На 32 тыс. рублей, собранных среди частных жертвователей адмиралом Е. В. Путятиным, в том же 1873 году было построено двухэтажное здание миссии с домовой церковью, классами и дортуарами (спальными помещениями) школы катехизаторов. На средства О. Е. Путятиной (дочери адмирала Путятина) и графини Орловой-Давыдовой была открыта женская школа на 100 учениц.
В катехизаторское училище принимали мужчин в возрасте от 18 до 60 лет, которые должны были представить рекомендацию и ручательство местных катехизаторов.
В Женском духовном училище изучались Закон Божий, арифметика, японская и всеобщая история, китайский, японский и русский языки, каллиграфия, рукоделие и шитье.
Тогда же была учреждена и Семинария (Сэйкё сингакко). Первоначально она размещалась в нескольких специально при-обретенных архимандритом Николаем домиках. Первый выпуск состоялся в 1882 году.
Программа была примерно такой же, что и в русских духовных семинариях, с той разницей, что здесь не преподавались классические языки. Преподавание велось на японском, однако при этом обращалось особое внимание на изучение русского языка. Поступать в семинарию могли юноши и мужчины в возрасте от 14 до 60 лет. Обучение продолжалось семь лет. Кроме богословских предметов в курс семинарии входили русский и китайский языки (при этом изучалась и классическая китайская литература), алгебра, геометрия, география, китайско-японское письмо, история (всеобщая, японская и российская), психология и история философии. Сам отец Николай в течение многих лет преподавал в семинарии догматическое богословие и всеобщую гражданскую историю.
Большинство поступающих в семинарию не были христианами. После окончания четвертого класса они должны были крес-титься или же покинуть семинарию и продолжить свое обучение в другом учебном заведении. С пятого класса студентам семинарии вменялось в обязанность ходить в свободное время по частным домам с проповедью христианства. Младшие же классы в значительной степени носили характер общеобразовательной школы, которая, помимо прочего, давала студентам возможность познакомиться с русской культурой. Об уровне и качестве преподавания в семинарии говорит хотя бы то обстоятельство, что министр иностранных дел Японии Соэдзима Танэоми отдал на обучение и своего сына, и двоих племянников. Воспитанниками Токийской семинарии были доктор Сато Сесуке, ректор университета на острове Хоккайдо, Абэ Хироси, губернатор Токио, Андо Кенсуке, городской глава Иокогамы, министр Като Масуо, дипломат Омаэ Тайдзо и многие другие .
Среди приглашенных из России преподавателей были о. Гавриил (Гаев), о. Владимир (Соколовский), о. Гедеон (Покровский), о. Сергий (Глебов), о. Сергий (Страгородский). В 1897 году семинария перешла в новое трехэтажное каменное здание, построенное на личные средства наследника российского престола, будущего императора Николая II, Царя Мученика.
В миссии были образованы пять отделов: переводческий, издательский, семинария, женская школа, школа для катехизаторов. Кроме того, при миссии существовали детский приют, иконописная мастерская, миссийский хор и библиотека.
Число обращенных непрерывно возрастало. С 1874 года в день святых первоверховных апостолов Петра и Павла стали созываться поместные соборы Японской церкви, в которых принимали участие главным образом миряне . На соборы допускались без права голоса все желающие, в том числе и язычники. Голосование на этих соборах всегда было закрытым. Проводилось два собора: большой — с участием мирян, представляющих различные общины, и малый, в котором участвовали только священнослужители, — на последнем рассматривались прошения, заявления, вопросы церковного управления и намечались кандидаты в священники.
12 июня 1875 года архимандрит Николай предложил сорока катехизаторам выбрать кандидатов для рукоположения. Было названо три имени, однако согласие на хиротонию дал только один из них — Павел Савабе. Бывший жрец и стал первым православным священником-японцем, друг же его Иоанн Сакаи был посвящен во диакона. Рукополагал их специально прибывший для этого в Хакодате начальник Камчатской миссии епископ Павел. В 1878 году тот же епископ Павел рукоположил диакона Иоанна Сакаи и четверых других кандидатов во священники. Хиротония состоялась во Владивостоке. Теперь среди самих японцев было 6 священников, 27 катехизаторов и 50 помощников катехизатора.
Церковь продолжала расти. В 1878 году начальник миссии поднял вопрос о назначении в Японию епископа. Святейший Синод нашел таковое назначение не только возможным, но и необходимым. По телеграфу пришел запрос о согласии архимандрита Николая быть епископом. Он ответил: «Если из России не может быть назначен епископ, я согласен». Таким образом, ему пришлось вновь отправиться в Россию.