Получив желаемый отпуск, о. Николай в начале 1869 года возвращается в Россию и в течение двух проведенных там лет неустанно убеждает Синод и влиятельных церковных иерархов в необходимости открытия Миссии в Японии, а также посещает четыре российские духовные академии, где горячо призывает молодых академистов заняться проповедью православия в Японии.
Во время своего пребывания в России, в сентябре 1869 года, о. Николай опубликовал в журнале «Русский вестник», редактором которого был влиятельный консервативный журналист Катков, длинную статью под названием «Япония с точки зрения христианской миссии». В ней он снова рассказывает образованному слою русских людей о ситуации в Японии и пишет о том, что проповедь православия в Японии обязательно принесет свои плоды.
Публикуемые нами ныне «Дневники св. Николая Японского» начинаются с записи, сделанной 1 марта 1870 года (все даты во время пребывания в России — по старому стилю) в Александро–Невской лавре в Петербурге во время этого возвращения в Россию.
Если коротко описать дальнейшую деятельность о. Николая и историю Японской Православной Церкви, то 6 апреля 1870 года (старого стиля) было утверждено определение Святейшего Синода об учреждении Российской Духовной Миссии в Японии, а сам о. Николай назначен ее начальником с возведением в сан архимандрита. В марте 1871 года он с новыми чаяниями едет в Японию, чтобы опять взяться за миссионерскую работу.
А в конце 1871 года в Японию приехал новый сотрудник — иеромонах Анатолий (Тихай). О. Николай поручил церковь в Хакодате Анатолию, а сам выехал в столичный Токио, где приступил к проповеди.
И затем в течение 40, а с первого приезда в страну — 50 лет о. Николай трудился над распространением православия в Японии.
Как уже было указано в главе о Е. В. Путятине, с марта 1879 по ноябрь 1880 года о. Николай во второй и последний для него раз ездил в Россию для сбора средств на строительство собора в Токио. Во время этого возвращения, 30 марта 1880 года, в кафедральном соборе Александро–Невской лавры в Санкт–Петербурге он был хиротонисан во епископы.
Дневниковые записи, сделанные во время этого второго возвращения, подробно рассказывают нам о том, с кем был связан о. Николай и какие люди в России оказывали поддержку работе Православной Миссии в Японии. В этом смысле прежде всего необходимо назвать имя митрополита Исидора (Никольского), который был наиболее мощной опорой для о. Николая в его миссионерских трудах в Японии. О. Николай до конца своих дней почитал и с любовью вспоминал митрополита Исидора как своего учителя и благодетеля. Вот что он пишет в своем Дневнике в праздник Успения Пресвятой Богородицы: «Двадцать четыре года тому назад в этот день я служил Литургию в Крестовой Церкви Высокопреосвященного Митрополита Исидора в Петербурге вместе с ним и после нее уехал из Петербурга сюда. Накануне хотел уехать, но владыка удержал: „Зачем так торопиться? Завтра помолимся вместе, тогда и отправляйтесь”. Сегодня вспомнил это и грустно и бедно молился, стоя в алтаре» (15/28 августа 1904 года).
Кроме того, в дневниковых записях этого периода можно встретить, например, такие излияния души о. Николая, уже полностью посвятившего всего себя миссионерству в Японии: «Теперь сажусь продолжать на станции Чудово, на пути в Новгород и Юрьевский монастырь просить 2 тысячи, последние недостающие, так как Киевский Митрополит, от которого я только что еду, дал 2 тысячи. Запустил дневник, а между тем хотелось обозначить каждый день в кратких чертах, чтобы после — в Японии, когда взгрустнется и захочется в Россию, при взгляде на дневник останавливалось прихотливое хотение. „Хорошо только там, где нас нет”. В Японии хочется в Россию, а в России прожил ли хоть один день, чтобы не хотелось в Японию! Где счастье? Нет его на земле; везде, где бы ни быть в данную минуту, полного спокойствия и счастья никогда не испытываешь; всегда стремишься к чему–то вперед, жаждешь перемены; а придет перемена, видишь, что не того ждалось, и возвращаешься помыслами к прежнему. В России лучшие из лучших минут — это, конечно, часы, проводимые мною у Ф. Н. Быстрова. Маленький земной рай это милое семейство, — и нет, кажется, — не видал лучше его на свете. […] Расцветаю я душой и согреваюсь в этом милом семействе, — но что и в нем наполняет меня? Та же вечная мысль об Японии и Миссии! Разогретый и расширенный душевно, — я становлюсь лучше относительно Миссии; значит, и тут главное Миссия, — и вечно и везде — одна Миссия и Япония, и не скрыться мне от них, и не найти другого — лучшего на земле, другого счастья, кроме Миссии и Японии. Так о чем же я скучал в Японии? Чего искала душа? Не убежишь от того, что приросло к ней, — и счастье мое па земле — это одно — хорошее течение дел по Миссии. […] Дай же, Боже, мне поскорее вернуться туда и никогда уже не скучать там и не хотеть в Россию! При прочтении этих строк, когда какая досада или тоска станет одолевать в Японии, дай, Боже, всегда успокоиться и отрезвиться от недельной мысли искать счасться — хоть бы во временном отпуске в России» (28 сентября (26 октября) 1879 года).