов», проверке и занимались военной подготовкой. Из форлагеря рекруты направлялись в подразделения СС при главных командах, где в течение месяца принимали активное участие в карательных акциях. Проверка кандидатов также не прерывалась ни на минуту. После карательных подразделений агенты направлялись в ваффеншулле, подчиненные главным командам и организованные на базе гауптлагерей. Кадры диверсантов и боевиков-террористов комплектовались отчаянными и проверенными «на деле» (т. е. повязанными с немцами кровью). При комплектовании группы напарников для последующей заброски в тыл в нее включался старший — радист, который постоянно вел наблюдение за остальными членами своей группы. Наиболее перспективные агенты с высшим и средним образованием направлялись в Германию, где еще раз проверялись и фильтровались в специально созданных для этого проверочно-фильтрационных лагерях, созданных в начале 1943 года. К 1944 году эта система также видоизменилась, и «Цеппелин» совместно с другими подразделениями РСХА стал готовить агентуру не только на конкретный отрезок времени, но и на будущее.
Осенью 1943 года особые лагеря при главной команде «Цеппелина» на южном направлении были передислоцированы в район города Бреславля и уже оттуда направили подготовленную агентуру главному штабу «Цеппелина».
Осенью 1944 года главная команда «Цеппелина» на северном участке Восточного фронта также передислоцировалась в Германию. Подготовка агентов была перенесена в город Егер (Богемия), а также в города Мариенбад, Попель и др. Здесь были сосредоточены все особые лагеря, залегендированные в качестве лагерей подготовки военных кадров РОА. На новом месте в ускоренном темпе готовились небольшие диверсионно-террористические группы. Аналогичные группы из уроженцев Прибалтики были подготовлены «Цеппелином» на северном участке фронта и переброшены в советский тыл.
Летом 1943 года в лагере в местечке Освитц была подготовлена большая группа агентов-диверсантов под кодовым наименованием «Ульм». Группа предназначалась для заброски на Урал и в северные районы СССР для проведения диверсий на объектах оборонной промышленности, транспортных магистралях и организации диверсионно-повстанческих групп. Часть «Северной» группы проекта (6 человек) была заброшена на территорию СССР 18 февраля 1944 года. По неизвестной причине агентов сбросили на парашютах над территорией Коми-Пермяцкого автономного округа (предполагалась заброска под Челябинск). Агенты были разбросаны над лесом и не смогли собраться вместе. Один парашютист повис на дереве и замерз, двое диверсантов из-за голода и обморожений покончили с собой, еще один член группы получил сильное обморожение ног, гангрену, и его пришлось застрелить. Труп замерзшего парашютиста сняли с дерева и захоронили, а остальных из-за сильного голода съели. В результате обморожения и потери ориентиров группа задание не выполнила. Через четыре месяца оставшиеся в живых агенты сдались местным органам госбезопасности.
Помимо массовой подготовки агентуры, «Цеппелин» готовил агентов-одиночек для выполнения особых заданий.
В курс обучения агентов входили: подрывное дело, методы агентурной и разведывательной работы, формы связи, методика вербовки и использования профашистской агитации, создание диверсионных групп, практическая стрельба из личного оружия и метание гранат. Слушателей знакомили с топографией и учили пользоваться компасом и картой. При обучении подрывному делу агентов учили предотвращению уничтожения заминированного объекта, знакомили с действием мины, закамуфлированной под противогаз. Коробка такого противогаза содержала взрывчатку и автоматический взрыватель. Такую мину преподаватели рекомендовали оставлять в помещении, где проходят собрания и митинги.
За две недели до окончания обучения агентов разбивали на группы, члены которых хорошо знали друг друга. В составе группы обычно насчитывалось 2–3 или 4–6 агентов. Готовая к действиям группа именовалась активной. Каждой такой ячейке придавался радист с приемопередающей радиостанцией. Перед самой заброской агенты получали советскую военную униформу, документы, деньги, взрывчатку, оружие и гранаты. Фиктивные документы изготавливались по желанию самого агента на его настоящее или вымышленное имя и фамилию. Обычно агенты получали солдатские книжки или офицерские удостоверения, свидетельства о болезни, проездные документы, а также чистые бланки с проставленными на них оттисками печатей.