В японских народных обычаях нет религии, которая имела бы строго определенное учение, однако верующих людей очень много. Судя по всему, о. Николай считал, что на почве религиозных чувств таких людей можно посеять семена истинной веры, то есть православного христианства.
Нельзя также сказать, что о. Николай воспринимал христианство как основу обладающей несравнимым превосходством западной цивилизации, подчеркивал его абсолютное значение или хотел «осчастливить» японцев, выведя их в христианский мир с помощью «западной науки» путем отказа от всего японского и предмодернистского, средневекового. Это можно объяснить тем, что в числе прочего он с усердием изучал «камбун», занимался историей Японии и чувствовал, что японцы — народ, обладающий незаурядной культурой. Он признает, что Япония, будучи языческим государством, в то же время является выдающейся страной. Находясь в Японии долгое время и путешествуя по различным областям, о. Николай практически каждый день сталкивался с особенностями духовной культуры японцев, где синтоизм, буддизм и конфуцианство составляют одно неразрывное целое, и ощущал своеобразие и незаурядность этой культуры. Вот что он пишет, в путешествии по району Хокурокудо встретившись неподалеку от Фукуи с толпами народа, собравшегося на день памяти Рэннё, одного из основателей секты Дзёдо–синсю.
«Среди многих десятков, быть может, сотни тысяч не было ни единого пьяного и ни на волос никакого неприличия, никакой грубости, никакой неблаговоспитанности. Нужно сказать правду, японский народ тремя своими религиозными пестунами — буддизмом, конфуцианством и синтуизмом, и еще своим строгим правительством воспитаны для сей жизни замечательно хорошо; и это доброе воспитание вполне сохраняется еще в местностях, закрытых для иностранного влияния, как в Хокурокудо» (20 апреля/2 мая 1893 года).
О. Николай не был согласен с вестернизацией японского образования. Уже в своей статье «Япония и Россия», опубликованной в журнале «Древняя и новая Россия» в 1879 году, он пишет: «Буддизм — самая глубокая из языческих религий, и конфуцианизм — высшая из языческих нравственных философий. Многими прекрасными нравственными качествами, конечно, японцы обязаны этим двум своим педагогам». Кроме того, несмотря на то, что буддизм и конфуцианство проникли во все уголки японского общества, «не умерло и национальное учение — синтуизм: оно нейтрализировало почву для самостоятельных умов Японии, которые, без злобы и зависти видя разлив по стране иностранных учений, нашли возможным отстоять против них и свои убеждения, показав чрез то, что иностранные учения не безусловно хороши и не вполне удовлетворяют Японскому духу. В самом деле, Синту именно оказал великую услугу Японии тем, что он не дал слиться буддизму и конфуцианизму с Японским духом».
О. Николай был, пожалуй, единственным христианским миссионером, обладавшим в эпоху Мэйдзи таким глубоким пониманием Японии.
Существует еще один важный момент: о. Николай был все–таки русским миссионером и, в отличие от протестантских и католических миссионеров из Европы и Америки, принадлежал к миру православия, которое еще сохранило в себе действительную религиозную сущность. Христианская вера, которую он проповедовал, вероятно, была близка «японскому духу» эпохи Мэйдзи с его остатками средневекового мироощущения.
«Японцы, кажется, и обнаруживают наклонность именно к православию. Не нравится им гнет католичества. […] Не нравится японцам и протестантство. Протестантство, давая лишь библию в руки, но предоставляя каждому понимать ее как угодно, не может удовлетворить их религиозной жажды», — пишет о. Николай (Япония и Россия. — Древняя и новая Россия, ноябрь 1879 г.).
Как русский человек, приехавший в Японию уже в зрелом возрасте, о. Николай, естественно, делает о Японии различные наблюдения и сравнивает ее с Россией. Например, в работе «Япония с точки зрения христианской миссии» (1869) он пишет, что Япония — не страна «восточной тупости и неподвижности», как ее представляют в России; что в Японии не наблюдается «абсолютный деспотизм сверху и безответное раболепство снизу, невежество, отупение и вместе с тем невозмутимое самодовольство и гордость»; что «деспотами, в том смысле, какой мы привыкли соединять с этим словом, [японские] императоры никогда не были»; что «образование здесь разлито почти равномерно по всем слоям народа» и т. д., предлагая таким образом свои представляющие большой интерес наблюдения о Японии в сравнении с Россией.