Утром в день посвящения Генри выехал из монастыря к одним из городских ворот, где смиренно снял обувь, а затем босиком продолжил путь к дверям собора. Принятый деканом и настоятелем, Генри принес клятву верности защищать и отстаивать права и свободы Церкви, искренне поклявшись защищать интересы епархии и ее жителей[105]. После соблюдения всех религиозных ритуалов и завершения интронизации Генри занял свое место на епископском троне, после чего последовал пышный пир. Интересно, не нервничал ли епископ во время церемонии, особенно если учесть его необычайно юный возраст. Вполне возможно, что Генри, держался уверенно, так как, его дальнейшая карьера, одного из самых выдающихся государственных деятелей Англии, говорит о том, что он умел достойно вести себя, когда оказывался перед шумной толпой.
Как епископ Линкольна Генри мог пользоваться несколькими резиденциями, принадлежащими епископству, включая величественный епископский дворец располагавшийся напротив собора. Из дворца Генри открывался вид на средневековый город, и он служил административным и законодательным центром епархии, самой большой в королевстве, простиравшейся от Хамбера на севере до сельской Темзы на юге. Если Генрих предпочитал более деревенскую обстановку, возможно, чтобы предаваться таким занятиям, как псовая или соколиная охота, то у него был выбор: дворец в Стоу или замок в Слефорде — два места, которыми он охотно пользовался. Стоу находился менее чем в десяти милях к северо-востоку от Кеттлторпа, что делало его удобным местом для посещения дома его матери Екатерина Суинфорд, а четырехугольный замок в Слефорде славился своими щедрыми землями, которые, будучи возделываемыми, давали епископу дополнительный источник дохода и провизию для собственного потребления. Еще дальше находился замок Ньюарк, построенный в 1135 году на восточном берегу реки Трент и удобно расположенный рядом с Великой Северной Дорогой, а также небольшие резиденции в других местах, таких как Банбери и Неттлхэм.
Во время визита в Лондон Генри поселился в Старом Темпле в Холборне, который изначально принадлежал рыцарям-тамплиерам до его покупки епископами Линкольна в 1161 году. Темпл был построен из канского камня, аналогичного тому, что использовался для строительства лондонского Тауэра и части Вестминстерского аббатства. Старый Темпл занимал большую часть территории, которая сейчас является северным концом улицы Чансери-лейн, и входил в число лучших епископских домов Лондона. Где бы ни находился Генри, он был избалован выбором недвижимости, предоставленной Церковью.
После интронизации Генри в Линкольне Екатерина Суинфорд могла с гордостью заявить, что является матерью маркиза, графини и епископа, что казалось невозможным в мрачный период после крестьянского восстания. В противовес утверждениям Норфолка о том, что Бофорты вот-вот будут уничтожены королем, факты свидетельствуют о том, что они были у него в милости, даже когда их единокровный брат Генрих Болингброк оставался под подозрением у параноидального государя.
29 апреля 1398 года королем было принято решение относительно герцога Херефорда; было постановлено, что он встретится с Норфолком в поединке, в буквальном смысле — не на жизнь а на смерть. Вялые попытки короля примирить враждующих герцогов потерпели фиаско, когда оба не только отказались снять свои обвинения друг против друга, но и "заявили, что между ними никогда не будет заключен мир"[106]. Поединок, из которого живым должен был выйти только один человек, был назначен на 16 сентября. В удивительно рискованном проявлении солидарности со своим единокровным братом, 23 августа Генри Бофорт публично заявил о полной поддержке своего "самого почтенного и дорогого брата" в подготовке к смертельной дуэли с "определенным противником", а затем использовав свои прерогативы епископа, приказал провести молитвы и процессии по всей епархии в поддержку герцога[107]. Преданность делу дома Ланкастеров, проявляемая в течении всей последующей жизни Генри Бофорта, явно была для него чем-то особенным, когда он был всего лишь начинающим епископом.
В день поединка, который должен был состояться на Госфорд-Грин близ Ковентри, королевский двор собрался, чтобы выяснить, кто из герцогов выйдет победителем. Присутствовали король и его молодая королева, нервничающие герцог и герцогиня Ланкастер, а также большое количество любопытных дворян. Для одних это был ужасный случай, а для других возможностью увидеть увлекательное зрелище, сродни гладиаторским состязаниям Древнего Рима. Херефорд готовился к поединку в павильоне, "усыпанном красными розами", облачившись в свои лучшие доспехи, и "осенив себя крестным знамением", прежде чем потребовать свое копье[108]. Когда оба герцога вооружились разнообразным оружием, предназначенным для убийства противника, король внезапно остановил мероприятие перед самым его началом и призвав герцогов встать перед ним на колени и, без суда и возможности опротестовать решение, приговорил Херефорда к десяти годам изгнания, а Норфолка — к пожизненному[109].