Среди москвичей разнесся слух, что Богдан Бельский со своими приспешниками извел царя Ивана, а теперь хочет побить бояр, извести царя Федора и сам сесть на царский престол.
Московские мещане и ратные люди собрались к Кремлю. Руководство толпой приняли рязанские дворяне — Ляпуновы, Кикины и др. Москвичи захватили пушки, стоявшие на Красной площади, и подтащили их к Фроловским (Спасским) воротам. Засевшие в Кремле стрельцы открыли огонь из пищалей, толпа также ответила огнем. В ходе перестрелки было убито около двадцати человек и ранено до ста человек.
Бельский струсил и выпустил из Кремля бояр Ивана Федоровича Мстиславского, Никиту Романовича Романова-Юрьева и двоих дьяков — братьев Щелкаловых. Увидев бояр, толпа заревела: «Выдайте нам Богдана Бельского: он хочет извести царский корень и боярские роды».
Тогда бояре объявили, что царь Федор приказал сослать Богдана Бельского в Нижний Новгород. Действительно, Богдан был отправлен в Нижний, правда, не как преступник, а на воеводство. Стрельцы покинули Кремль, успокоились и бунтовавшие москвичи.
Тем не менее, обстановка в столице оставалась весьма неспокойной. По словам летописца, «пришли изо всех городов в Москву именитые люди и молили со слезами царевича Федора, чтоб был на Московском государстве царем и венчался царским венцом». Это очень любопытно — зачем явились именитые люди в Москву? В столь опасном положении Боярская дума сочла необходимым призвать в Москву «лучших людей» со всей страны, чтобы решить вопрос, кому быть царем — совершеннолетнему, но неспособному править Федору или младенцу Димитрию. Горсей сообщает, что собор состоялся 4 мая 1584 г. в присутствии митрополита, архиепископов, епископов, игуменов и всего дворянства. До нас дошли сообщения современников иностранцев Пертея и Горсея о соборе в Москве. Англичанин Горсей даже сравнивал собор с английский парламентом.
Собор практически единогласно избрал Федора Ивановича на царство. 31 мая 1584 г. Федор торжественно венчался на царство «по греческим обычаям». Долгая церемония утомила его. Не дождавшись конца коронации, Федор передал шапку Мономаха боярину Мстиславскому, а державу (тяжелое золотое яблоко) — Борису Годунову. Этот в принципе незначительный эпизод произвел гнетущее впечатление на всех присутствовавших.
Царь Федор мало походил на своего отца. Он был небольшого роста, приземист, одутловат, имел нетвердую походку С его лица не сходила блаженная улыбка. Федор был крайне набожен. Ежедневно он подолгу молился, любил сам звонить на колокольне. Раз в неделю царь отправлялся на богомолье в ближние монастыри.
Набожность у Федора сочеталась с любовью к диким забавам и кровавым потехам. Федор буквально упивался зрелищем кулачного, и в особенности, медвежьего боя. На его глазах вооруженный рогатиной охотник отбивался как мог от медведя в круге, обнесенном стеной, из которого некуда было бежать. Потеха редко обходилась без крови. Кроткий царь Федор периодически бил палкой ближних бояр, доставалось и шурину Борису.
Положительно отзывался о Федоре лишь патриарх Иов, который видел в нем разумного политика и образец государя. Все остальные современники и особенно иностранцы были беспощадны к новому царю. Английский посол Флетчер писал: «Царь прост и слабоумен... мало способен к делам политическим и до крайности суеверен». Польский посол Лев Сапега, вернувшись из Москвы, заявил на сейме: «Напрасно говорят, что у этого государя мало рассудка: я убедился, что он вовсе лишен его».
При царе Федоре постепенно стал исчезать страх, вызванный террором его отца. По этому случаю дьяк Иван Тимофеев записал: «Бояре долго не могли поверить, что царя Ивана нет более в живых, когда же они поняли, что это не во сне, а действительно случилось, через малое время многие из первых благородных вельмож, чьи пути были сомнительны, помазав благоухающим миром свои седины, с гордостью оделись великолепно и, как молодые, начали поступать по своей воле. Как орлы, они с этим обновлением и временной переменой вновь переживали свою юность и, пренебрегая оставшимся после царя сыном Федором, считали, как будто и нет его...»