Он призывал полтавчан, работников черноземной степи, все свои силы направить на возрождение чернозема. Лекцию о черноземе он начал следующими словами: «Сегодня я буду беседовать с вами… затрудняюсь назвать предмет нашей беседы, так он хорош! Я буду беседовать с вами о царе почв», и продолжал: «Он (чернозем) напоминает нам арабскую чистокровную лошадь, загнанную, забитую. Дайте ей отдохнуть, восстановите ее силы, и она опять будет никем не обогнанным скакуном. То же и с черноземом: восстановите его зернистую структуру, и он опять будет давать несравнимые урожаи».
Он звал всех слушателей на смелую борьбу за овладение природой. «В природе все красота, — говорил он. — Все эти враги нашего сельского хозяйства: ветры, бури, засухи и суховеи, страшны нам лишь только потому, что мы не умеем владеть ими. Они не зло, их только надо изучить и научиться управлять ими, и тогда они же будут работать нам на пользу».
Из Полтавы Докучаев поехал на Кавказ. С помощью своего молодого ученика С. А. Захарова, только что окончившего Московский университет, Докучаев исследовал Лорийскую степь, изучал почвы Западной Грузии в районе Сакарского питомника виноградных лоз, затем отправился в Чакву, на знаменитые красноземы, где расположены чайные плантации. Он намеревался отправиться в высокогорную Сванетию для изучения горно-луговых почв. Но болезнь то и дело вынуждала его оставаться в постели, и часто Захаров один, по его указаниям, отправлялся на сбор почвенных образцов и закладку разрезов. Поездка в Сванетию не состоялась. Докучаев приехал в Тифлис, где его, как всегда, сердечно встретили агрономы и другие представители местной интеллигенции, с которыми он очень сблизился в предыдущие приезды. Здесь в первых числах сентября он начал читать цикл лекций по почвоведению, в которых ученый подводил итоги трехлетнего изучения почв и природы Кавказа.
С. Захаров, ассистировавший на этих лекциях, вспоминает: «Василий Васильевич стал излагать свои мысли со свойственным ему мастерством и картинностью. Помню, как в коротких, но ярких чертах он обрисовал природу наших закаспийских пустынь, их безводие, зной, скопление больших кристаллов гипса в почвах, стаи высоко летающих журавлей… Передо мною был прежний Докучаев, так пленивший меня в Москве».
Но этот цикл лекций остался недочитанным. В помещении Кавказского общества сельского хозяйства появилось объявление о прекращении лекций ввиду болезни лектора. Через несколько дней, едва оправившись от болезни, Докучаев уехал в Петербург, провожаемый двоими слушателями и местными агрономами. Уезжая, он условился с Захаровым о продолжении работ, о лабораторной обработке собранного материала, о разборе почвенных коллекций:.
В Петербург он вернулся совершенно больным и снова был помещен в лечебницу. Последнее письмо его (к А. Измаильскому), написанное в эти дни, дышит подлинным трагизмом: «За это время я дважды был в больнице, но толку никакого. А между тем как хорош божий мир, как тяжело с ним расставаться. Ах, как тяжело, а ведь, казалось, было когда-то так светло!»
И с первых дней болезни Докучаева замирает целый ряд его начинаний. Закрываются сельскохозяйственные курсы — плод последних лет деятельности Докучаева. Надолго забывается вопрос о создании Государственного почвенного института, об учреждении кафедр почвоведения при университетах. Эти мечты Докучаева были осуществлены только после Октябрьской революции.
Накануне болезни, в июле 1900 года, Докучаев получает свидельства признания своих заслуг. На Парижской международной выставке за экспонированную коллекцию кавказских почв ему была присуждена высшая награда. Той же награды был удостоен и весь русский отдел почвоведения, показавший на этом выдающемся по тем временам международном смотре достижения докучаевской школы. В Лорийскую степь в Грузии, где в последний раз путешествовал Докучаев, ему пришло письмо из Парижа от одного из русских почвоведов, радостно сообщавшего: «Вам присуждена высшая награда Grand Prix, a некоторым Вашим ученикам (Отоцкому, Сибирцеву, Танфильеву и Ферхмину) золотые медали. Вообще наше почвоведение имеет успех».
В 1901–1902 годах Департамент земледелия выпустил первую научно обоснованную почвенную карту Европейской России, составленную Н. Сибирцевым, Г. Танфильевым и А. Ферхминым по инициативе и плану Докучаева. По отзыву академика В. Вернадского, эта карта «не имела равной в научной литературе по точности работы и по величине захваченной в исследование площади».
Но о выходе карты Докучаев уже не знал. Он пребывал дни и ночи в мучительном состоянии, терзаемый нравственно и физически. Больной часто бредил, ему грезились кошмары. Самоотверженная и терпеливая забота, которую проявляла к больному племянница Докучаева Антонина Ивановна Воробьева, облегчала его страдания. Исключительное внимание к больному проявлял скромный университетский служащий А. Ф. Адамович. Ежедневно, в определенные часы, еле передвигая ноги, больной старик навещал Докучаева и справлялся о его здоровье.