Рукописные дневники имеют еще одну особенность. Отец Иоанн по образу и насыщенности своей жизни (а это частые поездки из Кронштадта, где он жил постоянно, в Петербург, позднее — в Москву, летние путешествия по России с посещением Суры, богослужения, продолжавшиеся до глубокой ночи, многочисленные требы), по всей видимости, делал записи поначалу в дорожных блокнотах или на отдельных листках, а когда выдавалось время, переносил их в дневниковую тетрадь. Причем, переписывая, он не пытался выстроить накопившийся материал в хронологическом порядке.
Сохранилось несколько поздних свидетельств (1903–1904 гг.) духовной дочери отца Иоанна Е. В. Духониной о том, как он работал над дневником во время пребывания в Иоанновском монастыре,: иногда в дневник вносились отдельные записи, порой он просматривался и такой просмотр выливался подчас в беседу о записанном. Мемуаристка передает одну из таких бесед. Отец Иоанн обратился к ней со словами: «А хочешь, я тебе прочту, что я сейчас записал? — Я вспомнил свое юношество и грехи, которые творил в это время… Вспомнил своих наставников: Макария и Иоанна, епископа Смоленского…» (Духонина Е. Как поставил меня на путь спасения отец Иоанн Кронштадтский. М., 1998. С. 114, 116, 163).
Первый том настоящего издания состоит из двух книг, включающих дневниковые записи первых двух тетрадей: за 1856 год (объемом 68 страниц) и за 1857–1858 годы (объемом 127 страниц ). Эти дневниковые записи никогда ранее ни целиком, ни в отрывках не публиковались.
Первая тетрадь за исключением нескольких дневниковых записей (на обложке и на последних страницах) почти целиком посвящена Священному Писанию. Здесь содержится обширный пласт размышлений молодого священника по поводу текстов Ветхого и Нового Заветов, Апостольских посланий, озаглавленный им самим как «Выбор из Священного Писания догматических и нравоучительных и особенно замечательных для автора исторических текстов с мыслями на них автора». Вторая — по преимуществу личный дневник, лишь дважды перемежающийся «выборками» из Ветхого Завета, Евангелий и Апостольских посланий.
Разноплановым характером записей в первых двух тетрадях и объясняется их разделение в настоящем издании на две книги: в первой печатаются с сохранением авторской последовательности фрагментов и с авторскими заголовками все размышления отца Иоанна по поводу текстов Священного Писания из обеих тетрадей, во второй — собственно дневниковые записи тоже из обеих тетрадей и тоже в авторской последовательности (т. е. без вмешательства в явное нарушение хронологии).
Записи, публикуемые в первой книге, сопровождены Указателем к текстам Священного Писания, выбранных отцом Иоанном для размышлений (Указатель составлен в соответствии с общепринятым порядком текстов Священного Писания). Во второй книге помещен Указатель имен.
При подготовке текстов рукописи к публикации издатели придерживались следующих принципов.
Тексты дневников печатаются в современной орфографии и пунктуации с максимальным сохранением стилистического своеобразия авторского текста и примет языка второй половины XIX века.
Для сохранения некоторых особенностей орфографии как самого автора, так и норм современного ему языка был составлен словарь написания строчных и прописных букв в словах (чаще всего взятых из богослужебной практики) по изданному сборнику «Моя жизнь во Христе» под сводной редакцией самого отца Иоанна Кронштадтского (СПб., 1893).
В текстах рукописи были также дополнительно выявлены и сохранены некоторые авторские особенности написания строчных и прописных букв, например в словах: Литургия, Богослужение, Ангелы, Господи Сил, и т. д.; «Всемогущий Творец», но «всемогущий Бог»; «Животворящий Крест», но «животворящие Тайны»; «Небесный Царь», но «небесные Силы». Выявлены особенности написания в текстах строчных и прописных букв в зависимости от контекста, например: «Слово Божие» (в значение Евангелия), но «содержащий все словом Божиим»; «Правосудие Небесное» в значении Бога, но «правосудие Божие»; «Истина — Христос», но «Христова истина» и т. п., а также другие особенности авторского текста: «Божественные Тайны», но «Божественных Таин» и др.
Слова, написанные в рукописи под титлами и в сокращении (типа: «в.» вместо «весьма», «к–ые» вместо « которые» ), печатаются полностью.