Много позднее он пишет, что в переводческих трудах «заключается вся суть миссийского дела. В настоящее время вообще работа миссии, в какой бы то ни было стране, не может ограничиваться одною устного проповедью. Времена Франциска Ксаверия, бегавшего по улицам с колокольчиком и сзывавшего таким путем слушателей, прошли. В Японии же, при любви на-селения к чтению и при развитии уважения к печатному слову, верующим и оглашаемым прежде всего нужно давать книгу, написанную на их родном языке, непременно хорошим слогом и тщательно, красиво и дешево изданную. Особенное значение у нас имеют книги, выясняющие вероисповедные разности с католичеством и протестантством».
В Хакодате за неимением перевода богослужение совершалось на церковнославянском языке, на японском же языке пелись и читались только «Господи, помилуй», «Святый Боже», «Верую» и «Отче наш». При переводе молитвы «Господи, помилуй» возник вопрос, как следует переводить слово «помилуй», которое зачастую воспринимается как помилование преступника. Епископ Николай говорил: «У нас таких отношений с нашим Богом нет. Мы возьмем слово "аварема". Так мать "милует" ребенка, "жалеет" в исконном древнерусском смысле». Там же, в Хакодате, святитель Николай начал переводить Писание с китайского языка, однако вскоре убедился в несовершенстве китайских переводов и перешел к переводу Нового Завета со славянского, который считал точнее русского. Каждый стих сверялся с Вульгатой, Септу- агинтой и английским переводом. В трудных местах святитель опирался на толкования святого Иоанна Златоуста. За 4-5 часов работы ему удавалось перевести не более 15 стихов. После того как святитель закончил свой труд по переводу Евангелий и Апостола (первый его вариант), они также стали читаться по-японски. В числе прочего в Хакодате были переведены Послания апостола Павла к Галатам, Ефесянам, Филиппийцам и Колоссянам, а также половина Послания к Римлянам. Тогда же им были переведены краткий молитвослов (с китайского), чин крещения и присоединения иноверных, «Православное вероисповедание» святителя Димитрия Ростовского, Катехизис для оглашенных, краткое изложение Ветхого Завета, «Толковое Евангелие» еп. Михаила (Лузина) и «Нравственное богословие» митр. Платона (Левшина).
Переехав в Токио, святитель Николай прежде всего перевел Октоих, затем Цветную и Постную Триоди, одновременно зани-маясь новым переводом Евангелия. Из Ветхого Завета им были переведены все части, необходимые для совершения годичного круга богослужения. Он не доверял менее педантичным переводам католиков и протестантов и потому старался даже не читать их, опасаясь подчиниться им или невольно заимствовать из них что-либо. Заветной мечтой святителя был перевод всей Библии. В 1910 году он говорил, что по его расчетам для завершения этого труда ему требуется еще пять лет.
«Не перевод Евангелия и Богослужения должен опускаться до уровня развития народной массы, а наоборот, верующие должны возвышаться до понимания евангельских и богослужебных текстов. Язык вульгарный в Евангелии недопустим. Если мне встречаются два совершенно тождественных иероглифа или выражения и оба они для японского уха и глаза одинаково благородны, то я, конечно, отдам предпочтение общераспространенному, но никогда не делаю уступок невежеству и не допускаю ни малейших компромиссов в отношении точности переводов, хотя бы мне и приходилось употребить и очень малоизвестный в Японии китайский иероглиф. Я сам чувствую, что иногда мой перевод для понимания требует большого напряжения со стороны японцев. Но это в значительной мере объясняется новизной для них самого православия...»
Ряд трудностей и опасностей при переводе был связан и с тем, что многие иероглифы веками использовались буддистами и синтоистами, что придавало им вполне определенный смысловой оттенок, делавший невозможным или рискованным их употребление в православном контексте15. В ряде Случаев святитель рассылал перевод того или иного стиха или понятия по приходам с обращенной к духовенству и мирянам просьбой высказаться о нем.
В течение тридцати лет ровно в шесть вечера в келью владыки входил его постоянный сотрудник по переводам Павел Накаи, человек прекрасно образованный, необычайно трудолюбивый и всецело преданный православной вере. Он садился на низенький табурет рядом с епископом и начинал писать под его диктовку. Работа продолжалась обычно четыре часа и заканчивалась в десять вечера.