Это временное перемирие не стало концом конфликта, который продолжался еще в течение сорока лет. Два года спустя Уэстморленд все еще протестовал по этому поводу, что побудило обе стороны вновь предстать перед Советом 28 декабря 1438 года, после того, как затянувшееся соперничество стало проявляться в насильственных действиях. Примерно в это время Уэстморленд женился во второй раз, на Маргарите Кобэм, и этот брачный союз ввел графа в круг приближенных, Хамфри Глостера. Подталкивал ли герцог Уэстморленда, чтобы насолить кардиналу Бофорту? Это кажется вероятным. Король, узнав, "что возникли споры", был глубоко обеспокоен "резней и разорением людей" на севере, "неуважением к королю и нарушением мира", и приказал прекратить военные действия. Джоанна, Солсбери и Джордж Невилл, барон Латимер, а также Уэстморленд и два его брата, вновь были связаны обязательствами по поддержанию мира[448]. Однако вопрос так и остался нерешенным.
Помимо борьбы с настойчивым Уэстморлендом, Джоанна была занята организацией почтения памяти своей матери Екатерина Суинфорд, а также необходимыми приготовлениями к собственной смерти. 28 ноября 1437 года она получила от короля разрешение на основание в Линкольнском соборе костела с двумя капелланами, чтобы те ежедневно молились за душу Екатерина, а также за нее саму, ее мужа Ральфа, брата-кардинала и отца Джона Гонта. В тот же день она также добилась субсидии на ежедневные молитвы за души ее мужа, брата и отца в церкви Стейндроп, недалеко от замка Рэби[449].
По ту сторону границы, в Шотландии, жизнь ее племянницы-тезки Джоанны была такой же, если не более бурной. Хотя ее брак с королем Яковом внешне выглядел гармоничным, королевская чета управляла королевством, охваченным внутренними распрями и династическим соперничеством. Тем не менее, 7 августа 1432 года Джоанна нашла время, чтобы отправить двенадцать бочек шотландского соленого лосося своей матери Маргарите[450].
Главной обязанностью Джоанны, как королевы, было обеспечить мужа детьми для продолжения рода Стюартов. Сначала у Джоанны трижды рождались дочери, но затем она произвела на свет наследников-близнецов Александра и Якова, хотя первый умер вскоре после рождения. Далее последовали еще три дочери. Старшую из дочерей Джоанны, Маргариту, еще в 1428 году прочили в невесты наследнику Карла VII, Дофину Людовику, но только 25 июня 1436 года, по истечении семилетнего перемирия между Англией и Шотландией, этот брак был заключен в Туре, предположительно вопреки желанию братьев Джоанны и ее дяди-кардинала. Принцессе Маргарите на тот момент было всего одиннадцать лет, но ее брак с тринадцатилетним Людовиком укрепил союз между Шотландией и Францией в ущерб Англии и родственникам королевы Бофортам. Брак оказался несчастливым: Маргарита умерла в 1445 году в возрасте двадцати лет, так и не успев стать королевой, как ее мать.
Вечером 20 февраля 1437 года пребывание Джоанны в качестве королевы Шотландии закончилось "очень жестоко и неожиданно", когда группа убийц, посланная дядей короля Уолтером Стюартом, графом Атоллом, ворвалась в доминиканский монастырь в Перте сразу после полуночи и окружила перепуганную королевскую чету. Король Яков I попытался бежать, но был быстро схвачен и "самым варварским образом убит". Хотя Джоанна была "злодейски дважды ранена", она выжила и смогла переправить своего шестилетнего сына Якова в Эдинбург. Когда шок от нападения прошел и раны зажили, мстительная Джоанна решила покарать убийц своего мужа и обеспечить сыну место на троне. Ей это удалось; граф Атолл переоценил степень поддержки среди своих соотечественников и был быстро схвачен, заключен в тюрьму и подвергнут пыткам. 25 марта юный принц был коронован и помазан на царство в аббатстве Холируд, став Яковом II Шотландским и первым мужчиной из рода Бофортов, вступившим на трон, за четверть века до Эдуарда IV и почти за полвека до Ричарда III и Генриха VII. На следующий день графа Атолла протащили на волокуше голым по улицам Эдинбурга, после чего он был повешен, обезглавлен и четвертован[451].
Поселившись в замке Данбар на побережье Восточного Лотиана вместе со всеми своими детьми, кроме дочери Маргариты, Джоанна намеревалась лично управлять Шотландией в качестве регента своего сына, но столкнулась с яростным сопротивлением шотландской знати. Мать короля была не просто женщиной, а англичанкой, имевшей обширные родственные связи при дворе старого врага Шотландии. Арчибальд Дуглас, 5-й граф Дуглас и кузен короля, был предпочтен в качестве регента, и Джоанне пришлось довольствоваться лишь опекой над сыном. Однако оставаться в тени было не в характере Бофортов, и в июле 1439 года Джоанна вновь появилась на политической сцене после того как вышла замуж за Якова Стюарта, "Черного рыцаря Лорна".