В конце 1869 года иеромонах Николай, испросив отпуск, отправляется в Россию ходатайствовать перед Святейшим Синодом о разрешении открыть в Японии русскую духовную миссию.
В Россию иеромонах Николай приехал в феврале 1870 года. Его ходатайство было удовлетворено. 6 апреля 1870 года Александр II высочайше утвердил определение Святейшего Синода об учреждении в Японии русской духовной миссии в составе начальника миссии, трех иеромонахов-миссионеров и причетника. Половину намечаемых расходов брало на себя казначейство, другая половина была отнесена за счет типографского капитала духовного ведомства. Всего духовной миссии ассигновалось 6 тыс. рублей в год и 10 тыс. рублей единовременно. Миссионерские станы располагались в Токио, Киото, Нагасаки и Хакодате. Начальником миссии был назначен иеромонах Николай с возведением в сан архимандрита. Миссия подчинялась ведению Камчатского епископата. Обязанности миссионеров были изложены в «Инструкции для Миссии», представленной иеромонахом Николаем и утвержденной Синодом. Перед отъездом в Японию архимандрит Николай смог повидаться со стариком отцом.
В Хакодате он вернулся в марте 1871 года. Проповедь Евангелия продолжалась и в его отсутствие. В конце года архимандрит Николай крестил в Сендае одиннадцать человек.
Святитель Николай и священники Японской Православной Церкви. Юбилейное фото в честь 25-летия епископской хиротонии святителя Николая. 11 июля 1906 г.
В 1872 году в Хакодате прибыл иеромонах Анатолий (Тихай), кандидат Киевской Духовной академии . Архимандрит Нико-лай отзывался о нем так: «Лучших помощников я не желал бы!» Он оставляет Хакодатскую церковь на о. Анатолия и 4 февраля 1872 года перебирается в Токио.
ТОКИО
Отец Николай поселился в токийском районе Цукидзи, в котором проживали иностранцы — дипломаты и коммерсанты. «Представьте, например, мою обстановку, хотя это одна из последних мелочей. Жара теперь, Боже, кзквя жара! Перестать работать, конечно, нельзя, не об этом речь; и утром до полудня, и вечером с пяти часов человек 20-30 имеет полное право приходить выслушивать уроки Закона Божия. Но куда приходить? Мое жилище — одна комната на чердаке по точнейшему измерению 11 квадратных футов [?]! Вычтите из этого пространство, занимаемое столами, стульями и подобием сделанного дивана, заменяющего мне кровать; высота — стать в ней во весь рост человеку такого роста (как я) едва возможно. Разочтите, сколько воздуха в таком жилье. И в нем, однако, происходит катехизация 20-ти человек. Сидеть — уже не спрашивайте, как сидеть... К счастью, еще два окошка, одно наискось другого. Если благотворительная природа посылает ветерок, то ничего. А если нет веяния воздуха — духота нестерпимая. Внимание с трудом связывает мысли; самое горло отказывается служить полтора или два часа подряд».
В 1872 году в Японии вновь начинаются гонения на христиан. В феврале в Сендае за принадлежность к христианству было арестовано и допрошено более 120 человек. В Хакодате поводом к гонениям послужил пасхальный перезвон, привлекший в церковь множество любопытствующих, чем не замедлили воспользоваться катехизаторы. Губернатор приказал арестовать всех катехизаторов, уволил с работы чиновников-христиан и закрыл типографию миссии. Савабе, занимавшийся катехизацией в Сендае, и Сакаи, находившийся в это время в Хакодате, вновь оказались в тюрьме. Их освобождение стало возможным только после обращения архимандрита Николая к высокопоставленным правительственным чиновникам Ивакура Томоми и Кидо Такаёси, которые, помимо прочего, известили его о том, что отношение японского правительства к христианству вот-вот должно измениться.
И эти изменения не заставили себя ждать. Уже 10 февраля 1873 года вышел указ, отменявший антихристианские законы.
«Признаки того, что Богу угодно просвещение Японии светом Евангелия, с каждым днем выясняются все более. Взгляните на этот молодой, кипучий народ. Он ли не достоин быть просвещенным светом Евангелия? С каждым днем ко всем миссионерам, в том числе и к русским, приходят новые люди, жаждущие знать о Христе. С каждым днем число новообращенных растет... Господь попустил нас испытать гонение, но неизбежная туча уже пронеслась мимо...»
Вскоре архимандриту Николаю удалось найти участок земли для будущей токийской миссии. Он принадлежал графу Тода и находился на холме Суругадай. 16 сентября (3 сентебря ст. ст.) 1873 года он перебрался на этот участок, открыв здесь школу русского языка и катехизаторскую школу, в которых он сам и преподавал.