Не успел этот посланный возвратиться к пославшему его, как к св. Феодору явился новый посланец от самого царя, именем Анастасий, лютый и бессердечный, который своими руками избил святого, дав ему до 100 ран; то же сделал и ученику его Николаю; и заключив затем обоих в темное и тесное место, повелел крепко держать их во всякой нужде, – и удалился. Приказ этот жестокий исполняем был строго: темно, смрадно, сыро; в малое оконце бросали им по небольшому ломтю хлеба, недостаточному и для одного, и подавали кружку воды, иногда чрез день и более, как будто имелось в виду голодом уморить их; болезнь от ран и грубости от прислужников увеличивали тесноту сию. В такой нужде св. Феодор положил, воодушевляясь верою, питаться только Пречистым Телом Господа от запасных даров, которые имел с собою, – все же подаваемое отдавал ученику своему.
По довольном времени проезжал тем местом какой-то царский вельможа и, узнав об участи преподобного с учеником, велел облегчить их страдания; давать побольше пищи и пития и обходиться с ними помилостивее. Так прошло более трех лет. Тут попало в руки царя одно из посланий св. Феодора, в котором обличалось нечестие царя и давалось наставление крепко держаться Православия и мужественно претерпевать за него гонения и муки. Разозлился царь и послал какого-то зверонравного вельможу – показать преподобному послание, и удостоверившись, что оно его, избить его до последнего издыхания. Преподобный признал послание своим, – и был избит безжалостно и оставлен еле дышащим. Также поступлено и с учеником его. Насытив свое злонравие, посланец возвратился к пославшему; а страдальцы, благодушно пострадав за истину, начали пещись друг о друге. Св. Феодор не мог двигаться и лежал в изнеможении еле дыша, ни пищи не принимая, ни пития. Ученик был немного крепче, и забыв о себе, всю заботу обратил на святого, и питая и напояя его ячменным отваром с какою-то травою. Когда святой несколько оправился, тогда в свою очередь помогал и он ученику, особенно в уходе за ранами. Они очищали друг у друга раны и обрезывали висевшие клоки тела, омывали нагноения и намащали язвины, чем могли.
Так промучились они девяносто дней и еще не совсем поправились, как прибыл от царя еще посланец, жестокий и бесчеловечный, с повелением отвести страстотерпцев в Смирну. Это совершено под немилостивою стражею, с лишениями, озлоблениями, нуждами и всяким изнеможением. Только особенная помощь Божия дала страстотерпцам силу дойти до назначенного места. Здесь они отданы были в руки епископу, человеку злому, зловерия наставнику, и заключены в низкую, тесную и темную хижину, где претерпевали всякие лишения и нужды.
Немного спустя прибыл от царя прежний немилостивый Анастасий и, нанесши преподобному сто ран, опять отправился назад. Преподобный же все сие претерпевал благодушно, Бога благодаря.
Смирнскою областию управлял тогда племянник и единомышленник царев. Он заболел и приближался к смерти. Некто из прислуживавших ему, правоверный, помянул ему о св. Феодоре, имеющем дар целить болезни. Больной послал к преподобному с прошением молитв. Преподобный, исчислив все его зверства над православными, за которые не миновать ему вечных мук, предложил ему покаяться, хоть под конец. Ужаснулся воевода того, что его ожидало, и обратился к преподобному, прося прощения и обещаясь принять Православие, если получит исцеление. Св. Феодор послал ему икону Пресвятой Богородицы, заповедуя ему чествовать ее до конца жизни своей. Приняв икону, воевода тотчас почувствовал облегчение и стал оправляться. Оздравление его подходило уже к концу, как он опять отпал в прежнее зловерие, увлечен будучи Смирнским епископом, еретиком. Потом больной принял от этого епископа елей в благословение. Но лишь только помазался им, как впал в прежнюю болезнь, – и зле изверг душу свою.
Более полутора лет прострадал преподобный в Смирне. И еще бы страдал, но царя злочестивого убили, а поступивший на место его Михаил (Травлий или Валвос) был равнодушен к вере и оставлял всякого веровать, как хочет. При нем все изгнанные и заточенные в прежнее царствование получили свободу. Пришло повеление отпустить и св. Феодора с учениками его. (В этих заточениях при Льве Армянине пробыл св. Феодор около семи лет; да прежде при Константине за обличение его в неправости брака пять лет).
Собрались тогда к преподобному все бывшие в изгнании ученики его; и он вместе с ними возвращение совершал восвояси, всюду встречаемый радостно с любовию; ибо вся Церковь радовалась о возвращении его. Достигши до Халкидона, виделся он со св. патриархом Никифором; и утешились взаимно оба они, яко сострадальцы за единое правое дело веры. С ним вместе доходили они до царя и убеждали его принять Православие. Но он сказал: «иконам покланяться не хочу, – и не хочу, чтоб они видны были в Константинополе; имейте их, где хотите, и чтите, как знаете».