Деятельностью соединения руководил штаб (ЦБФ «Фриденталь»), размещавшийся в местечке Фриденталь в нескольких километрах от города Ораниенбург. Начальником штаба был назначен гауптштурмфюрер СС Адриан фон Фелькерзам, ранее служивший в соединении «Бранденбург-800».
В непосредственном подчинении штаба находились 600-й парашютно-десантный и 502-й егерский батальоны.
502-й егерский батальон под командованием оберштурбаннфюрера СС Фукса дислоцировался в местечке Фриденталь. Батальон имел в своем составе четыре роты солдат спецподразделений СС.
1-ю роту батальона составляли немцы, обучавшиеся диверсионному делу.
2-я рота состояла также из немцев и использовалась в качестве пехотного подразделения для проведения больших диверсионных операций.
3-я рота батальона несла охрану территории штаба и расположения батальона.
4-я рота состояла из бывших советских граждан, французов, чехов, словаков и поляков — агентов абвера и «Цеппелина».
К концу 1944 года 502-й батальон был реорганизован. В его составе остались три немецкие роты.
1-я рота по-прежнему готовила диверсантов, другие роты были перевооружены и моторизованы.
4-я рота стала самостоятельным подразделением и находилась в непосредственном подчинении штаба «Ваффен СС Ягдвербанд». Русские военнослужащие выбыли из нее в город Гогензальц (Иновроцлав) на комплектование филиала «СС Ягдвербанд-Ост».
Реорганизованный 502-й батальон получил новое наименование и стал называться «Истребительное подразделение СС «Центр» и под этим названием принимал участие в ряде боевых операций. В начале 1945 года батальон использовался при защите плацдарма на восточном берегу Одера, близ города Шведт и в иных не менее рискованных операциях.
600-й батальон парашютистов под командованием штурмбаннфюрера СС Милиуса дислоцировался в городе Нойштрелице, в 100 километрах от Берлина, и использовался лишь в операциях особой важности.
В начале марта 1945 года штаб «Ваффен СС Ягдвербанд» выбыл из Фриденталя в баварский город Хоф, затем переместился в Зальцбург (Западная Австрия). После капитуляции Германии Скорцени и большинство его коллег оказались в американской оккупационной зоне.
Основную оперативную работу против советского тыла проводили филиалы «Ваффен СС Ягдвербанд», и среди них особая роль в подрывной работе отводилась его головному филиалу — Истребительному подразделению «Восток».
Истребительное подразделение «Восток» было создано в октябре 1944 года для ведения подрывной работы на территориях Прибалтийских советских республик и северной части Польши.
Филиал состоял из штаба и трех рот специального назначения, нескольких диверсионных групп, дислоцировавшихся отдельно от штаба. Внутренняя структура штаба строилась аналогично головному штабу «Ваффен СС Ягдвербанд». Штаб филиала и приданные ему боевые единицы дислоцировались до января 1945 года в городе Гогензальце, в казармах на Вокзальной улице.
Каждая из рот имела особое назначение и использовалась штабом филиала как отдельная боевая единица:
1-я рота — предназначалась для проведения диверсионно-террористических операций в тылах советских воинских частей.
2-я — несла охрану территории штаба и состояла из фольксдойчей.
3-я рота под командованием Решетникова состояла из бывших советских военнопленных и применялась в антипартизанских акциях.
При формировании вышеназванных рот их личный состав состоял в основном из немцев и русских, служивших в 502-м егерском батальоне. Впоследствии роты пополнялись коллаборационистами. Так, рота Решетникова была создана на базе остатков антипартизанского отряда Мартыновского, созданного немцами в 1942 году на территории Ленинградской области. В 1944 году этот отряд действовал в Италии. В роте также служили люди, завербованные Решетниковым в лагере № 8 в городе Цешин (Чехословакия).
При штабе находились самостоятельные диверсионные группы по 15–18 человек в каждой. Группы постоянно находились в ожидании заброски в советский тыл партиями по 3–4 человека. Большинство членов этих групп ранее служили в полиции городов Порхова и Дриссы (Ленинградская область) и были завербованы осенью 1944 года в Данциге, где пребывали в сборном лагере для эвакуировавшихся пособников (гражданский лагерь Хог).
Все подразделения «СС Ягдвербанд Ост» делились на группы:
1) Балтийская группа под руководством штурмбаннфюрера СС Пехау готовила повстанческие группы для действий в Прибалтике и сеть агентуры для оседания. Кадры для них вербовались из числа членов антисоветских прибалтийских организаций. В августе 1944 года в Латвии балтийской группой была создана повстанческая организация «Межа кати» («Дикая кошка» — латв. или «Wilde Katze» — нем.). Организация состояла из ряда диверсионных групп, сформированных по принципу землячества и соответственно этому названных: латгальская, видземская, курземская и др. Штаб «Дикой кошки» располагался на хуторе Дравас Кубилюсской волости Кулдигского уезда.