В 1639 году исповедание христианства в Японии окончательно запрещается. Япония изолирует себя от мира на два с лишним столетия. Сохраняются лишь торговые контакты с протестантской Голландией (судам голландцев разрешен вход в порт Нагасаки), Китаем и Кореей.
Тогда же возникла и японская катакомбная Церковь, открыто заявившая о своем существовании только в 1865 году (в ту пору численность ее составляла около 20 тыс. человек). Катакомб- ники жили главным образом на западе Кюсю, в окрестностях Нагасаки и Симабара. После легализации они отказались от воссоединения с католиками и сохранили собственную иерархию, состоящую из мирян. Известно, что в годы гонений они поклонялись Богородице под видом бодхисатвы Каннон.
«Открытие» Японии и последовавшие за ним падение сёгуна- та и восстановление императорской власти в 1868 году в корне изменили ситуацию. Страна взяла курс «на Запад». В 1873 году антихристианский закон был отменен. В стране появилось мно-жество христианских миссионерских центров. В том же 1873 году японцы перешли с традиционного лунного на григорианский солнечный календарь. Был установлен единый для всей страны выходной день — воскресенье. В 1854 году Япония подписала торговые договоры со США, Англией, Францией и Голландией.
В 1855 году был подписан и договор с Россией, известный как Симодский трактат. В соответствии с ним японское правительство открывало для России три порта: Симода, Хакодате и Нагасаки. В Хакодате было открыто русское консульство. В ту пору население этого города составляло около 6 тыс. жителей.
Первым русским консулом в Хакодате был назначен Иосиф Антонович Гошкевич (1814-1875), личность замечательная во многих отношениях . Он прибыл в Хакодате в третьей декаде сентября 1858 года в сопровождении семьи, морского офицера, врача, священнослужителя (последний по болезни вернулся на родину в год учреждения консульства), четырех слуг и двух слу-жанок.
Еще до прибытия иеромонаха Николая в Японию русское консульство успело построить в Хакодате церковь Воскресения Христова (впоследствии, во время большого хакодатского пожара, эта церковь сгорела, и на ее месте был построен каменный храм). Строил и освящал церковь отец Василий Махов. Болезнь вынудила его уже через год покинуть Японию и вернуться на родину, после чего И. А. Гошкевич и обратился в Синод с просьбой прислать священника с высшим духовным образованием.
Следует заметить, что в эту пору отношение японцев к иностранцам было весьма и весьма недоброжелательным. Навязанные западными странами договоры «о мире» вызывали крайнее неудовольствие у самураев, считавших иностранцев «варварами» и ратовавших за их полное изгнание. Соответственно открытие страны и появление иностранцев способствовали развитию крайней ксенофобии, проявлявшейся порой в открытом насилии. Так, за первое полугодие 1861 года было убито шесть иностранцев. Вооруженные нападения на христиан, в которых японцы видели едва ли не главных своих врагов, происходили в Киото, Эдо и Иокогаме. В Хакодате инцидентов подобного рода не было, однако и к русским японцы относились с ничуть не меньшей, а то и большей подозрительностью, чем к другим иноземцам. Смута, а вместе с ней и антисёгунские настроения усиливались. В 1862 году началась настоящая гражданская война, закончившаяся в 1868 году отставкой сёгуна и созданием императорского правительства. Последним оплотом сил сёгуна волею судеб оказался Хакодате, занятый флотом Эномото. Однако флот этот был разбит императорскими силами уже в мае 1869 года. Император переехал в Эдо, получивший после этого название Тоокёо [Токио], или «Восточная столица». Началась эпоха Мэйдзи — эпоха «Просвещенного Правления».
«Один Господь знает, сколько мне пришлось пережить мучений в эти первые годы. Все три врага: мир, плоть и диавол — со всей силой восстали на меня и по пятам следовали за мной, чтобы повернуть меня в первом же темном, узком месте, и искушения эти были самые законные по виду: "Разве я, как всякий другой человек, создан не для семейной жизни? Разве не можешь в мире блистательно служить Богу и ближним? Разве, наконец, не нужны ныне люди для России более, чем для Японии?" И т. д. Тысячи наговоров выливают тебе в уши, и это каждый день и час, и наяву и во сне, и дома в келье, и на молитве в церкви. Много нужно силы душевной, великое углубление религиозного чувства, чтобы побороть все это».