Кстати говоря, Япония, ощущая пристальное наблюдение за ходом войны со стороны развитых стран — Европы и Америки — и желая показать себя «цивилизованной страной», старалась обращаться с русскими военнопленными очень гуманно. Так, в лагере в Мацуяма на о. Сикоку, где находилось в неволе около 6 тысяч человек, разрешалось получать денежные переводы с родины, обменивать их на японские йены и пользоваться ими. Офицеры могли свободно покидать территорию лагеря, снимать дом или квартиру. Они любили развлечения, часто кутили в ресторанах с участием гейш, а гостиница с горячими источниками («онсэн») в Дого благодаря русским военнопленным даже пережила невиданный за свою историю расцвет.
Российский Император Николай II через французского посланника в Японии направил епископу Николаю приказ об обеспечении «религиозного утешения» для русских военнопленных, оказавшихся в Японии (24 марта/6 апреля 1904 года). А российский Синод отправил для военнопленных 129 посылок с книгами на русском языке. Эти факты стали впервые известны благодаря Дневникам св. Николая.
Однако о. Николай трудился на благо военнопленных не по приказу. Его служение имело различные формы: он в большом количестве отправлял находящимся в лагерях русским офицерам ободряющие письма, на Рождество для утешения пленных посылал к ним молодых преподавателей семинарии с «волшебными фонарями». Конечно, в основе его деятельности лежало сострадание к своим соотечественникам, потерпевшим поражение и оказавшимся в плену у вражеской Японии, но в то же время он делал это не только ради самих русских.
Вот что пишет об этом сам святитель: «Усердное служение наших священников у военнопленных и хорошее обращение японцев с военнопленными вообще немало принесут пользы для Японской Православной Церкви и для сближения Японии с Россиею вообще: больше тысячи пленных, вернувшись, разойдутся в тысячи мест России и везде молвят доброе слово о японцах и Японской Православной Церкви» (23 июля/ 5 августа 1904 года).
Также в письме к обер–прокурору Святейшего Синода К. П. Победоносцеву о. Николай просит его передать Императору, как хорошо японцы обращаются с русскими военнопленными (4/27 января 1905 года).
Получив от томского епископа письмо с просьбой прислать для находящихся в Томске японских военнопленных книги на японском языке, о. Николай сразу же отсылает большое количество японских Библий. А когда из России приходит просьба отца солдата, погибшего при Порт–Артуре, узнать хотя бы от японцев обстоятельства гибели сына, он старается удовлетворить и эту просьбу.
Таким образом, со страниц Дневника перед нами предстает образ о. Николая, который прилагал все усилия для того, чтобы не оборвать нити, связывающие Японию и Россию.
Русские военные, вернувшиеся на родину после заключения мира, много рассказывали о своем пребывании в Японии. Солдаты хвалили японских врачей и медсестер, которые ухаживали за ними, а среди офицеров были и такие, кто выпустил о своем японском опыте объемистые книги с фотографиями, — например «646 дней в плену у японцев» Г. Г. Селецкого (1910) или «В японской неволе» Ф. П. Купчинского (1906).
Война, оставившая такое благоприятное впечатление у военнопленных, наверное, редкость.
Сразу после окончания русско–японской войны, в июне 1906 года, японский писатель Рока Токутоми совершил путешествие в Россию. Он рассказывает о том, что благодаря военнопленным, вернувшимся из Японии, среди русского народа распространилась репутация о японцах как о «хороших, добрых людях» (Рока Токутоми. Путевые заметки. 1906).
Не только во время русско–японской войны — всю свою жизнь о. Николай последовательно стоял на позиции, что Япония и Россия — страны, которые не должны подвергать опасности основные условия существования друг друга. Он убеждал представителей научных кругов в России в необходимости многогранного изучения Японии, принимал мальчиков из России для обучения с тем, чтобы в будущем они стали переводчиками, а также посылал на учебу в Россию способных японских семинаристов. Для русских, приезжавших в Японию с целью научных исследований, о. Николай был своего рода принимающей стороной и научным руководителем. Так, известный ученый–японист Д. М. Позднеев пишет: «Можно без преувеличения сказать, что все приезжающие в Токио и вообще в Японию русские пользовались постоянным содействием покойного архиепископа и его учеников. Это факт всем нам хорошо известный» (Позднеев Д. М. Архиепископ Николай Японский. 1912). Читая Дневники, можно часто встретить подтверждающие эти слова записи о различных посетителях, которые приходили к о. Николаю.