Особенно глубока была его привязанность к родному селу. Узнав, что его земляк, ботаник С. А. Рачинский, строит училище для крестьян, о. Николай сразу же отправил из Японии значительное пожертвование, а впоследствии каждый год посылал деньги для этой школы, которая была названа его именем. «Из родного села Березы, — пишет о. Николай, — получил фотографию церкви и другую — училища, названного от Сергея Ал. Рачинского моим именем, потому что посылаю на него 200 рублей в год. Группа из 50 мальчиков и девочек с отцом Петром Соколовым в средине очень симпатичная: лица осмысленные, одеты прилично, хотя разнообразно» (17/30 октября 1910 года). Через одного из своих знакомых в России о. Николай дарил этому училищу волшебный фонарь, орган и другие вещи.
В Дневнике от 23 апреля/6 мая (День великомученика Георгия) 1910 года святитель Николай, которому исполнилось уже 73 года, неожиданно записывает следующее: «Праздник в моем родном селе Егоров–Березе. Родные, должно быть, и обо мне вспоминают. Ярмарки там, много народа и очень весело». И для приехавшего в Японию в 25 дет, и прожившего в ней около 50 лет о. Николая Японского все равно было трудно забыть свое родное село.
Кроме того, поскольку о. Николай был монахом, он прожил всю жизнь один, но всегда беспокоился о своих родственниках, живших в России. Так, он время от времени посылал деньги племяннику через своего близкого друга в Петербурге, отца Федора Быстрова.
Младший брат святителя Николая, Василий, тоже стал священнослужителем. Получив в 1911 году известие о смерти брата, служившего протоиереем в Сызрани, 74–летний о. Николай пишет: «Весьма прискорбно! Единственный брат, на три года моложе меня. Хорошо, что дошло до него и утешило его мое последнее письмо, которым я отвечал на его убеждение — не ехать в Россию на покой, а оставаться навсегда в Японии; он встревожен был кем–то пущенной в газете выдумкой, что я прошусь на покой в Смоленском Авраамиевском монастыре. Царство тебе небесное, дорогой брат! Тотчас же написал соболезнование и утешение вдове» (15/28 февраля 1911 года).
Иван Касаткин учится в начальной приходской школе Бельского уезда, а затем поступает в семинарию г. Смоленска в 150 километрах от дома и, окончив ее с отличием, получает разрешение продолжить образование в Петербургской духовной академии на государственную стипендию.
Такой путь, вероятно, не был чем–то необычным для проявлявшего способности в учебе сына диакона. И, продолжая таким образом шаг за шагом получать образование в учебных заведениях Православной Церкви, в конце концов он мог бы гарантированно получить на ее иерархической лестнице хорошее место. Но этот одаренный студент в 24 года решает посвятить свою жизнь проповеди христианства в далекой языческой
Японии и, оставив все, отправляется туда, причем не женатым священником, а иеромонахом.
Известно, что еще в семинарии Иван хотел в будущем отправиться в Китайскую Миссию, о которой ему рассказывал учитель. Похоже, мечта проповедовать язычникам жила в нем с детских лет. А в годы учения в академии он прочел «Записки капитана Головнина о приключениях его в плену у японцев в 1811, 1812 и 1813 годах», и дремавшая мечта о миссионерстве пробудилась с новой силой — но теперь взоры его от Китая обратились к Японии.
Святитель Николай так пишет об этом в своем Дневнике: «Пошел с 6–ти часов, когда пришли сказать, что все [для ,,симбокквай“] готово. Было отличное угощение чаем, фруктами и печением, и хорошо убранная столовая, где всегда производятся собрания, цветами и флагами. […] Попросили и меня сказать что–нибудь; взял темой: „воля Божия, о которой мы ежедневно молимся в «Отче наш», нас и направляет, если мы не противимся ей“, — и рассказал, как именно твердо признаю, при всем недостоинстве своем, что воля Божия послала меня в Японию: в Семинарии рассказ Ив. Феод. Соловьева, профессора, о Китае и отправлении туда в Миссию его товарища по Академии о. Исайи Полкина, возбудили у меня желание ехать в Китай на проповедь Евангелия; в Академии чтение путешествия Головнина пробудило забытое желание, — но уже в направлении Японии» (21 октября/3 ноября 1907 года).
В один прекрасный день студент духовной академии Иван Касаткин, питавший неясную тягу к Японии, увидел в аудитории объявление о приглашении священника для российского консульства в г. Хакодате на острове Эдзо (Хоккайдо) в Японии. Это произошло в июне 1860 года, на последнем курсе его учебы в академии.
«Проходя как–то по академическим комнатам, я совершенно машинально остановил свой взор на лежавшем листе белой бумаги, где прочитал такие строки: „Не пожелает ли кто отправиться в Японию на должность настоятеля посольской церкви в Хакодате и приступить к проповеди Православия в указанной стране". А что, не поехать ли мне, — решил я, — и в этот же день за всенощной я уже принадлежал Японии» (Отдых христианина. 1912, № 2.)