Здається, становище Петрова не надто відрізнялося від того, в якому на переломі двадцятих опинилося чимало з його колеґ — письменників і науковців. Почалося цілеспрямоване нищення української інтеліґенції. Для Петрова певні загрозливі сиґнали пролунали в 1928 році. Це був рік розгрому Академії наук, де він мав достатньо впливову посаду. Розгром почався з того, що офіційно називалося перевиборами Президії. Втратив посаду віце-президента й голови Управи Сергій Єфремов, не було затверджено на Неодмінного секретаря Агатангела Кримського, поза керівництвом опинився Михайло Грушевський. 1928 рік проходив під знаком «викриття» Єфремова, дещо пізніше почалося «викриття» Кримського, в якому, за офіційною інформацією, взяв участь Петров, запланувавши велику статтю, чи навіть брошуру, «Науково-політична діяльність А. Кримського», — але, правда, не дописав і не надрукував її.
Участь у кампанії проти Кримського була відходом від принципів, якщо вони існували. Однак усний виступ проти Кримського, очевидно, не переконав владу в лояльності Петрова. 1929 року, згадувала Полонська-Василенко, Петров отримав запрошення на з'їзд філологів до Праги, але Народний комісаріат освіти, якому підлягала академія, не дав дозволу на подорож. Яким було тоді його формальне становище, добре видно з офіційного документа — резюме комісії, котра 1930 року проводила чистку апарату Академії наук: «Зняти з керівника Етнографічної комісії за допущення політичних вивихів та перекручень як у своїх деяких працях, так і в деяких матеріалах комісії. Зважаючи на визнання своїх помилок, а також зважаючи на його громадську активність за останній час, — залишити Петрова В. П. на некерівній посаді наукового співробітника в Комісії етнографії». Хмари розвіялися, загроза залишилася. Очевидно, в цей час почалася співпраця Петрова з режимом. Він друкував кон'юнктурні статті російською мовою на зразок «Буржуазна фольклористика і проблема стадіальності», в ідейну суть яких, очевидно, не вірив, але вправно імітував риторику «марксистсько-ленінської методології».
В січні 1941 року Петрова призначили директором Інституту фольклору. В цій ролі він організовував евакуацію інституту на Схід, тим часом сам опинився в окупованому німцями Харкові, найвірогідніше в ролі радянського шпигуна. Редаґував «Український засів», у якому в 1942-43 роках надрукував роман «Без ґрунту». В 1943 році Петров у Львові, в 1944-45 — в Берліні. В обох містах він працює в українських наукових інституціях. З початком академічного та мистецького життя в таборах ді-пі (displaced persons) Петров став однією з найважливіших його постатей. Він викладав у Вільному Українському Університеті та в Богословській Академії в Мюнхені, він був одним із засновників Мистецького Українського Руху, працівником видавництв «Українська трибуна», членом редакції журналу «Арка» та ін. Видав два романи: «Доктор Серафікус», нібито написаний в 1928-29 роках і перероблений у сорокових (1947), і книжковий варіант «Без ґрунту» (1948), чимало оповідань і десятки статей на різноманітні теми — від кризи модерної фізики до антропології і творчості Тараса Шевченка. Він виявляв неймовірну активність, працював за трьох і навіть офіційно потроївся: його художні твори виходили за підписом В. Домонтович, філософські — за підписом Віктор Бер, а літературознавчі, етнографічні, антропологічні — за підписом Віктор Петров.
У Німеччині Петров перебував близько п'яти років. Близьким друзям видавалося, нібито він чогось боявся. Коли українці почали отримувати візи до США та Канади й масово виїжджати з таборів, він планував виїхати якнайдалі, можливо, до Латинської Америки; але 18 квітня 1949 року за загадкових обставин зник із Мюнхена, в якому мешкав.
В еміґрації не бракувало різних гіпотез із приводу зникнення Петрова: від версії, що його вбили радянські аґенти — до версії, що його вбили бандерівці. Вважаючи його покійним, Шевельов у спогадах назвав Петрова «найбільшою інтелектуальною постаттю серед української еміґрації». Проте 1955 року з виданої у Москві книжки Олександра Монґайта «Археологія в СРСР», а саме з іменного покажчика археологів, на Заході стало відомо, що Петров перебуває в Радянському Союзі. Новина шокувала його колишніх друзів; еміґраційна преса тим часом зреаґувала на це відкриття статтями про «юду» і «зрадника».
А сам Петров 1956 року з'явився в Києві, прибувши нібито з Москви, й почав працювати в Інституті археології. Життя почалося втретє. Домонтович і Бер назавжди зникли, як і пов'язані з цими іменами творчі іпостасі. Петров сконцентрувався на археології.
Очевидно, його становище було двозначним. Він працював в академії, однак його наукові звання були анульовані. 1966 року його нагородили військовим орденом і присудили ступінь доктора філологічних наук за сукупністю праць. Він видав декілька нових досліджень. 1968 року в Москві російською мовою опубліковано «Підсічне землеробство», а в Києві — монографію «Скіфи. Мова і етнос». Праця «Етногенез слов'ян. Джерела, етапи розвитку і проблематика» вийшла 1972 року посмертно: Віктор Петров помер 1969 року й був похований у Києві на військовому кладовищі.
1988 року видавництво «Сучасності» в Нью-Йорку видрукувало три томи прози Петрова (упорядником був Юрій Шевельов), зазначивши ім'я автора як «В. Домонтович». Величезну кількість розкиданих по періодиці наукових праць Петрова поки що не зібрано в окреме видання.
Досі не має відповіді запитання, чи був Петров радянським шпигуном у 1941-49 роках і в чому в такому разі полягали його завдання. (Якщо справді був, то дуже своєрідним: окрім усього іншого, він 1944 року написав книжку «Українські культурні діячі — жертви більшовицького терору». Її надрукувала 1959 року на своїх сторінках «Українська літературна газета», — це була одна з перших в українській культурі книжок, яка так фахово й переконливо аналізувала тоталітарну систему й механізм її репресивного апарату.) Питання про шпигунство заступило важливішу проблему, а саме видання та вивчення багатогранної наукової та літературної спадщини Петрова. Адже навіть вибіркове з нею знайомство переконує, що перед нами один із чільних українських прозаїків двадцятого століття, а також ключова постать нашої гуманітарної науки цього ж самого періоду.
Петров залишається загадкою, ребусом, своєрідним сфінксом чи навіть Мефістофелем української культури. Те ж саме можна сказати про Домонтовича — його літературну креатуру. Мало не кожен Домонтовичів рядок містить парадокс, виклик, провокацію. Це письменник, який в уста героя першого ж свого роману вкладає слова про те, що «мораль є справою звички» і якого в архетипальному сюжеті про Ісуса та апостолів найбільше приваблює механізм зради (оповідання «Апостоли»). Він — науковець — оголошує: «Кожен учений — труп» і довго насміхається над безплідним накопичуванням приміток і бібліографій, що називається наукою. Він, який мав би з дитинства засвоїти любов до «вишневих садків» і «річок раставиць», пише: «Я не люблю природи, якою вона є… Краєвид повинен розкриватися з тераси ресторану. Природа повинна бути подана при столикові кав'ярні…». Нарешті він, який мав би сумувати над долею Катерини, милується своєю героїнею Зиною, котра говорить: «…кохання є спосіб звільнитись од шлюбу, одруження, родини, — всього, що зв'язує й може зв'язати мене і волю…».
Остання фраза потребує невеликого коментаря. В прозі двадцятих років тема сексуальності за популярністю поступалася лише темі політики. Однак Зинина версія жіночої сексуальної поведінки звучить значно провокативніше за еротичні фантазії Марти з «Невеличкої драми» чи доступність Аґлаї з «Вальдшнепів». І хоча Іполіт Михайлович Зини не розуміє, проте її дуже навіть добре розуміє Домонтович. Він захоплений жінками, котрі зневажають сентименти й прагнуть позбутися «невинності». З погляду класичної української літератури Зина, Вер, Лариса уособлюють суцільну антижіночість, емоційну стриманість, непідлеглість фальшивим умовностям моралі. Надмір як лицемірних умовностей, так і емоцій (зокрема в літературі) Домонтович уважав за фатальну ваду й життя, й літератури.