Язык официального отчета давал лишь слабое отражение подлинного положения дел в Новой Александрии. В действительности в институте был полный развал и запущенность. Институт помещался в поместье, некогда принадлежавшем польскому магнату князю Чарторыйскому. Перед большим двукрылым домом — центральным зданием института — был пруд, от которого веером расходились тенистые аллеи огромного парка. Центральное здание и примыкавшие к нему приусадебные помещения пришли в ветхость. Учебные кабинеты были в таком состоянии, что специальная комиссия, созданная Докучаевым, изо дня в день занималась «списыванием в расход» пришедшего в полную негодность оборудования и наглядных пособий.
Маленький кабинет нового директора скоро превратился в своего рода штаб, руководивший борьбой за переустройство всех условий жизни и деятельности института. Прежде всего пересмотрели учебные программы, построенные без учета практических потребностей деятельности, к которой готовились студенты. Не только недостаток средств, но и плохо составленный учебный план приводили к тому, что студенты получали отвлеченные знания, не закрепляемые практикой, работой в лабораториях, полевыми опытами. Докучаев добился значительного расширения практических занятий зимой и ежегодной самостоятельной и коллективной практики в собственном учебном хозяйстве, в лесничествах и на опытных полях. Ежегодно на это отводилось по новой программе два с половиной месяца. Благодаря увеличению срока обучения практические занятия не шли в ущерб теоретическим курсам. Не повезло в новой программе только одному предмету — богословию. Это было невероятно в те времена, но Докучаев добился упразднения курса богословия путем тонкой аргументации: он говорил, что, поскольку институт имеет в своих стенах не только студентов православного вероисповедания, но и значительное количество католиков и лютеран, необходимо иметь в числе преподавателей священника, ксендза и пастора, которые читали бы три различных курса богословия. А так как это не по средствам институту, то, справедливости ради, не надо читать ни одного. Вообще Докучаев энергично боролся против всяких национальных ограничений для студентов. П. В. Отоцкий говорил по этому поводу о Докучаеве: «Для него не было ни эллина, ни иудея, а были только люди хорошие и дурные, честные и нечестные, умные и глупые, а главное — полезные и бесполезные».
Этих умных, честных и полезных людей он настойчиво разыскивал, приглашал на работу в институт, старался сплотить в единый дружный коллектив. Со всеми профессорами и преподавателями в отдельности он вел подробные беседы, выясняя нужды каждой кафедры и наиболее желательную постановку преподавания данного предмета. По привычке к точности он требовал письменного изложения каждого мнения. Один из ближайших помощников Докучаева по институту, профессор А. Скворцов, вспоминает: «Василий Васильевич никогда не принимал на веру то или другое мнение, но в тех случаях, когда не считал себя достаточно компетентным для решения вопроса, справлялся о мнениях преподавателей сродных предметов или сторонних институту специалистов данного предмета». Как всегда, он советовался с Измаильским, особенно по вопросам организации практических занятий на опытных полях.
Докучаев считал, что хорошим воспитателем студентов может быть только такой руководитель, который сам наряду с преподаванием постоянно занимается научной работой. Поэтому он требовал от своих преподавателей регулярных отчетов о научной деятельности.
Больших хлопот и трудов стоило Докучаеву осуществление заветной мечты — организации кафедры почвоведения. Он ездил в Петербург, отстаивал свой проект перед специальными комиссиями и совещаниями и, наконец, добился: в Ново-Александрийском институте была создана первая в мире кафедра почвоведения. Это была огромная победа. Самостоятельная кафедра, самостоятельный курс, пусть пока что читаемый в одном институте, означали официальное признание новой науки, ее узаконение. Докучаев мечтал о большем: сельскохозяйственный институт — это институт прикладной, учебный, кафедра почвоведения с серьезной научной работой должна бы существовать при университете, но и первая победа была значительна: она вдохновляла на дальнейшую борьбу за университетскую кафедру, за полное утверждение новой науки.