Во внутренних делах наибольшую остроту приобрела борьба за Казенный приказ — центральное финансовое ведомство государства.
Обычно владеть царской казной назначали двух казначеев, которые контролировали друг друга. Опираясь на поддержку бояр, главный казначей Петр Иванович Головин добился того, что вторым казначеем был назначен его родственник Владимир Головин. Более века Головины из поколения в поколение служили главными казначеями при московских государях. Но теперь, при царе Федоре, они распоряжались государственной казной бесконтрольно. Казенный приказ оказался вотчиной сторонников Мстиславского и Шуйского.
Петр Иванович Головин имел большое влияние в Боярской думе. Показателем его положения служит его роль в коронации Федора, когда он нес перед царем шапку Мономаха.
Осенью 1584 г. Борис Годунов предложил Боярской думе провести ревизию царской казны. Под нажимом Годуновых и Романовых-Захарьиных дума вынуждена была начать ревизию. Проверка наличности выявила огромные хищения. Петр Иванович Головин был приговорен Боярской думой к смертной казни. Но и Годуновы, и Романовы-Захарьины прекрасно понимали, что Русь устала от террора Ивана Грозного, и публичная казнь знатного боярина вызовет у народа нежелательные ассоциации. Поэтому Петра Головина вывели на Лобное место и передали в руки палача, который сорвал с него одежду и занес топор над головой. Но в этот момент была зачитана царская грамота о помиловании осужденного и ссылке его в Арзамас.
По дороге в Арзамас П.И. Головин был убит. Подробности его смерти до нас не дошли, но, судя по всему, дело не обошлось без Бориса Годунова. Во всяком случае, известно, что позже Годунов сделал вклад в московский Симонов Успенский монастырь «по Петру Головину». В.В. Головин также был привлечен к суду, лишен чина окольничего и сослан. Брат казначея Михаил Иванович Головин бежал в Литву.
В опалу попал и окольничий И.П. Головин. В Сибири и казанских пригородах на воеводствах (фактически в ссылке) оказались и другие члены рода Головиных — Василий Петрович, Владимир Петрович, Иван Васильевич, Никита Петрович, Петр Петрович Меньшой, Федор Васильевич. Они вернулись в Москву только при Лжедмитрии I.
Противники Годуновых и Романовых-Захарьиных попытались устроить переворот. Шуйские, Воротынские и Колычевы начинают уговаривать престарелого князя Ивана Федоровича Мстиславского принять участие в убийстве Бориса Годунова. Мстиславский поначалу отказывается, он слабоволен и нерешителен, да и Борис Годунов всегда хорошо к нему относился. Мало того, Борис публично назвал себя сыном Ивана Федоровича, разумеется, имея в виду покровительство, а не кровное родство.
Но через некоторое время Мстиславский дал себя уговорить. Бориса должны были убить на пиру у Мстиславского. Однако заговор был открыт. Но публичного суда не было. И.Ф. Мстиславский был очень популярен, а Годуновы и Романовы еще слишком слабы, чтобы устраивать показательные процессы без риска нежелательных последствий. В итоге состоялось тайное соглашение, по которому И.Ф. Мстиславский обязался постричься в монахи.
23 июня 1585 г. князь Мстиславский приехал в Соловецкий монастырь, но ему там, видимо, не понравилось, и он отправился на Белоозеро. В Кирилло-Белозерском монастыре И.Ф. Мстиславский постригся и стал старцем Ионой. В обмен на пострижение Годуновы и Романовы позволили его сыну Федору Ивановичу Мстиславскому занять в Боярской думе место отца и сохранить все родовые вотчины.
В 1585—начале 1586 г. опалам подверглись князья А.П. Куракин, И.М. Воротынский и В.Ю. Голицын. Не пострадали только Шуйские, хотя их руководящая роль в борьбе с Годуновыми была очевидна.
В 1585 г. положение в столице было крайне нестабильным. Об этом свидетельствует и передача Борисом Годуновым Троице-Сергиеву монастырю фантастической по тем временам суммы — тысячи рублей. Этот вклад должен был обеспечить будущее семьи Годуновых в случае победы их врагов.
Весной 1586 г. Шуйские попытались прийти к власти с помощью мятежа. На подкуп московских купцов и «черных людей» были потрачены крупные суммы. Шуйские распускали самые нелепые слухи. Так, например, Борису Годунову приписывалось намерение свергнуть с престола Федора и посадить на царский трон католика — австрийского принца, женив его на царице Ирине.
Борис Годунов, в свою очередь, передал большие суммы начальникам всех стрелецких полков.
В те времена в Московском государстве тщательно скрывались все народные восстания. Поэтому о бунте московского населения в мае 1586 г. никаких официальных документов не сохранилось. Мало того, в конце 1586 г. русские послы в Польше и Австрии категорически опровергали слухи о том, что царь Федор в «Кремле-городе в осаде сидел». Они говорили: «Того не бывало, то нехто сказывал негораздо, бездельник. От ково, от мужиков в осаде сидеть? А сторожи в городе и по воротам, то не ново, издавна так ведетца для всякого береженья».