На восьмой год после своего приезда в Японию, в феврале 1869 года, о. Николай публикует в российском православном журнале «Христианское чтение» пространный очерк под заголовком «И в Японии жатва многа… Письмо русского из Хакодате». В нем он пишет: «8 лет тому назад я заявил желание занять место при здешнем консульстве тоже с миссионерскою целью (да и кто бы из–за академической парты решился ехать сюда только для того, чтобы раз в неделю отслужить — зачастую в совершенно пустой церкви, так как здесь русских православных и с младенцами не больше десятка?) Тогда же, кстати, много говорено было о необходимости миссионерской академии в России и даже, если не ошибаюсь, приступлено к основанию ее, так что я мог надеяться, что в случае нужды, не останусь здесь один».
Очевидно, что в религиозных кругах тогда распространилось ощущение грядущей новой эры, усилилась тенденция проповеди православия за рубежом, и даже родился замысел создания миссионерской академии для воспитания проповедников. В 1865 году было основано Православное Миссионерское общество, что также говорило о религиозном подъеме в России в ту эпоху. Вдохновленный такими веяниями времени, о. Николай отправляется в Японию с надеждой, что «не останется один».
Получив должность настоятеля консульской церкви, Иван Касаткин 23 июня 1860 года принял монашеский постриг с именем Николай, а 30–го рукоположен в сан иеромонаха. 1 августа 24–летний иеромонах Николай отправился в Японию. Это было долгое путешествие на Восток через Сибирь, во время которого приходилось покупать повозки и нанимать возничих, а порой править и самому.
«В то время не было, как сейчас, сибирской железной дороги, поэтому ехать приходилось на телегах, часто не останавливаясь и ночью. Продолжая путь таким образом, в конце августа он наконец добрался до Иркутска, столицы Сибири, переправился через Байкал, прибыл в Читу, оттуда доехал до станции Сретенск и водным путем по Амуру к концу сентября с большим трудом добрался до Николаевска. Однако уже наступили сильные холода, к тому же водный путь покрылся льдом, морское сообщение с Японией оказалось перекрытым, поэтому пришлось остаться на зиму здесь», — пишет священнослужитель Японской Православной Церкви протоиерей Симеон Мии, вероятно, слышавший рассказ об этом из уст самого о. Николая (Сэйкё Дзихо — «Православный вестник», 1927, февраль).
Это примерно такое же путешествие, которое проделал 30 лет спустя, в 1890 году, Чехов по пути на Сахалин. (Строительство сибирской железной дороги началось в 1891 году, а закончилось в 1903 году).
В Дневнике за 1895 год о. Николай так вспоминает свое путешествие по Сибири в молодые годы: «Тридцать пять лет тому назад, когда я ехал в Японию, в одном месте, в Сибири, с прелестным видом зеленого четвероугольного поля на скате горы, налево, мне мелькнула мысль: хорошо бы навешивать человеку кресты, когда он кончает воспитание и вступает в жизнь и потом, по мере исполнения человеком своих служб, снимать с него кресты, так чтобы он ложился в могилу с чистою грудью, знаком, что исполнил возлагавшиеся на него надежды, насколько Бог помог ему. Это было бы, по крайней мере, разумней. Я теперь совершенно тех же мыслей» (26 июня/8 июля 1895 года).
Это кристально чистое и в то же время сильное по накалу чувство призвания на свое служение не покидало о. Николая всю его жизнь.
Итак, в ожидании кораблей в Японию о. Николаю пришлось зимовать в Николаевске.
К счастью, здесь он встретился с уже находившимся в преклонных летах епископом Иннокентием, имевшим богатый опыт миссионерства на Аляске и также коротавшим здесь зиму.
Иннокентий посоветовал ему «перевести священное писание и молитвослов на язык новообращаемых туземцев с тем, чтобы православие укоренилось в их культуре». Для готовящегося к Японии и еще неискушенного в миссионерстве о. Николая это, должно быть, стало настоящей программой действий. В годы своего пребывания в Хакодате о. Николай с невероятной энергией занимается изучением японского языка (в особенности «камбуна» — китайских текстов, изданных со специальными пометами для того, чтобы текст стал понятен японцам), а также с большим усердием и упорством изучает историю Японии. Думается, что здесь сыграли свою роль и наставления епископа Иннокентия. Его позиция, что «православие должно укорениться в местной культуре», говорит о том, что он учил уважать культуру страны, где ведется миссионерская деятельность.