Каждый раз, когда Василий II оказывался свергнутым с престола, он получал мощнейшую поддержку со стороны московской служилой элиты и посада. Очевидно, личность Великого князя была сложнее и притягательней нарисованной в историографии плоской карикатуры серого неудачника, если его поддерживали и Церковь, и бояре, и норовѝстый посад.
Шемяка в 1446 году не выступал с возобновлением притязаний своего отца — он действовал как заговорщик, который воспользовался чрезвычайными обстоятельствами военной катастрофы, постигшей Василия. Рассматривать эти два эпизода как единую династическую войну — так же натянуто, как обычай пристегивать к «войне роз» выступление Генриха Тюдора и битву при Босворте, состоявшуюся 14 лет спустя битвы при Тьюксбери, после мирного правления Эдуарда IV и Ричарда III. Продолжавшаяся после этого 6 лет война Шемяки и Василия II была, по сути, агонией узурпатора, пользовавшегося поддержкой в своей Галицкой земле и Новгороде, и закончившейся его отравлением.
В результате искусственного сращивания в историографии эпизода с Юрием Звенигородским и эпизода с Шемякой, возникает историографическая аберрация, из-за которой весь 37‐летний период правления Василия II предстает как эпоха сплошной нестабильности и неустойчивости великокняжеской власти. Хотя в совокупности периоды, когда власть московского государя была непрочна и всерьёз оспаривалась, не составили в общей сложности и 5 лет. Всё остальное время большая часть Московского государства провела в мире и сравнительной стабильности. Сравнить это с бойней, шедшей в Англии, где при Таутоне в один день погибло 12 000 преимущественно знатных воинов, попросту невозможно.
Если мы откажемся от представления об эпохе Василия II как о времени непрерывной династической войны, то нам станут лучше понятны её парадоксальные итоги. Именно в этот период Москва становится безусловным гегемоном среди всех русских земель. Как отмечает М. М. Кром, великое княжение «превратилось в монархию с явной тенденцией к единодержавию. Многие уделы были ликвидированы в ходе междоусобной борьбы, а те, что остались или были заново созданы по завещанию Василия II, или потеряли былую автономию, а их владельцы из „братии молодшей“ великого князя превратились в его, „великого господаря“, подданных».
Правление Василия Тёмного было эпохой наращивания Москвой своих сил для решительного превращения в Россию. Огромную роль в этом сыграла реорганизация талантливейшим воеводой Фёдором Басенком Государева Двора, превратившегося в полноценную военно-административную корпорацию, сделавшуюся, по выражению А. А. Зимина «организатором побед Василия II и кузницей кадров для администрации Русского государства».
Василию удаётся спроецировать внутренний конфликт в московском великом княжестве на внешние отношения и под предлогом борьбы со своими врагами (в лице семьи отравленного Шемяки) добиться военного разгрома и политической капитуляции Новгорода — новгородцы признают гегемонию московского «великого господаря» во внешней политике и законодательстве, его право суда, заменяют свою печать на документах — его печатью. После Яжелбиц-кого мира 1456 года деяния Ивана III — шелонский разгром 1471 года и присоединение 1478 года — были уже, в сущности, чисто технической задачей, поэтому без преувеличения можно считать именно Василия II и его Двор подлинными покорителями Новгорода и создателями московского великодержавия.
Наконец, именно Василий II решительно отверг Флорентийскую унию, изгнал латинствующего митрополита Исидора и учредил автокефальную Русскую Церковь во главе с митрополитом Ионой, сделав Москву подлинным «Ноевым Ковчегом» православного мира. В 1441 году прибывший в Москву Исидор был немедленно изгнан после попытки совершить литургию с поминанием папы и оглашения документа о заключении унии. Москва отвергла унию сразу же и предельно решительно. Москва начала добиваться от патриарха и императора утверждения своего кандидата на митрополию, Рязанского епископа Ионы, который уже ездил в Константинополь, но был обойден Исидором.
Несколько лет Иона фактически возглавлял Русскую Церковь, однако убедившись в том, что ни возвращения в Православие, ни дезавуирования Исидора не происходит, в 1448 году собор русских епископов избрал Иону митрополитом и, тем самым, была установлена автокефалия Русской Церкви. То, что причиной провозглашения автокефалии было именно неправославие в Царьграде, совершенно отчетливо указано в послании митрополита в Литву, отправленном вскоре после его поставления. «Занеже, сынове, коли было в Цариграде православие, и они оттуды принимали благословение и митрополита. А ныне, сынове, Богу так извольше, и не хотением нашего смирениа». Сказано предельно ясно — «когда было в Царьграде православие», тогда оттуда принимали митрополита, ныне же волею Провидения такая возможность исчезла. В 1449 году в грамоте киевскому князю Александр Владимировичу митрополит Иона выражается ещё более резко: «Не х кому было посылать. Царь не таков, а ни патриарх не таков, иномудръствующу к латыном приближающуся, а не тако, яко же православному нашему христианьству изначала предано».