Первые действия бандеровской УПА были направлены на ликвидацию польского населения и партизан. Под действием пропаганды в лес «к Бандере» ушла большая часть украинской полиции порядка, и образовавшийся после ее ухода вакуум был быстро заполнен немцами после мобилизации в полицию поляков и размещением различных «восточных» частей. Все это вызвало кровавый хаос в Полесье, где все сражались против всех, а страдало и уничтожалось в первую очередь мирное население.
В начавшемся хаосе атаман издал 20 июля 1943 года приказ, согласно которому его воинство теперь именовалось Украинской народно-революционной армией (УНРА) и было предписано готовиться к переходу в подполье. Новым печатным органом УНРА стала газета «Оборона Украины». Политсовет УНРА объединял в своем составе членов Украинской народной демократической партии (УНДП), Союза коммунистов-самостийников и мельниковский провод ОУН.
В сложившейся ситуации руководство УНРА решало вопрос о начале ведения боевых действий против бандеровцев либо маневрировании с целью ухода от братоубийственной войны. Последнее слово осталось за президентом УНР А. Левицким. Президент приказал Бульбе принять все меры по недопущению гражданской войны в Полесье и на Волыни. 5 октября 1943 года Бульба-Боровец издал приказ от 5 октября 1943 года № 105 о расформировании УНРА и уходе в подполье. «Пщ землю» ушли штаб УНРА, типография и небольшой отряд охраны. Из подполья штаб Боровца-Бульбы развернул широкую антибандеровскую агитацию, напечатав огромное количество соответствующей литературы.
Удар со стороны бандеровцев был нанесен 19 августа 1943 года нападением на штаб УНРА. Бульбе, Митринге и атаману Зубатому-Щербатюку с горсткой бойцов удалось прорваться из окружения. Бандеровцы до смерти запытали супругу атамана Ганну Опочинскую, стараясь выведать у нее места закладки баз с оружием (справедливости ради следует отметить, что по другой информации жена атамана в конце войны якобы проживала в Чехословакии). Над Бульбой был организован заочный суд, на заседании которого бандеровцы постановили пригласить атамана с полной гарантией безопасности, но Бульба на эту удочку не клюнул.
Осенью 1943 года Полесье превратилось в «котловину смерти» — тысячные толпы беженцев, бежавших от продвигающихся на Запад советских войск, активизация партизан всех мастей усугубили кровавый хаос, сдобренный еще и действиями оуновских карателей из лебедевской Службы безпеки.
В это время Бульба-Боровец принял решение о возобновлении переговоров с немцами. Основными требованиями Бульбы были освобождение из концлагеря С. Бандеры (с надеждой, что Бандера остановит своего распоясавшегося заместителя, главу Службы безпеки Николая Лебедя) и признание независимости Украины. Вооруженные силы Бульбы-Боровца, подчиненные ОУН (Б), прекратили существование. Осенью 1943 года такая же участь ждала и мельниковские отряды. Часть из них влилась в ряды бандеровцев, часть подразделений образовала Волынский легион самообороны, позднее переформированный немцами в 31-й украинский батальон СД.
1 декабря 1943 года атаман был арестован и помещен в концлагерь Заксенхаузен, в один блок со своим политическим оппонентом С. Бандерой.
Перед арестом Бульбу укрывал у себя в ставке руководитель контрразведывательного органа «Зондерштаб Россия» Б. А. Хольмстон-Смысловский (фон Регенау). Из-за этого впоследствии он был репрессирован, но находившаяся в его распоряжении агентурная сеть, в услугах которой остро нуждалось немецкое командование, позволила быстро обрести свободу и укрепить свое положение. Агентурная сеть Смысловского также распространялась и на воинство Бульбы-Боровца и отряды мельниковцев. В местечке Обераммергау
(Бавария) в подчинении Смысловского функционировала специальная школа по подготовке радистов для отрядов УПА под общим руководством полковника Петро Дьяченко, одновременно являвшегося руководителем резидентской области «Зондерштаба-Р». По неподтвержденной информации, в 1944 году в школе скрывался руководитель Варшавского восстания генерал Бур-Коморовский.
В 1944 году немцы поместили в Заксенхаузен полковника Мельника. Пребывание украинских лидеров под арестом продолжалось вплоть до октября 1944 года, когда немцам стало понятно, что войну они уже проиграли.
После освобождения Т. Боровцу было предложено вступить в контакт со штабом генерала Власова, на что атаман дал резкий и отрицательный ответ. Власов для украинских лидеров являлся жупелом российской имперско-колониальной политики.