62–летний ветеран с большой заботой отнесся к 24–летнему юноше, у которого все было еще впереди, и даже собственноручно скроил ему новую рясу, поскольку старая, академическая, была недостаточно солидной. «Поедешь туда, все будут смотреть, какой–де он, что у них за священники. Нужно сразу внушить им уважение», — говорил преосвященный будущему миссионеру, посылая его за бархатом (С. А. Архангелов. Наши заграничные миссии. СПб., 1899).
2/14 июля следующего, 1861–го, года иеромонах Николай прибыл на русском военном корабле «Америка» в Хакодате. Едва открывшись для внешних сношений в конце эпохи Токугава, Хакодате уже был оживленным портовым городом, поприщем активной деятельности японцев из разных частей страны и иностранцев со всех концов света, одним из маленьких центров международной культуры наряду с Нагасаки и Канагава. В этот японский город и прибыл после долгого путешествия 25–летний русский миссионер.
Однако сразу после своего приезда о. Николай, кажется, пережил глубокое разочарование. Он так рассказывает об этом своему сотруднику Сергию (Страгородскому), позже присоединившемуся к миссионерской деятельности в Японии: «Когда я ехал туда, я много мечтал о своей Японии. Она рисовалась в моем воображении, как невеста, поджидавшая моего прихода с букетом в руках. Вот проснется в ее тьме весть о Христе, и все обновится. Приехал, смотрю — моя невеста спит самым прозаическим образом и даже и не думает обо мне» (Архимандрит Сергий. На Дальнем Востоке: письма японского миссионера. 1897).
С такой пылкой решимостью выполнить свой долг приехал молодой миссионер в Японию.
О. Николай немедленно стал готовиться к тому, чтобы разбудить «спящую невесту». Совершая в качестве священника консульской церкви службы для консула, его семьи и подчиненных, а также для экипажей приходящих в порт русских судов, он с достойным удивления рвением готовится к проповедничеству — изучает японский язык и историю страны, характер ее народа, терпеливо пытается завести знакомства с японцами.
Усилия о. Николая по обеспечению миссионерской задачи видны из уже цитировавшегося «Письма русского из Хакодате».
Например, о своих занятиях японским языком он пишет: «Приехав в Японию, я, насколько хватало сил, стал изучать здешний язык. Много потрачено времени и труда, пока я успел присмотреться к этому варварскому языку, положительно труднейшему в свете… И такие люди, как пресловутый знаток японского языка, француз Рони, осмеливаются писать грамматики японского языка! Хороши грамматики, которые приходится бросать в угол как ненужный хлам, спустя неделю по приезде в Японию! Видно, долго еще изучающим японский язык придется изучать его инстинктом, чрез чтение книг и механическое приучение себя к тем или другим оборотам разговорной и письменной речи. Так инстинктивно и я научился, наконец, кое–как говорить и овладел тем самым простым и легким способом письма, который употребляется для оригинальных и переводных ученых сочинений. С этим знанием я немедленно приступил к переводу Нового Завета на японский».
Таким образом, о. Николай последовал советам епископа Иннокентия.
Вот что он пишет по прошествии двух лет после приезда в Японию в своем письме обер–прокурору Синода А. П. Ахматову: «Я говорю по–японски в настоящее время довольно свободно. […] Я хорошо познакомился с здешними бонзами, хожу иногда слушать их проповеди и заимствую от них религиозные их сведения». В этом же письме он также пишет: «Я обучаю русскому языку шесть разного возраста японцев».
О. Николай учился языку у разных японцев, одним из которых был Кэнсай Кимура. Его сын Тайдзи Кимура (занимавший в свое время пост директора Банка Тайваня) в своей автобиографии пишет, что в Хакодате о. Николай получил от Кэнсая «начальные знания по японскому языку, истории Японии, конфуцианству, буддизму и т. д.».
«О. Николай, 25–26 лет молодой человек высокого роста с голубыми глазами, практически каждый день приходил в школу к отцу и усердно занимался. […] Как рассказывала мать, о. Николай очень любил дискуссии и часто спорил с отцом, вообще был очень ревностным учеником, что очень сильно отличало его от японских студентов. […] Когда о. Николай приходил к нам домой, он обязательно заходил на кухню и, поймав мать, начинал спрашивать ее: „Как называется этот суп? А как будет по–японски вот эта желтая редька?“ — имея в виду суп из соевых бобов „мисо–сиру“ и маринованную редьку ,,такуан“», — пишет Т. Кимура.