Среди ученых, интересовавшихся проблемами почв, были не только последователи теории Докучаева, но и многочисленные ее противники. В Вольном экономическом обществе сложилась даже целая «антидокучаевская» группировка, в которую входили ученые и агрономы. Одни, стоя на позиции узкого утилитаризма, вообще считали излишним тратить время и средства на решение таких вопросов, как происхождение чернозема. Другие были против докучаевского направления на том основании, что за границей ничего подобного не делается. Эти бездарные царские чиновники, гонители передовой русской науки, раболепствовали перед иностранщиной, преклонялись перед немецкой агрономией и не допускали возможности создания своей, русской науки о почве. Третьи были против прогресса науки, считая, как, например, агроном Заломанов, что ничего принципиально нового в изучении чернозема и почв вообще Докучаев не только не дал, но и не мог дать, так как его предшественники сказали уже в этой области последнее слово. Но Докучаева поддерживали его молодые ученики, а также многие крупнейшие русские ученые, представители разных отраслей науки: Д. И. Менделеев, А. П. Карпинский, А. Н. Бекетов, А: В. Советов, А. И. Воейков.
Несмотря на поддержку таких авторитетов, научная борьба, которую приходилось вести Докучаеву со своими противниками, была очень жестокой. Вот что вспоминает по этому поводу один из учеников Докучаева — профессор П. А. Земятченский:
«Работы Василия Васильевича и его доклады, главным образом в Вольном экономическом обществе, всегда вызывали целую бурю возражений, страстных дебатов. Он был новатор и должен был встретить многочисленные препятствия, воздвигаемые рутиной, непониманием, завистью и личными отношениями. Собрания Вольного экономического общества, в которые назначался какой-нибудь доклад Василия Васильевича, всегда были многолюдны. Собирались не только интересовавшиеся предметом, но и те, которые любили смотреть на состязания. А зрелище было действительно необычайное: десять против одного. Борьба была отчаянная. Но для ищущих истину уже тогда было очевидно, чья сторона возьмет». Из этих баталий Докучаев извлекал пользу, прислушиваясь к мнению всех своих противников. После того как оппоненты упрекнули Докучаева в недостаточном знакомстве с сельским хозяйством, он основательно занялся изучением агрономии и практических нужд русского сельского хозяйства.
Особенно большое значение имела жесткая, но в конечном итоге полезная критика со стороны Костычева, который толкал Докучаева на постоянное углубленное изучение сельского хозяйства России вообще и ее черноземной полосы в особенности. В известной мере благодаря этому Докучаев сумел стать не только почвоведом и геологом, но и крупнейшим знатоком сельского хозяйства. Недаром в наши дни Докучаев наравне с Костычевым и Вильямсом всенародно признан «виднейшим русским агрономом».
Почвоведение в эти годы только рождалось, и Докучаеву еще очень многое в этой новой науке было неясно. Борьба, разгоравшаяся при обсуждении его работ, заставляла Докучаева искать и находить все новые доказательства правильности своей теории; эта борьба способствовала кристаллизации основных положений новой науки.
Утверждение почвоведения проходило в непрерывном преодолении бесчисленных препятствий. Помехи возникали на каждом шагу. Докучаеву было отпущено мало средств на проведение полевых работ, не было лабораторий для анализов, почти всю работу приходилось выполнять самому; при пересечении необъятных пространств русской земли нужно было преодолевать бездорожье, распутицу.
Не так тяжела была борьба Докучаева с научными авторитетами, хотя ему пришлось опровергнуть свыше десяти неверных теорий. Больше сил отнимали могущественные ненаучные противники — бюрократы, противодействовавшие развитию русской науки. Но недаром великий русский ученый физиолог Иван Петрович Павлов, умевший и любивший преодолевать препятствия, говорил, что для достижения цели самое важное — наличие препятствий. И тот, кто хочет достичь цели, должен научиться преодолевать препятствия.
Осенью 1883 года работа Докучаева «Русский чернозем» вышла в свет. Это была фундаментальная книга, содержащая более тридцати печатных листов текста, много иллюстраций и огромное количество аналитических данных. В истории почвоведения это была первая законченная, насыщенная фактическим материалом и в то же время глубоко теоретическая работа. В ней было доказано, что почва — своеобразное тело природы, которое должно стать объектом самостоятельной науки. В ней был дан метод полевого описания почв — тот классический метод, которым мы пользуемся поныне. Значение книги Докучаева можно вполне сравнить со значением «Основных начал геологии» Ч. Ляйеля или с «Происхождением видов» Ч. Дарвина.