После того как в 1902 году был заключен союз между Японией и Великобританией, стало очевидно, что война Японии с Россией неизбежна. На соборе 1903 года епископ Николай вынужден был отвечать на чрезвычайно волновавший японских православных христиан вопрос: должны ли они участвовать в войне против России, он ответил, что христиане должны будут выполнить свой долг перед своей родиной вместе со всем народом. В случае начала войны они должны будут относиться к России как к неприятелю, но «воевать с врагами не значит ненавидеть их, а только защищать свое Отечество».
5 февраля 1904 года Япония разорвала дипломатические отношения с Россией. Два священнослужителя, работавших в то время в миссии, вернулись домой. Духовенство и миряне Японской церкви обратились к своему епископу с просьбой остаться в Японии. Епископ Николай отвечал, что он уже принял пред Богом решение остаться в Японии, в своей маленькой квартирке при соборе.
«Я надеюсь, что объявление военных действий не принесет с собою никакой перемены в деятельности нашей Церкви. Катехизаторы будут продолжать проповедовать Евангелие Спасителя, ученики — посещать школу миссии, а я сам отдамся всецело переводу наших богослужебных книг-
Сегодня по обычаю я служу в соборе, но отныне впредь я уже не буду принимать участия в общественных Богослужениях нашей Церкви... Доселе я молился за процветание и мир Японской империи. Ныне же, раз война объявлена между Японией и моей родиной, я, как русский подданный, не могу молиться за победу Японии над моим собственным Отечеством. Я также имею обязательства к своей родине и именно поэтому буду счастлив видеть, что вы исполняете долг в отношении к своей стране».
Во все приходы Японской Православной церкви, встревоженные объявлением войны с Россией, было разослано «Окружное письмо», в котором епископ благословлял японских христиан исполнить свой долг верноподданных, но напоминал:
«Кому придется идти в сражения, не щадя своей жизни, сражайтесь — не из ненависти к врагу, но из любви к вашим соотчичам... Любовь к Отечеству есть святое чувство... Но кроме земного Отечества у нас есть еще Отечество небесное... Это Отечество наше есть Церковь, которой мы одинаково члены и по которой дети Отца Небесного действительно составляют одну семью... И будем вместе исполнять наш долг относительно нашего Небесного Отечества, какой кому надлежит... И вместе с тем будем горячо молиться, чтобы Господь поскорее восстановил нарушенный мир...»
Святитель прекратил всяческую переписку с Россией и всецело посвятил себя переводческой работе.
Когда в Японию стали прибывать русские пленные (общее их число достигало 73 тыс.), святитель Николай с согласия японского правительства образовал «Общество духовного утешения военнопленных». Для окормления пленных им были отобраны пять священников, владевших русским языком. Каждого пленного, прибывшего в Японию, Японская церковь благословила серебряным крестиком. Пленные снабжались иконами и книгами. Сам владыка неоднократно обращался к ним письменно.
Деятельность епископа Николая во время войны была крайне высоко оценена не только в Японии, но и в России. Император Николай II писал епископу Николаю в конце 1905 года: «...Вы явили перед всеми, что Православная Церковь Христова, чуждая мирского владычества и всякой племенной вражды, одинаково объемлет все племена и языки <...>. Вы, по завету Христову, не оставили вверенного Вам стада, и благодать любви и веры дала Вам силу выдержать огненное испытание брани и посреди вражды бранной удержать мир, веру и молитву в созданной вашими трудами Церкви».
24 марта 1906 года епископ Николай был возведен в сан архиепископа.
Послевоенное время принесло новые испытания. Поток пожертвований на православную миссию в Японии из России почти прекратился. Вследствие этого миссия вынуждена была уволить 30 катехизаторов и закрыть Катехизаторское училище.
В 1908 году на Киотоскую кафедру прибыл епископ Сергий (Тихомиров) . Он быстро овладел японским языком и занялся активной миссионерской деятельностью, разъезжая по всей Японии. Его появление весьма утешило архиепископа Николая, писавшего: