Поэтому я считаю своим долгом, предоставляя вышеизложенные доводы на благоусмотрение Факультета, просить его о доставлении мне возможности приличным образом закончить изучение назначенной мне специальности, об отправлении меня ещё на год за границу с сохранением получавшегося мною содержания, тысячи рублей серебром в год.
Категорически отвергнув в апреле предыдущее, ясно изложенное и внутренне более логичное прошение, медицинский факультет с энтузиазмом воспринял новую челобитную, написанную неряшливо и наспех не то в Москве, не то за рубежом. С удивительной скоростью, уже 11 сентября 1858 года медицинский факультет донёс Совету университета, что теперь он находит просьбу господина Захарьина справедливою.[82] Столь резкое и быстрое изменение позиции факультета по одному и тому же вопросу рациональному истолкованию не подлежало. не следовало также подозревать прагматичную и прижимистую университетскую администрацию в неожиданной щедрости или в сентиментальном сочувствии Захарьину, признавшему вдруг, что двухлетнее самоусовершенствование за границей, хоть и «осталось небесплодным», но плоды принесло мелкие и незрелые. В качестве наиболее реального объяснения случившегося можно было бы предположить вмешательство некой чрезвычайно влиятельной персоны, пожелавшей выступить в роли негласного благодетеля Захарьина, но имя, звание и должность этой особы неразличимы в сумраке минувшего.
Пока второе прошение о заграничной командировке, оснащённое одобрением медицинского факультета и согласием попечителя Московского учебного округа, ковыляло по инстанциям, сам Захарьин числился в отставке без награждения чином. Но наконец, как зафиксировано в его формулярном списке, с Высочайшего соизволения Захарьин был «вновь отправлен за границу с учёной целью на один год 9 февраля 1859 года и возвратился в срок».[83] Дату, проставленную в формулярном списке, не следовало, однако, рассматривать как непреложную, ибо 9 февраля была получена только Высочайшая санкция на выезд за рубеж. Сама же третья командировка началась не ранее второй половины апреля того же года, после того как казначей Московского университета выдал Захарьину, несмотря на связанное с международным финансовым кризисом 1858–1859 годов расстройство денежного обращения в Российской империи, тысячу рублей серебром из суммы, собираемой со студентов за слушание лекций, а московский военный генерал-губернатор, исполняя распоряжение петербургских инстанций, вручил ему «безденежный» заграничный паспорт.[84] Спустя три с половиной месяца в Москву пришло последнее, седьмое донесение Захарьина:
«Честь имею довести до сведения Факультета, что летний семестр 1859 года я находился в Берлине, где занимался практически:
1. Нормальной гистологией человеческого тела у Профессора Рейхерта.
2. Патологической гистологией человеческого тела у Профессора Вирхова.
3. Физиологической и патологической химией в лаборатории Патологического Института, состоящей в заведовании Доктора Гоппе. Предметом моих занятий были исследования состава крови, результаты которых по их окончании я надеюсь сообщить.
4. В свободное время посещал клиники Траубе, Фрерихса, Ромберга и Береншпрунга.
Только теперь, на третьем году своего постдипломного усовершенствования, Захарьин овладел методиками приготовления и окраски микроскопических препаратов и по примеру Боткина приступил к «самостоятельным занятиям» в лаборатории Гоппе-Зейлера. Результаты своей работы он напечатал через два года в «Медицинском Вестнике» и «Вирховском Архиве» под названием «По поводу некоторых вопросов учения о крови». Эта публикация упоминалась потом в учебниках физиологии XIX века.
Отчётов для медицинского факультета он больше не писал, зато из Москвы получал сведения в высшей степени вдохновлявшие. Так как адъюнкта факультетской терапевтической клиники Млодзеевского назначили экстраординарным профессором и переместили на «праздную кафедру» частной патологии и терапии, Овер, выступивший на заседании медицинского факультета 25 ноября 1859 года, предложил кандидатуру Захарьина на освободившуюся должность адъюнкта. По-прежнему находившегося в Берлине Захарьина избрали заочно подавляющим большинством голосов, а 1 февраля 1860 года министр народного просвещения утвердил его в должности адъюнкта.[86] В том же феврале Захарьин, так и не побывав в парижских клиниках, на необходимости повторного посещения которых настаивал в последних прошениях, и забыв о предполагавшейся в 1856 году поездке в Бельгию, вернулся в Москву и приступил к исполнению своих служебных обязанностей.