Одной поездки на Кавказ Докучаеву, конечно, было мало. Нужно было ехать снова, но не одному, а с экспедицией. Необычайное разнообразие и слабая изученность природы Кавказа, а также его неисчерпаемые народнохозяйственные возможности требовали детального и всестороннего комплексного естественно-исторического изучения. Эта работа должна была стать более крупной по масштабам, чем работа нижегородской и полтавской экспедиций. Докучаев снова принялся хлопотать и ходить по инстанциям, и ему удалось добиться некоторого внимания к делу огромной научной важности: правительственные органы предложили ему составить план и смету намечаемых работ. Тщательно все взвесив, посоветовавшись с друзьями, Докучаев составил подробный план и определил стоимость всех работ, рассчитанных на ряд лет, в 200 тысяч рублей. С планом Докучаева правительственные органы согласились, но… решили выделить 2 тысячи рублей, то есть в сто раз меньше того, что требовалось по плану и смете. Это было оскорбительным пренебрежением к науке, и Докучаев с возмущением писал по этому поводу Измаильскому: «Когда-то у нас в России будет конец таким порядкам?» Изучение Кавказа Докучаев продолжал на свой страх и риск. Материальное положение Докучаева было в это время тяжелым. Выручал Докучаева Измаильский. Щепетильный в денежных делах, Докучаев при первой же возможности возвращал те небольшие суммы, которые одалживал ему Измаильский. Дружба их в эти годы еще более окрепла. Докучаев ежегодно посещал Измаильского и хоть недолгий срок, но отдыхал у него, опекаемый заботами хозяина и его жены.
Докучаев исключительно высоко ценил Измаильского, считал его крупнейшим ученым и немало содействовал присуждению Измаильскому Макарьевской премии за книгу «Влажность почвы и грунтовая вода». Измаильский скромно считал такую высокую оценку чрезмерной; он преклонялся перед научным авторитетом творца почвоведения и писал ему в одном из писем, что не смеет и просить загруженного делами Докучаева о подробной рецензии на эту книгу, «но и два слова, Вами сказанные в печати о моей работе, для этой последней будут немаловажным событием».
Докучаев с новой настойчивостью начинает бороться за создание Государственного почвенного института. Он посещает влиятельных лиц, добивается поддержки министра Ермолова, академика Карпинского и ряда других, но попрежнему не достигает цели.
Снова Докучаев пытается опереться на общественные силы. То, что удавалось обнародовать в «Трудах» и «Записках» этих обществ, отражало лишь небольшую часть выполненных исследований и разработанных проблем. Почвоведение должно было найти возможность широко популяризировать свои достижения. Если не было специального института, то нужно было завоевать, по крайней мере, трибуну, с которой можно пропагандировать новую науку, и нужно было иметь свой печатный орган. Докучаев писал докладные записки, прошения и, наконец, добился: в 1899 году вышел первый номер научного журнала «Почвоведение». Специальных научных журналов в то время было чрезвычайно мало. Даже давно завоевавшая признание ботаника не имела в России своего печатного органа. Журнал, созданный Докучаевым, был первым в мире органом почвоведов. В 1910 году на второй международной конференции почвоведов этот журнал был признан международным органом почвоведения.
Но журнал «Почвоведение» был рассчитан, в первую очередь, на специалистов, на сравнительно небольшую аудиторию. А Докучаева не оставляла мысль о необходимости пропаганды новой науки и распространения естественно-исторического образования среди широких слоев народа. Его реформаторская деятельность в Новой Александрии принесла значительную пользу, но этого было мало. Если правительство отказывает и в открытии университетских кафедр почвоведения и в расширении сельскохозяйственного образования вообще, Докучаев решил действовать самостоятельно и через голову царского правительства обратиться к обществу, к народу.