Докучаев скорбел о том, что «на всю великую Россию у нас имеется только два высших учебных агрономических заведения». Но и над этими учебными заведениями — Петровской (ныне Тимирязевской) земледельческой академией в Москве и Ново-Александрийским институтом сельского хозяйства и лесоводства, находившимся в Люблинской губернии Царства Польского (входившего в то время в состав России), — нависла угроза ликвидации.
Петровская академия, считавшаяся цит. аделью «оппозиции», подверглась в 1892 году форменному разгрому, которому предшествовала травля в реакционной печати передовых профессоров академии, возглавляемых К. Тимирязевым. Известный мракобес князь Мещерский писал в своей газете «Гражданин», что в Петровской академии «профессор Тимирязев на казенный счет изгоняет бога из природы». Министр государственных имуществ Островский исключил из состава профессоров Петровской академии Тимирязева и изгнал из нее значительное число непокорных студентов.
Еще в 1890 году в Новой Александрии в ответ на студенческие волнения больше половины слушателей было «удалено» из стен института, «дабы дать возможность оставшимся воспитанникам продолжать учебные занятия». В самом деле царское правительство меньше всего заботилось об «оставшихся воспитанниках». Вскоре последовало «высочайшее государя императора соизволение на прекращение приема студентов». А в недалеком будущем намечалось полное «прекращение» высшего сельскохозяйственного образования в стране: появление в деревне революционно настроенных агрономов явно пугало реакционные круги царской России. Чтобы придать этой чудовищной мере видимость законности, в 1892 году была создана, опять-таки «по высочайшему повелению», специальная «Комиссия по вопросу о высшем сельскохозяйственном образовании». Но на заседаниях комиссии, в состав которой входили многие петербургские профессора, выявился такой решительный протест против варварской попытки удушить сельскохозяйственную науку в России, что правительство отказалось от своего проекта.
Комиссии удалось отстоять Петровскую академию путем превращения ее в сельскохозяйственный институт. Комиссия признала необходимым реорганизовать Ново-Александрийский институт, продлить срок обучения в нем на один год, сделав его четырехлетним, и настаивала на увеличении институтского бюджета. Самое деятельное участие в работах комиссии принимал Докучаев. Решительная позиция, занятая комиссией, в большой степени объяснялась его активностью. Первая половина «сражения» прошла успешно. Нужно было выиграть и вторую половину: воспользовавшись общественным вниманием, которое привлек к себе вопрос о высшем сельскохозяйственном образовании, имевшем огромное значение для земледельческой России, добиться действительной реорганизации этого образования и вырастить знающих и прогрессивно мыслящих ученых.
Участие в заседаниях комиссии совпало у Докучаева с работой над книгой «Наши степи прежде и теперь», которая кончалась такими словами: «Если действительно хотят поднять русское земледелие, еще мало одной науки и техники, еще мало одних жертв государства, — для этого необходимы добрая воля, просвещенный взгляд на дело и любовь к земле… А этому горю может пособить лишь одна школа— школа низшая, школа средняя, школа высшая, университетская».
С первых дней своей деятельности и особенно со времени нижегородской экспедиции Василий Васильевич испытывал недостаток в помощниках и сотрудниках. Своими силами он воспитывал их, но то, что он мог сделать, было каплей в море. А Россия нуждалась в сотнях и тысячах таких людей. Надо было приложить все силы для их воспитания. Понимая всю важность этого для будущего русской науки, Докучаев принял предложение произвести реорганизацию Ново-Александрийского института сельского хозяйства и лесоводства.
Кроме общей задачи — подготовки специалистов «с хорошим агрономическим и естественно-историческим образованием… и, главное, любящих свое дело», Докучаев рассчитывал в этом институте прочно утвердить в общей системе естественных наук самостоятельную науку о почве. Постоянная забота о будущем почвоведения была одной из главных причин, заставивших Докучаева отдаться новой деятельности.
Приехав в Новую Александрию, Докучаев застал институт в плачевном состоянии. О своем первом впечатлении он писал Измаильскому: «Места в институте превосходные, но порядки отвратительные». Студентов почти не было: как было сказано в официальном институтском отчете, почти все они «выбыли по разным причинам». Занятия шли только на последнем, третьем курсе. «Теоретическое преподавание наук, — гласил официальный отчет, — имело один существенный недостаток, именно: одновременное чтение лекций по таким предметам, из которых один должен предшествовать другому. Практическое преподавание наук оставляло желать многого, так как правильная организация практических занятий студентов встречала непреодолимые для института препятствия в отсутствии средств».