«Жизнь человеческая — по преимуществу жизнь духа, и только в области духовной могут быть связаны и отдельные люди, и целые народы истинно прочной связью. Счастлива будет Япония, если она, помимо католичества и протестанства, прямо примет истинное христианство».
Особой его любовью пользовалась и маленькая община православных курильцев (айнов, переселенных с Сюмусю) на острове Шикотан. Выезд с острова для этих бывших российских подданных был запрещен. Правительством были приняты меры к распространению среди айнов японского языка и к насаждению у них буддизма. С этой целью на Шикотан прибыл буддийский бонза, в течение нескольких лет проповедовавший буддизм. Отец Николай вначале послал на остров отца Тита Комацу с переводчиком Алексеем Савабе, затем — катехизатора Саито Раку, оставшегося у айнов.
Отец Тит Комацу пишет: «Когда я прибыл в Токио с Шикотана, то немедленно же доложил о положении дел епископу. Епис-коп молча плакал и после некоторого времени сказал мне: "Ты их ближайший пастырь и священник и должен осуществлять на деле слова нашего Господа Иисуса, а потому подумай об этом обстоятельно"». Японская Православная Церковь начала сбор пожертвований в пользу шикотанских айнов. С этой поры между маленькой шикотанской общиной и Японской церковью установилось духовное единение, тщательно поддерживавшееся отцом Николаем.
В 1884 году на вершине холма Суругадай началась постройка собора Воскресения Христова, длившаяся семь лет . В основу собора, как и большинства японских православных храмов, положен «классический византийский "минимум" греческого креста с возвышающимся над ним плоским куполом». Освящение храма состоялось 24 февраля 1891 года. На это торжество съехалось 16 японских священников и более 4 тыс. христиан . Пять или шесть дней в Токио было ненастье. Такого же дня ждали и 24 февраля. Однако в этот день погода совершенно исправилась и на куполе величественного собора заиграло солнце. Вместе с епископом служили 19 священников и 4 диакона. Пел хор, состоявший из 150 семинаристов и учениц Женской школы.
«Собор будет памятен, буден изучаем, подражаем многие не десятки, а, смело говорю, сотни лет, ибо храм действительно — замечательнейшее здание в столице Японии, здание, о котором слава разнеслась по Европе и Америке еще прежде его окончания и которое, ныне будучи окончено, по справедливости вызывает внимание, любопытство и удивление всех, кто есть или кто бывает в Токио».
Японцы спрашивали православного епископа, зачем он построил такой огромный храм, и на это отец Николай отвечал, что это сейчас собор кажется велик, а пройдет двести лет — и он будет мал .
Сам епископ Николай занимал в этом соборе две маленькие комнатки, одна из которых служила гостиной (ее единственным украшением была гравюра с «Мадонны» Рафаэля), а другая совмещала функции кабинета и спальни.
Главным делом святителя, начатым еще в Хакодате, был перевод на японский язык Священного Писания и богослужебных книг. Еще в 1869 году святитель Николай писал:
«Из всего вышесказанного доселе, кажется, можно вывести заключение, что в Японии, по крайней мере в ближайшем будущем: жатва многа. А деятелей с нашей стороны нет ни одного, если не считать мою, совершенно частную, деятельность... Пусть бы я и продолжал свои занятия в прежнем направлении, но силы одного человека здесь почти то же, что капля в море. Один перевод Нового Завета, если делать его отчетливо (а можно ли делать иначе?), займет еще по крайней мере два года исключительного труда. Затем необходим перевод и Ветхого Завета; кроме того, если иметь хоть самую малую христианскую Церковь, решительно необходимо совершать службу на японском языке; а прочие книги, как Свящ[енная] история, Церк[овная] история, Литургика, Богословие? Все это тоже предметы насущной необходимости. И все это, и другое подобное нужно переводить на "японский", о котором еще неизвестно, дастся ли он когда иностранцу так, чтобы на нем можно было цисать хотя бы наполовину так легко и скоро, как иностранец обыкновенно пишет на своем».