Перед коронацией началась жестокая борьба сильнейших кланов (родов) за награды и пожалованья, которыми обычно сопровождалось восшествие на престол великих князей московских. Больше всех получил Борис Годунов. Федор возвел шурина в чин конюшего, то есть сделал старшим боярином. В 1565 г. царь Иван казнил последнего конюшего — князя А.Б. Горбатого-Шуйского — и упразднил этот чин. Восстановление чина конюшего и назначение 32-летнего боярина означало укрепление позиций клана Годуновых. В начале мая 1584 г. боярином и дворецким стал Григорий Васильевич Годунов. 31 мая получили боярство Степан и Иван Васильевичи Годуновы. В июне 1584 г. и в апреле 1586 г. Иван Васильевич Годунов упоминается как «боярин и дворецкий казанский и нижегородский и наместник рязанский». Таким образом, уже к лету 1584 г. в Боярской думе было пять бояр Годуновых, трое из которых занимали особые дворцовые должности.
Дума продолжала пополняться сторонниками клана Годуновых. Князья Хворостины всегда были на хорошем счету у Годуновых. В первый же год царствования царя Федора окольничий князь Д.И. Хворостин получил чин боярина, а его брат Ф.И. Хворостин, занимавший должность дворецкого, стал окольничим. К началу 1585 г. боярами становятся князья Никита и Тимофей Романовичи Трубецкие, которые были также сторонниками Годуновых. К ноябрю 1585 г. чин думного дворянина получил Андрей Петрович Клешин — человек, преданный Борису Годунову. В 1584 г. чин окольничего получил князь Петр Семенович Лобанов-Ростовский, приближенный Годуновых. В 1585 г. боярином становится свояк Бориса Годунова, родовитый и богатый князь Иван Михайлович Глинский.
Однако с воцарением Федора существенно усилился и клан Шуйских. Перед коронацией боярство получил Василий Иванович Шуйский. К апрелю 1585 г. боярином стал Александр Иванович Шуйский, а в начале следующего года — Дмитрий Иванович Шуйский.
В 1584—1585 гг. в Боярской думе оказалось и много сторонников Шуйский. Так, в 1584 г. из окольничих в бояре попал Ф.В. Шереметев, а окольничим и царским казначеем стал В.В. Головин.
Коронация Федора дает клану Романовых гораздо меньше, чем Годуновым и Шуйским. К сентябрю 1584 г. боярство получает князь Федор Михайлович Троекуров, сын которого Иван был женат на Анне Никитичне Юрьевой-Захарьиной. К февралю 1585 г. боярином стал князь Иван Васильевич Сицкий, женатый на Евфимии Никитичне Юрьевой-Захарьиной. Одновременно с ним стал боярином князь Федор Дмитриевич Шастунов, женатый на Фетинье Даниловне Захарьиной-Юрьевой.
Сразу после смерти Ивана Грозного возникает союз между Годуновыми и Романовыми-Захарьиными. Союз этот был вынужденным. И те, и другие были родственниками царя Федора по женской линии, и для обоих кланов стало бы катастрофой воцарение Димитрия и приход к власти Богдана Бельского и шайки наглых и жадных Нагих.
После коронации Федора и ссылки Нагих и Бельского союз Годуновых и Романовых-Захарьиных не только не распался, а наоборот, укрепился в борьбе с кланом Шуйских. Оба семейства были «плебеями» перед «принцами крови», как Шуйских называли в Польше. Был тут и субъективный фактор. Никита Романович был уже стар и серьезно болел. В августе 1584 г. он окончательно слег в постель и не мог выполнять свои служебные обязанности. Сыновья Никиты Романовича были еще сравнительно молоды и не имели пока большого политического веса.
Современники сходятся во мнении, что Никита Романович осенью 1584 г. сам искал дружбы Бориса Годунова и вверил ему своих совсем еще молодых сыновей. Троицкий монах Авраамий Палицын, очевидец событий, утверждал, что Годунов обещал Никите Романовичу «соблюсти» его семью. Автор «Сказания о Филарете Романове», использовавший семейные предания Романовых, авторитетно подтвердил слова Авраама Палицына. Согласно «Сказанию...», Борис Годунов проявил любовь к детям Романова и дал страшную клятву, что всегда будет почитать их за братьев. В конце 1585 г. Никита Романович постригся в монахи под именем Нифонта и скончался 23 апреля 1586 г.
Годуновы и Романовы постепенно стали оттеснять Шуйских от ведения государственных дел. Это хорошо заметно в дипломатии. Так, боярин Ф.М. Троекуров трижды (осенью 1584 г., летом 1586 г. и летом 1587 г.) отправляется послом в Польшу. Летом 1586 г. русские послы по указанию Бориса Годунова собирали в Польше сведения о связях Шуйских с «изменником» М.И. Головиным. В апреле 1586 г. Борис Годунов отказал польскому послу М. Гарабурде в аудиенции «всех бояр» и назначил вести переговоры доверенных лиц — «ближней думы» бояр И.В. Годунова, князя И.В. Сицкого и «ближних» дьяков Щелкаловых и Е.Д. Вылузгина.