Душа о. Николая уже была полностью отдана японской миссии, и, таким образом, уже к тому моменту он был «Николаем Японским».
В апреле 1906 года о. Николай был возведен в сан архиепископа, а 6 лет спустя, 16 февраля 1912 года скончался в возрасте 75 лет на территории Миссии в Токио. Борясь в последние годы жизни со страданиями, причиняемыми сердечной болезнью и астмой, он до самой смерти занимался переводом и редактированием богослужебных книг и даже в день своей смерти давал своему преемнику епископу Сергию (Тихомирову) последние инструкции по ведению миссийских дел.
Перед его кончиной, в 1911 году, православие в Японии насчитывало 31 984 верующих, 265 приходов, 41 священника, 15 хоровых регентов, 121 катехизатора. Единое пшеничное зерно дало плод многий.
В 1970 году, через 58 лет после кончины, о. Николай был прославлен Русской Православной Церковью в лике святых с наименованием «равноапостольный».
Дальнейшая судьба основанной о. Николаем Японской Православной Церкви сложилась непросто: после кончины своего основателя ее одна за другой начали захлестывать волны различных несчастий.
Наиболее серьезный удар от русской революции 1917 года в Японии как непосредственно связанная с Россией испытала на себе именно Японская Православная Церковь — и шок от этого удара был не из тех, что быстро проходят. А в 1923 году, словно вдогонку, произошло другое несчастие: Великое кантосское землетрясение нанесло серьезнейший ущерб Собору Воскресения Христова в Токио (широко известному под названием «Николай–до» — «храм Николая»), восстановление которого потребовало долгого времени и больших трудов как священнослужителей, так и верующих Японской Церкви.
После этого Церковь вынуждена была страдать от преследований со стороны поднявшего голову японского милитаризма.
После Второй мировой войны на волне времени и при поддержке зарубежных миссий в Японии активизировалось христианство, пришедшее из Америки и Западной Европы, но в Японской Православной Церкви, которая была оторвана от Русской Матери–Церкви, такого «возрождения» не произошло. Наверное, можно сказать, что проблему взаимоотношений между церковью и международной политикой в Японии наиболее остро на своем опыте прочувствовала именно эта маленькая Церковь. Размышляя о проблеме восприятия японцами гигантского социально–политического разрыва, происшедшего при переходе от Царской России к Советскому Союзу, также нельзя игнорировать опыт Православной Церкви в Японии.
Из Дневников св. Николая в Японии
Святитель о. Николай иногда отправлялся в поездки по местным приходам. Естественно, что, занимаясь миссионерской деятельностью в Японии целых 50 лет, он объездил всю страну. В своих Дневниках он подробно записывает состояние каждого прихода — от количества прихожан до таких деталей, как состав семей верующих, размер средств, необходимых для постройки храма, и т. д.
Он также описывает виды природы, рек и гор, которые встречались по дороге, впечатления о том, насколько бедный или богатый поселок или село, где он побывал, какая прослойка там больше — самурайского дворянства или простого народа, какая промышленность есть в той или иной местности, как ведутся сельскохозяйственные работы в деревне. Путевые заметки о. Николая можно назвать также своего рода полевыми записями о состоянии японской деревни в эпоху Мэйдзи.
Например, во время посещения района Цугару он записывает в своем Дневнике: «Местность бедная; кто мечтает о чистоте японских жилищ, будто бы повсюдной, пусть приедет сюда и посмотрит, в каких грязных соломенных лачугах живет бедный японский люд, по крайней мере, в Цунгарской области» (5/17 мая 1893 года). Надо сказать, что в эпоху Мэйдзи было не так много иностранцев, которые настолько хорошо знали японскую деревню.