При этом Иов открыто заявил, что фактическим правителем при царе Федоре был Борис Годунов: «Был тот Борис Федорович зело преизрядной мудростью украшен, и саном более всех, и благим разумом превосходя. И пречестным его правительством благочестивая царская держава в мире и в тишине цвела. И многое тщание показал по благочестии, и великий подвиг совершил о исправлении богохранимой царской державы, яко и самому благочестивому царю... дивиться превысокой его мудрости, и храбрости, и мужеству.
И не только в своем царстве Русской державы изыде слух, но и по всем странам неверных язычников пройде слава о нем, якоже никто иной обретеся в те лета во всем царстве Русской державы подобен ему храбростью, и разумом, и верой к Богу. И от многих стран языческих царей приходя по славе к царю и великому князю Федору Иоанновичу всея Руси с дарами многоценными, рабское поклонение и достойную честь царскому его величеству воздающе, и тому изрядному правителю царской богохранимой его державы, пресветлой красоте лица его и премудрости-разуму его чудящеся, и возвращаясь в свои страны с удивлением добродетель поведающе.
Сей же изрядный правитель Борис Федорович своим бодроопасным правительством и прилежным попечением по царскому изволению многие грады каменные создал, и в них превеликие храмы в славословие Божие возградил, и многие обители устроил, и самый царствующий богоспасаемый град Москву, как некую невесту, преизрядной лепотой украсил: многие в нем прекрасные церкви каменные создал и великие палаты устроил, так что и зрение их великому удивлению достойно; и стены градные окрест всей Москвы превеликие каменные создал, и величества ради и красоты переименовал его в Цареград; внутри же его и палаты купеческие создал во упокоение и снабдение торжникам. И иное многое хвалы достойное в Русском государстве устроил».
Благоговейно описав кончину царя Федора, Иов уверяет паству, что род Ивана Калиты не пресекся: «...ныне же... грех ради всего народа православного христианства... царьского его корени благородных чад не остася, и по себе вручив скипетр благозаконной своей благоверной царице и великой княгине Ирине Федоровне всея Руси... Изрядный же правитель, прежереченный Борис Федорович, вскоре повеле своему царьскому синклиту животворящий крест целовати и обет свой благочестивой царице предавати, елико довлеет пречестному их царьскому величеству. Бе же у крестьного целования сам святейший патриарх и весь освященный собор».
Таким образом, преемницей Рюриковичей на российском престоле стала царица Ирина.
Когда во время похорон царя Федора все архиереи, сановники и народ безутешно рыдали, «благочестивая же царица от великия печали и сама близ смерти пребывала», тогда «изрядный правитель, прежереченный Борис Федорович сугубу печаль в сердце своем имущи, и об отшествии к Богу благочестивого царя сетовал, и о безмерной скорби благородной сестры своей благоверной царицы рыдал, и земного правления тишину и мир с опасением устраивал».
Как видим, патриарх довольно грамотно обосновал необходимость передачи престола Борису Годунову. Иова совершенно справедливо называли ставленником Бориса, но тут интересы клана Годуновых абсолютно совпадали с интересами церкви и всего государства Российского.
Под давлением Иова и чтобы не вызвать кризиса власти, Боярская дума присягнула царице Ирине. При жизни царя Федора Ирину Годунову титуловали «великой государыней». Как писал Р.Г. Скрынников: «...такое звание не равнозначно было реальному царскому титулу. До Лжедмитрия и после него цариц не только не короновали, но и не допускали к участию в торжественной церемонии. Ирина наблюдала за венчанием Федора из окошка светлицы. Не будучи коронованной особой, связанной с подданными присягой, Годунова не могла ни сама обладать царской властью, ни передать ее своему брату9».
На это легко возразить примерами из русской истории, вспомнив правление Елены Глинской, вдовы Василия III, правление в Новгороде Марфы Борецкой, вдовы посадника Борецкого, я уж не говорю о княгине Ольге.
Сразу же после смерти мужа Ирина стала издавать от своего имени указы (в XIV—XVI веках московские правители сами не подписывали указов, а писец ставил их имена и государственную печать). Первым же указом Ирина провела всеобщую полную амнистию, повелев без промедления выпустить из тюрем всех опальных изменников, воров, разбойников и т.д.
Патриарх Иов разослал по всем епархиям приказ целовать крест царице. В пространном тексте присяги содержалась клятва верности патриарху Иову, православной вере, царице Ирине, правителю Борису Годунову и его детям. Естественно, что такая формулировка вызвала недоумение у части населения. Значительная часть московской знати и простой народ в отдельных местах отказывались присягать.