Йорк осторожно заявил, что его назначение произошло по решению Парламента, а не его самого, поскольку он опасался обвинений в незаконном присвоении королевской власти. Для пущей убедительности Ричард заявил, что у него "нет достаточных сил, умения и способностей, чтобы взять на себя эту странную должность Протектора и Защитника этой земли",[562] хотя, несмотря на такое внешнее смирение, он с радостью принял эту роль, а вместе с ней и контроль над королевством.
Одним из первых действий Йорка было назначение нового канцлера, так как эта должность, оставалась вакантной после смерти в марте кардинала Кемпа. Канцлером стал шурин герцога Ричард Невилл, граф Солсбери, который занял этот пост 2 апреля, подражая при этом двум своим дядям по материнской линии — Томасу и Генри Бофорту[563]. Солсбери, и его сын граф Уорик, были амбициозны сверх меры, и канцлерство оправдало решение Невиллов связать себя с мужем Сесилии Невилл. Йорк, со своей стороны, получил капитанство в Кале, которое он отобрал у Сомерсета, и вернул себе лейтенантство в Ирландии[564].
Мало кто сомневался, что Йорк теперь был самой влиятельной фигурой в королевстве, хотя, несмотря на падение Сомерсета, он решил быть беспристрастным защитником, занимая бесстрастную позицию в спорах и петициях и пытаясь восстановить закон и порядок. Те, кто был тесно связан с предыдущим режимом, такие как герцог Бекингем и единоутробные братья короля Тюдоры, даже были включены в состав Совета, и налаживали рабочие отношения с Йорком.
Конечно, не все были в восторге от нового режима. Сомерсет все еще находился в заключении, королева негодовала в Виндзоре, а на севере зять Йорка Генри Холланд, герцог Эксетер, пытался поднять народ на восстание против протектора. Эксетер считал, что его несправедливо обошли вниманием при выборе протектора в пользу его тестя, и нашел сторонников для своего недовольства в семье Перси, которые также чувствовали себя обойденными в пользу, своих соперников, Невиллов. Йорк отреагировал решительно: после многочисленных писем с требованием прекратить подстрекательство к мятежу, 24 июля, Эксетера был задержан и заключен в тюрьму в замке Понтефракт[565]. Когда два герцога из рода Ланкастеров оказались в тюрьме, а король все еще был недееспособен, положение Йорка еще более упрочилось, и он воспользовался случаем, чтобы осуществить свой план по привлечению Сомерсета к суду за государственную измену.
28 июля 1454 года Норфолку было отправлено письмо с просьбой явиться на заседание Совета 28 октября, где, как надеялись, он "оправдает задуманные нами дела против Сомерсета", позволив Йорку "разбираться в этих делах в соответствии с законом и разумом". Повестку с вызовом подписали Томас Буршье, новый архиепископ Кентерберийский, епископы Винчестерский и Элийский, кузен Сомерсета Солсбери, а также лорды Буршье, Дадли и Грей. Имя Йорка заметно отсутствовало, но можно не сомневаться, что его рука направляла все эти дела из-за кулис[566]. Знание об этом вызове могло побудить Уильяма Пастона написать своему брату Джону в том же месяце, чтобы сообщить, что Сомерсет "сидит в тюрьме, причем в худшем состоянии, чем когда-либо". Неясно, относилось ли это к физическому или политическому состоянию герцога, но в любом случае положение Сомерсета было явно опасным[567].
Как бы то ни было, октябрьское заседание Совета прошло, а Сомерсет продолжал томиться в тюрьме, не имея никаких ближайших перспектив на освобождение или суд. Можно только представить себе его состояние, когда он метался по своим покоям в Тауэре, не зная своей судьбы, в то время как Йорк властвовал над всей Англией. Встречая второе Рождество подряд в стенах королевской крепости, Сомерсет, возможно, даже молился о святом чуде. Возможно, Бог услышал мольбы Эдмунда Бофорта, потому что в Рождество 1454 года король Генрих VI пришел в себя.
Кататонический ступор Генриха длился около пятнадцати месяцев, за это время Йорк прочно укрепил свои позиции во власти, и даже, в ноябре 1454 года, инициировал обширную программу реформ, которая, к негодованию королевы Маргариты, сократила штат королевского двора. Теперь очнувшийся король, ошеломленный новостями о рождении сына и заключении Сомерсета и Эксетера в тюрьму, возобновил контроль над государственными делами, официально отстранив, 9 февраля 1455 года, Йорка от должности протектора и лишив разгневанного герцога лейтенантства в Ирландии и капитанства в Кале. 7 марта союзник Йорка Солсбери также был вынужден отказаться от поста канцлера.