По возвращении Сомерсет получил новые пожалования в знак признания его безупречной службы. 21 сентября ему был пожизненно пожалован дом под названием "Ла Тур, принадлежавший Алисе де Виндзор",[162] скандально известной любовнице короля Эдуарда III, более известной как Элис Перрерс. Ла Тур располагался на берегу Темзы и позже был известен как Колдхарбор, став излюбленной резиденцией внучки Сомерсета Маргариты Бофорт. Кроме того, Бофорту были пожалованы, принадлежавшие графу Хантингдону, земли на Темз-стрит, рядом с приходской церковью All-Hallows-the-Less (Всех святых). Благодаря этим пожалованиям Сомерсет получил значительную базу в Лондоне рядом с шумной рекой, что позволило ему легко добираться до Парламента и нескольких королевских дворцов.
Когда осень 1401 года перешла в зиму, армия Глиндура продолжала тревожить Уэльс в рамках партизанской войны, которая, к большому беспокойству короля, не подавала признаков ослабления. Адам из Уска сообщал, что валлийский вождь, на стороне которого были "весь Северный Уэльс, Кардиган и Повис, огнем и мечом изводил англичан, живущих в тех краях", используя свое превосходное знание местности, чтобы оставаться неуловимым и непредсказуемым. Разгневанный Генрих в ответ "вторгся в те края с мощной силой, полностью разрушил их и опустошил огнем, голодом и мечом, оставив их пустыней, не пощадив даже детей и церкви"[163].
Сомерсет и, вероятно, его брат Томас сопровождали своего брата-короля и в этой последней кампании и, возможно, присутствовали на рынке Лландовери 9 октября 1401 года, когда местный землевладелец по имени Лливелин ап Груффид Фичан был повешен, выпотрошен и четвертован по приказу короля. Лливелин был сторонником Глиндура, и его жуткая казнь проходила под пристальным взглядом короля и его старшего сына, принца Генриха. Если кто-то из Бофортов или оба присутствовали при казни, что представляется вполне вероятным, они должны были слышать последние мучительные крики Лливелина, когда из его тела вырывали внутренности. Это был варварский акт, который мало способствовал расположению местных жителей к англичанам, но послужил жестоким уроком для всех, кто смотрел на это, включая и Бофортов, что мятеж против короля неизменно заканчивается смертью. Это был не самый мудрый путь, и Бофорты не собирались ему следовать.
После возвращения Сомерсета в Англию, ноябрь 1401 года оказался особенно примечательным месяцем. 1 ноября Джон был назначен капитаном Кале, что было важным военным назначением, которое вменяло ему в обязанность защиту английских ворот в материковую Европу. Капитан Кале был командиром крупнейшего постоянного королевского гарнизона и, следовательно, обладал значительным влиянием, поэтому эта должность могла быть доверена только человеку, чья преданность была вне всяких сомнений, и к концу 1401 года Джон Бофорт считался именно таким человеком.
Как капитан, Сомерсет должен был рассматривать любые уголовные и гражданские дела в городе и окрестных деревнях и, при необходимости, выносить приговор по любым неразрешенным спорам. Он также отвечал за выдачу пропусков на безопасный проезд тем, кто намеревался пересечь Ла-Манш и попасть в Англию, включая иностранных послов, желающих получить аудиенцию у английского короля. По сути, Сомерсет мог контролировать, всех кто приезжает в Англию и уезжает из нее. Последним человеком, занимавшим эту должность, был Джон Холланд, который, как и Джон Бофорт, приходился братом назначившему его королю, в первом случае Ричарду II. Это был еще один случай, когда Бофорт извлек выгоду из заговора, погубившего Холланда.
Тем временем 16 ноября граф, получивший весной манроы Уильяма Асторпа в Сэмпфорд-Певерелл и Аллер-Певерелл, увеличил свои владения, включив в них опеку над другими манорами Асторпа, ввиду внебрачного происхождения этого девонского рыцаря[164]. Через три дня, 19 ноября, граф получил дополнительные земли в западном Уэльсе, которые были конфискованные у валлийцев, принявших участие в восстании Глиндура. Эти владения, расположенные в приходах Искод и Гвинионидд в Кардиганшире, увеличили годовой доход Сомерсета на 200 марок[165].