В конце концов терпение Бориса лопнуло, и он сослал ловеласа в Углич, затем в Ярославль и, наконец, в Кашин, где тот и умер в 1607 г.
Борису пришлось срочно искать нового претендента на ливонский престол и жениха своей дочери. По обеим проблемам Борис нашел понимание у датского короля Кристиана IV. Дания в XVI—XVII веках была постоянным противником Швеции и желала видеть в России союзника. В августе 1602 г. в устье реки Наровы был торжественно встречен принц Иоанн, родной брат Кристиана IV.
Иоанна торжественно приняли в Москве царь Борис и царевич Федор. Естественно, что, согласно московским обычаям, Иоанн не видел ни царицы Марии, ни царевны Ксении. В честь принца в Москве и царь, и бояре устраивали обильные пиршества. Двадцатилетний принц оказался любителем поесть и крепко выпить. В середине октября 1602 г. царь Борис поехал к Троице помолиться, там он узнал, что принц в Москве сильно переел или перепил. В итоге Иоанн заболел и 28 октября умер. Борис был в отчаянии — второй раз рушились его политические и семейные планы. Однако враги Бориса поспешили в Москве и за рубежом распустить слух, что Иоанна приказал отравить Борис, узнав, что «московские люди всею землей зело полюбили Иоанна». Борис-де испугался переворота в пользу принца.
Попробуем проанализировать эту дезинформацию, чтобы найти ее источник. Историки XIX—XX веков создали штамп — «народ не любил Бориса». Но ведь датский принц пробыл в Москве около месяца, русского языка не знал, кроме бояр и дьяков ни с кем не общался. И вот народ возлюбил немца-лютеранина, которого издали видел в карете. Можно ли сомневаться, что источник слухов был в боярской или высшей церковной среде?!
Неудача не останавливает Бориса, и в 1604 г. в Дании начинаются переговоры о браке царевны Ксении с одним из Шлезвиг-Голштейнских герцогов. Однако начало Смуты положило им конец.
Несколько слов стоит сказать о взаимоотношениях России с Польшей. 6 января 1582 г., то есть еще при Иване Грозном, был подписан русско-польский Запольский мирный договор. Назван договор по деревне Запольский Ям, где должен был произойти съезд послов. На самом же деле договор был подписан в деревне Киверова Гора в пятнадцати верстах от Запольского Яма.
Срок действия договора первоначально считался 10 лет.
10 января 1591 г. в Москве был подписан новый договор о перемирии (мире) между Россией и Польшей на 12 лет, считая с 15 августа 1591 г.
11 марта 1601 г. в Москве было подписано новое соглашение о перемирии на 20 лет, считая с 15 августа 1602 г. С польской стороны соглашение в Москве подписал канцлер и великий гетман литовский Лев Иванович Сапега, с русской — боярин Михаил Глебович Салтыков. 7 января 1602 г. в Вильне король Сигизмунд III ратифицировал договор. Царь Борис сделал это еще раньше.
Таким образом, с польским королем не было войны с 1582 г., (стычки с частными армиями пограничных феодалов не в счет) и аж до 1604 г. вроде бы ничего не предвещало войны.
Интерес представляет и отношение Бориса Годунова к запорожским казакам. С казаками нужно было держать ухо востро. В 1588 г. казаки, проживавшие в Каневе, Черкассах и Переяславле (то есть не запорожские, а малороссийские), внезапно явились в Воронеж и объявили воронежскому воеводе, что они собрались вместе с донцами воевать татар и потому просят дать им отдохнуть и покормиться в Воронеже. Воевода, не подозревая ничего дурного, поселил казаков в остроге и велел выдать им корм. Но с наступлением ночи казаки неожиданно подожгли город. Воспользовавшись паникой, казаки начали грабить, убили и захватили в плен несколько десятков горожан и ратных людей и благополучно ушли восвояси. Царь Федор обратился с жалобой на казаков к киевскому воеводе князю Острожскому, и воевода дал такой ответ: «Паны радные писали к князю Александру Вишневецкому, велели ему схватить атамана запорожского, Потребецкого с товарищами, которые сожгли Воронеж. Паны грозили Вишневецкому, что если он не переловит казаков, то поплатится головой, потому что они ведут рамирию с государем московским». Вишневецкий сумел захватить атамана Потребецкого с семьюдесятью товарищами. Атаман был казнен, а что стало с остальными — неясно.
Тем не менее, отношения России с запорожскими и мало-российскими казаками были неплохие. Так, в апреле 1589 г. Москва послала дьяка Афанасия Зиновьева на переговоры с запорожским атаманом Матвеем. Зиновьев отыскал Матвея на реке Донце. Атаман заявил, что он служит государю (московскому) «прямую службу» и подал царю Федору челобитную о пожаловании казакам продовольствия, так как они за недостатком пропитания вынуждены есть все, что попадалось под руку, даже разные травы. Царь, узнав об этом, послал казакам запасы муки и толокна на сто рублей денег для раздела на 620 человек и, кроме того, особые подарки атаманам. Запорожские и малороссийские казаки были нужны Москве для войны с Крымом, и казакам регулярно отправлялось продовольствие, деньги, оружие и порох.