Докучаев, ставший из секретаря распорядительного комитета секретарем съезда, руководил всеми его работами. Он добился большой принципиальной победы: обычно съезды русских естествоиспытателей и врачей носили несколько академический характер, — так называемые «прикладные» науки, за исключением медицины, на съезд не допускались. Преодолев сопротивление «академистов», ученый добился создания на съезде агрономической секции; успешные работы этой секции, привлекшие всеобщее внимание, прошли под знаком сплошного триумфа учителя и его учеников. Они сделали около половины всех докладов, заслушанных на секции. Докучаев выступил с блестящим сообщением «О главнейших результатах почвенных исследований России за последнее время». Сибирцев прочитал лекцию, в которой подвел итоги почвенным и естественно-историческим исследованиям, проведенным докучаевцами в Нижегородской губернии. П. Земятченский сообщил об основных почвенных типах. На агрономической секции были заслушаны агрохимические и агрономические доклады, но «основной тон» задавали почвоведы. А. Н. Энгельгардт, следивший за ходом съезда по дневникам, сердечно благодарил Докучаева за то, что он и его почвоведы «выручили» молодую агрономическую секцию, завоевавшую на съезде все права гражданства.
С большим интересом съезд прослушал доклад известного петербургского агронома В. И. Ковалевского — «Запросы современного сельского хозяйства к естествознанию». О почвоведении Ковалевский сказал: «Говоря об этой основе всего сельского хозяйства, я должен прежде всего назвать имя профессора Василия Васильевича Докучаева, с которым связаны главнейшие за десять лет успехи в области географического, естественно-исторического и отчасти экономического изучения русских почв. Новизна методов, обилие добытых фактов, оригинальность и важность выводов характеризуют его работы. Ему же принадлежит громадная заслуга — создание целой школы почвоведов». Это была первая широкая оценка русского почвоведения и роли в нем Докучаева с точки зрения сельского хозяйства, оценка, произнесенная с трибуны съезда.
Значение VIII съезда естествоиспытателей и врачей, разумеется, не исчерпывалось популяризацией работ агрономической секции. Как на общих собраниях съезда, так и на заседаниях всех десяти секций был сделан ряд прекрасных докладов по всем отраслям естествознания.
Крупнейший русский физик А. Столетов сделал доклад «Эфир и электричество», геолог А. Иностранцев — «Изменение земли как следствие ее происхождения», в котором изложил дальнейшее развитие теории происхождения земли Канта — Лапласа. Известный географ Д. Анучин в своем сообщении обосновал необходимость совместной работы географов, этнографов и представителей смежных наук. На съезде со всей очевидностью обнаружились преимущества комплексных работ докучаевцев по исследованию целых губерний. На секции физики с докладом «К теории летания» выступил создатель аэродинамики H. E. Жуковский.
На съезде принимали участие выдающиеся представители русской науки: Д. Менделеев, А. Бекетов, А. Карпинский, Н. Склифасовский, П. Костычев, Н. Зелинский и другие.
Особое внимание привлекла лекция Тимирязева — «Факторы органической эволюции», представлявшая яркую и страстную пропаганду идей Дарвина. В эти годы во всей мировой науке, в том числе и русской, шла ожесточенная борьба за утверждение идеи эволюции. Тимирязев использовал каждую трибуну для борьбы с метафизикой, которая занимала столь прочные позиции в русской Академии наук того времени, что академики даже получали премии за свои работы против дарвинизма. Публицист Н. Страхов и зоолог Н. Данилевский травили в печати Дарвина и всех его русских последователей и в первую очередь Тимирязева. Но ни один антидарвинист не решился выступить на съезде против Дарвина и Тимирязева. Докучаев, сторонник Дарвина и Тимирязева, намечая программу съезда, обратился к Тимирязеву с просьбой выступить на общем собрании съезда. Это была действенная помощь Докучаева эволюционному учению, которое он сам так мастерски пропагандировал в своих работах.