В это же время Докучаев, несмотря на болезнь, периодически выводившую его из строя, начал работать над широкими проблемами естествознания.
Энгельс писал в «Диалектике природы»: «В конце прошлого столетия, после французских материалистов, материализм которых был по преимуществу механическим, обнаружилась потребность энциклопедически резюмировать все естествознание старой ньютоно-линневской школы, и за это дело взялись два гениальнейших человека — Сен-Симон (не закончил) и Гегель. Теперь, когда новое воззрение на природу в своих основных чертах готово, ощущается та же самая потребность и предпринимаются попытки в этом направлении»[31] Докучаев остро ощущал эту потребность и задумал дать творческое обобщение всех новейших открытий естествознания в области географии, геологии, почвоведения, биологии и смежных с ними наук, показать их взаимосвязь и влияние на жизнь и культуру человечества. Он писал в одной из работ 1898 года:
«Не подлежит сомнению, что познание природы — ее сил, стихий, явлений и тел — сделало в течение 19-го столетия такие гигантские шаги, что само столетие нередко называется веком естествознания, веком натуралистов. Но, всматриваясь внимательно в эти величайшие приобретения человеческого знания, — приобретения, можно сказать, перевернувшие наше мировоззрение на природу вверх дном, особенно после работ Лавуазье, Ляйеля, Дарвина, Гельмгольца и других, нельзя не заметить одного, весьма существенного и важного недочета.
Изучались главным образом отдельные тела, минералы, горные породы, растения и животные, — и явления, отдельные стихии, — огонь (вулканизм), вода, земля, воздух, в чем, повторяем, наука и достигла удивительных результатов, но не их соотношения, не та генетическая, вековечная и всегда закономерная связь, какая существует между силами, телами и явлениями, между мертвой и живой природой, между растительными, животными и минеральными царствами, с одной стороны, человеком, его бытом и даже духовным миром — с другой. А между тем именно эти соотношения, эти закономерные взаимодействия и составляют сущность познания естества, лучшую и высшую прелесть естествознания».
Докучаев давно говорил о том, что нужно изучать и штудировать «всю единую, цельную и нераздельную природу, а не отрывочные ее части». Он всегда следовал этому принципу в своих работах. Классификация почв и учение о зональности Докучаева служат тому ярким подтверждением. Докучаев подошел вплотную к вопросам создания единой науки, охватывающей всю «единую, цельную и нераздельную природу».
В конце 1898 года Докучаев опубликовал в «Ежегоднике по геологии и минералогии России» статью «Место и роль современного почвоведения в науке и жизни». Вскоре эту статью он выпустил отдельным изданием, с посвящением памяти Анны Егоровны. Двойная публикация подчеркивала особое значение, которое Докучаев придавал этой работе. Он писал в ней: «Как известно, в самое последнее время все более и более формируется и обособляется одна из интереснейших дисциплин в области современного естествознания, именно учение о тех многосложных и многообразных соотношениях и взаимодействиях, а равно и о законах, управляющих вековыми изменениями их, которые существуют между так называемыми живой и мертвой природой, между а) поверхностными горными породами, б) пластикою земли, в) почвами, г) наземными и грунтовыми водами, д) климатом страны, е) растительными и ж) животными организмами (в том числе и даже главным образом низшими) и человеком, гордым венцом творения». Эта наука еще очень юная, но зато «исполненная чрезвычайного высшего научного интереса». Докучаев предвидел, что «уже недалеко то время, когда она по праву и великому для судеб человечества значению займет самостоятельное и вполне почетное место». Но сейчас пока этого еще нет, «ближе всего к упомянутому учению, составляя, может быть, главное центральное ядро его, стоит (не обнимая, однако, его вполне) новейшее почвоведение, понимаемое в нашем русском смысле».
Почва — это та арена, где происходит встреча, борьба и взаимодействие различных составных частей живой и мертвой природы. «Трудами наших отечественных ученых доказано, что почвы и грунты есть зеркало, яркое и вполне правдивое отражение, так сказать, непосредственный результат совокупного, весьма тесного, векового взаимодействия между водой, воздухом, землей, с одной стороны, растительными и животными организмами и возрастом страны — с другой». Но почва не только зеркало, отражающее взаимодействие разных царств природы, — она кормилица человека, она имеет огромное значение для жизни и судеб человечества. Во имя человека, на благо и пользу человека хотел Докучаев обобщить все знания о природе, чтобы можно было ее переделать и подчинить. Докучаев был ученым, стремившимся служить человечеству при помощи науки, которая могла вооружить человека в борьбе с природой.