Особенность японского языка о. Николая заключалась в том, что он очень глубоко освоил китайскую письменность и литературу и превосходно владел письменным языком — более, чем устным. Он полностью прочитал в оригинале такие основные книги по истории Японии, как «Кодзики» («Записи о деяниях древности»), «Нихон Сёки» («Анналы Японии»), «Нихон Гайси» («Внешняя история Японии»), а также «Сутру лотоса» и другие книги буддийского канона и впоследствии читал семинаристам–японцам лекции по этим темам. Такой глубиной владения китайским языком о. Николай, вероятно, во многом обязан образованию, которое он получил от ученого–конфуцианца К. Кимуры, который был известен в школе своего клана незаурядными способностями.
Кимура Тайдзи также пишет: «о. Николай горячо уговаривал родителей отдать ему одного из моих братьев, Фусадзи или Цунэдзи: „Дайте одного, дайте младшего, я отправлю его в Петербург для учебы“, — но родители так и не согласились. Если бы это действительно осуществилось, то один из моих братьев, возможно, стал бы личностью, которая могла бы сыграть заметную роль в отношениях между Японией и Россией. Жаль, что этого не случилось».
Как можно заключить даже из этого короткого отрывка, с самого начала своего пребывания в Японии о. Николай стремился перебросить мостик людских связей между Россией и Японией. Впоследствии он приглашал в Японию русских мальчиков, которые проходили обучение в Токийской Миссии. Приглашал и учителей церковного пения из России, а также отправлял в Россию на учебу способных японских семинаристов.
Среди учеников и сотрудников о. Николая немало людей, которые внесли свой вклад в развитие связей между Японией и Россией (за исключением политической сферы). Это такие люди, как Яков Тихай, положивший начало распространению в Японии западной музыки; отец Сергий Глебов, автор «Русской грамматики», в значительной степени способствовавший развитию изучения русского языка японцами; отец Петр Булгаков, переведший на русский язык японский учебник по нравственности и морали для начальной школы; Рин Ямасита, изучавшая живопись в женском монастыре в Петербурге; Сёму Нобори, очень много сделавший для того, чтобы японцы смогли познакомиться с русской литературой; Есибуми Куроно, много лет отдавший преподаванию японского языка в Петербургском университете, и другие.
В написанной в июле 1868 года статье «И в Японии жатва многа… Письмо русского из Хакодате» о. Николай пишет о том, как он начал тайно проповедовать христианство среди японцев: «Между тем я старался делать, что возможно, и для непосредственно миссионерской цели. На первый раз, конечно, нужно было искать людей, которые, приняв христианство, способны были бы, в свою очередь, сами служить к распространению его… Уж четыре года спустя, по прибытии моем сюда, Бог послал мне одного человека… Познакомившись с Верою, он почувствовал отвращение к своему служению, бросил его и решился посвятить свои силы на служение Богу истинному. Спустя год, он нашел себе товарища, а еще в продолжение года они нашли себе третьего собрата. […] Но вдруг [в апреле 1868 года] в Хакодате получаются указы нового правительства: третьим из них — запрещение принимать христианскую веру. […] Так как они давно уже приготовлены были к крещению, то я (18–го мая) крестил их, нарекши имена: […], снабдил книгами и отправил в разные стороны… Целию их путешествия, кроме ближайшей — скрыться от опасности, поставлено еще то, чтобы они хорошенько разузнали везде направление умов, постарались найти людей, нужных для нашего дела и, наконец, если можно, положили по местам хоть начатки христианских обществ».
Упоминаемые здесь трое японцев, ставшие под руководством русского миссионера о. Николая первыми православными христианами в Японии, — это синтоистский жрец из Хакодате Такума Савабэ, врач Токурэй Сакаи и Дайдзо Урано. Усилиями двух из них, Савабэ и Сакаи, семена православной веры начали сеяться в Сэндае и окружающих этот город северных районах Японии.