Очень много в области изучения почвенной структуры сделал и П. А. Костычев. Он установил, что прочная комковатая структура почвы является основой для получения высокого урожая сельскохозяйственных растений. Костычев показал, что создание прочной почвенной структуры в природных условиях происходит под влиянием смены различных видов травянистой степной растительности. Им были предложены методы искусственного ускорения процесса создания почвенной структуры путем подсева злаковых трав на залежах. В этом мы можем видеть первый прообраз учения нашего великого современника В. Р. Вильямса о травопольном севообороте.
Таким образом, Докучаев и Костычев в научных спорах создавали основы русской сельскохозяйственной науки.
Докучаев хорошо понимал, что для научной разработки и практической реализации намеченных им мероприятий нужны люди, знающие и любящие свое дело, нужны агрономы не только с большим сельскохозяйственным, но и естественно-историческим кругозором.
В тогдашней России не было и учебных заведений по подготовке таких агрономов.
В своей книге Докучаев доказывал необходимость создания в России трех сельскохозяйственных институтов. Он писал: «Судя по естественным и сельскохозяйственно-экономическим условиям нашей страны, таких высших учебно-агрономических институтов должно быть три: 1) в Подмосковном районе (для северной и средней нечерноземной России), 2) в черноземной области и 3) в западной полосе России».
В это время Докучаев уже мечтал о коренной реорганизации всей русской сельскохозяйственной науки и высшего агрономического образования. В этой же книге он доказывает необходимость организации трех научно-исследовательских институтов: почвенного, метеорологического и биологического, «единственной задачей которых должно быть строго научное исследование важнейших естественно-исторических основ русского сельского хозяйства». Кроме институтов, он предлагал организовать опытные станции в разных районах страны для практического приложения «добытых наукой положений и истин к жизни и к выработке тех приемов, благодаря которым таковое применение будет наиболее выгодным как для государства, так и частных владельцев; само собой разумеется, что ввиду этого деятельность опытных станций должна быть строжайшим образом приурочена к местным физико-географическим и сельскохозяйственным экономическим условиям».
Много практических советов степному сельскому хозяйству дал Докучаев в последней глазе книги. Он понимал, что предложенные им мероприятия не могут претвориться в жизнь без участия государства, и очень сомневался, что царское правительство сумеет их осуществить хотя бы отчасти. Поэтому в заключении этого труда содержится много горьких строк. Но по своей натуре, особенно во время большого творческого подъема, Докучаев был оптимистом: он верил и знал, что рано или поздно его идеи восторжествуют, что наука победит. А. С. Ермолов, ставший два года спустя министром земледелия, упрекнул русскую науку в том, что она слишком далека от запросов жизни. Полемизируя с Ермоловым, Докучаев писал в книге «Наши степи прежде и теперь»:
«…люди науки уже десятки лет предостерегали о надвигающейся опасности… люди науки представляли кому следует десятки проектов и ходатайств об исследовании русских окраин, об изучении отдельных физико-географических районов России, об исследовании оврагов и речек, об устройстве почвенного института, об организации борьбы с вредными животными, об осушке болот, об орошении, об упорядочении водного хозяйства на юге России и пр. и пр — проекты, иногда апробированные съездами и поддержанные целыми обществами; но если и не всегда, то в огромном большинстве случаев получали на это приблизительно такие ответы: «Нет средств, есть более важные потребности, — у нас этот вопрос уже намечен, — Россия велика, всего не исследуешь, — ваша работа протянется десятки лет, бог знает, что еще из нее получится» и пр. и пр. Все это А. С. Ермолов прекрасно сам знает. Не забудем также, что состоящие при университетах общества естествоиспытателей, которые группируют вокруг себя главную массу наличных сил русских натуралистов, общества, посвящающие себя исключительно на изучение родной природы и ее богатств, общества, пользующиеся почетным именем за границей и, действительно, немало послужившие России, имеют постоянных средств всего-навсего по 2500 руб. в год, как на экскурсии, так и печатание своих трудов; что, в сущности, можно сделать на эти средства, особенно при наших расстояниях и путях сообщения?»