К середине апреля 1943 года Яков был мертв. Вспоминая эти события, Светлана была уверена, что отец из данных разведки знал о смерти сына, но никому ничего не сказал.
После окончания войны информация о судьбе Якова постепенно начала поступать из Германии. О его смерти рассказал один из командиров СС Гюстав Вагнер, глава подразделения, охранявшего концентрационный лагерь неподалеку от Любека, где содержался Яков. Он утверждал, что был свидетелем смерти Якова. Когда заключенные выполняли физические упражнения, Яков бросился через полосу отчуждения к ограждению, находящемуся под электрическим током. Часовой крикнул: «Стоять!», но тот продолжал бежать. Как только Яков коснулся изгороди, часовой выстрелил. Тело запуталось в проволоке ограждения и провисело там двадцать четыре часа, пока его не сняли и не отправили в крематорий.
Другой доклад поступил от заместителя министра внутренних дел СССР Ивана Александровича Серова, которому в 1945 году было получено расследовать подробности смерти Якова Джугашвили. Серов добавил еще одну деталь. Когда часовой крикнул «Стоять!», Яков рванул на груди рубаху и крикнул: «Стреляй, собака!»
Сталин не попытался спасти своего сына, но даже родственники Якова соглашались, что он не мог пойти на этот обмен военнопленными. Он не мог защищать своего собственного сына, когда миллионы русских солдат умирали. Две трети из трех миллионов советских военнопленных, захваченных во время июньского наступления фашистов, умерли в первый год войны. К концу войны по крайней мере два миллиона из пяти миллионов советских военнопленных погибли.
Светлана считала, что ее любимый сводный брат умер как «настоящий герой. Его героизм был бескорыстным, благородным и скромным, как и вся его жизнь». Она не простила отца. Как и многие ее соотечественники, она считала, что Сталин предал своих собственных солдат, выпустив драконовский Приказ № 227 от 28 июля 1942 года и в народе известный как «Ни шагу назад». Приказ включал следующее положение: «Паникеры и трусы должны уничтожаться на месте». Из пойманных дезертиров собирали штрафные батальоны и отправляли их в самое пекло. Когда советских военнопленных освободили из немецких лагерей в 1945 году, они возвращались на Родину и отправлялись в сибирские лагеря, получив по двадцать пять лет за то, что сдались врагу. «Я думаю, Яков понимал, что возвращение в нашу страну после войны ничем хорошим для него не кончится», – с особенным значением отметил друг Светланы Степан Микоян.
Этой весной Светлана закончила школу. Отец вызвал ее на кунцевскую дачу и спросил, что она собирается изучать в университете. Когда она ответила: «Литературу», он усмехнулся: «Так и тянет тебя в эту богему!» – и настоял, чтобы она поступала на исторический факультет МГУ. Шестьдесят два года спустя, в письме Светланы к ее другу Роберту Рейли видно, что за эти годы горечь в отношениях с отцом нисколько не притупилась:
Мой собственный отец, очень властный человек, диктатор всего и всех, не позволил мне начать в семнадцать лет мою собственную жизнь и выбрать профессию. Он хотел, чтобы я стала образованным марксистом, чтобы пойти по его стопам, быть вместе с ним, стать «достойным членом» КПСС. Это была его диктаторская любовь ко мне. Тогда, во время войны, в 1943-м, все подчинялись его желаниям, и я начала изучать современную историю, хотя ненавидела ее всем сердцем.
Светлана втайне надеялась стать писателем. Ольга Ривкина понимала разочарование своей подруги и решила поменять свои собственные планы. Мать Ольги, которая теперь возглавляла американский отдел в «Правде», предложила девушкам заняться современной историей Соединенных Штатов. Хотя они пропустили срок подачи документов, когда декан факультета услышал, что у него хочет учиться дочь Сталина, он приказал принять документы.
В соответствии со своей учебной программой Светлана должна была изучать географию, историю и экономику США. В тот момент это было идеологически допустимо, поскольку США были союзниками СССР во Второй мировой войне. Она писала работы по Новому курсу президента Рузвельта, по дипломатическим отношениям СССР и США в тридцатые годы, по американским профсоюзам, по иностранной политике США в Южной Америке и Европе. В итоге, она узнала о США больше, чем европейские и даже некоторые американские студенты.