Осенью 1989 года по настоянию М. С. Горбачёва Щербицкий ушёл в отставку с должности первого секретаря Компартии Украины, его сменил Владимир Ивашко.
16 февраля 1990 года - через пять месяцев после отставки и за день до своего 72-летия - Владимир Щербицкий умер. Официальная версия - от воспаления легких.
Существует версия, что Щербицкий был убит, чтобы не допустить его возвращение во власть после развала СССР как политика, который выступал за сохранение СССР.
За годы, когда В. В. Щербицкий находился на высших руководящих постах, почти в четыре раза вырос экономический потенциал УССР. Объемы промышленного производства увеличились почти в пять раз. Практически в два раза увеличилась за это время продукция сельского хозяйства. Численность населения Украины увеличилась с 43,1 миллиона в 1961 году до 52 миллионов в 1990 году, или почти на 9 миллионов человек.
В течение 13 лет после смерти имя Щербицкого было в опале, украинские СМИ (с подачи руководства страны) публиковали о нём преимущественно негативные материалы.
Лишь в 2003 году, в связи с 85-летием со дня рождения Щербицкого, он был фактически "реабилитирован". На его родине в Днепропетровске прошли торжественные мероприятия, была открыта мемориальная доска, в честь Щербицкого была названа одна из улиц города.