Пока граф был занят за границей, его младший брат Генри Бофорт был вынужден бороться с растущими беспорядками в Оксфорде, городе, который был ему близок со времен пребывания там в качестве студента и канцлера. Вместе с нынешним канцлером Филипом Репингдоном епископу Линкольна 18 июля было поручено срочно расследовать сообщения о том, что несколько валлийцев проживающих в городе незаконно собираются по ночам, предположительно намереваясь поднять восстание в знак солидарности со своими соотечественниками по ту сторону границы[172]. Обязанностью Генри было организовать поимку и арест нарушителей и обеспечить в Оксфорде порядок. Королю меньше всего хотелось, чтобы один из его важнейших городов был разграблен в результате внутреннего мятежа. Вмешивался ли епископ в это дело лично или просто делегировал полномочия своим комиссарам, неизвестно, но конечная ответственность лежала на нем, как показало то, что он был признан ответственным за побег тринадцати клириков из тюрьмы в Ньюарке в сентябре — проступок, за который он был помилован 8 августа[173]. Тревога, буквально пронизывавшая королевский двор, несомненно, заставляла Бофортов быть начеку.
Валлийцы оставались проблемой для короля на протяжении всего 1402 года, и 15 августа он отреагировал на это, назначив Томаса Бофорта капитаном замка Ладлоу в Уэльских марках, что стало его первым значительным назначением[174]. Хотя в мирное время эта должность была жизненно важной, поскольку была центральной в управлении большими территориями в Уэльсе, летом 1402 года роль капитана приобрела еще большее значение, поскольку валлийское восстание набирало обороты.
22 июня армия Глиндура одержала ошеломительную победу над английскими войсками у холма Брин-глас в Поуисе, примерно в двадцати милях от Ладлоу. Англичане во главе с сэром Эдмундом Мортимером потерпели поражение благодаря хитроумной стратегией Глиндура, который разделил свою армию: одна часть расположилась на вершине крутого холма, а другая скрывалась от глаз противника в долине. Мортимер послал своих лучников вверх по холму навстречу валлийцам, но в то время как их стрелы не попадали в цель, валлийские стрелы неустанно находили свою. То ли от безысходности, то ли по предварительному уговору часть армии Мортимера внезапно перешла на сторону противника, заставив остальную часть его охваченной паникой армии бежать. Мортимер попал в унизительный плен, но когда король Генрих отказался заплатить за него выкуп, двадцатипятилетний внук Лайонела Антверпена также перешел на сторону противника, да еще и женился на дочери Глиндура Екатерине.
Именно эта череда тревожных событий — серьезное поражение и измена доселе верного командира — послужила причиной назначения Томаса Бофорта. Королю нужен был кто-то в регионе, кому он мог бы полностью доверять, и кто мог бы лучше справиться с этой ответственной ролью, поэтому, Томас получил приказ немедленно занять свой пост. Тем временем король "со ста тысячами человек и более, разделенными на три части, вторгся в Уэльс с войной";[175] но, как и предыдущие кампании, это мало что дало, и валлийские повстанцы вместе со своим союзником Мортимером остались не покоренными.
К 1403 году Бофорты, несомненно, стали главными в окружении Генриха IV, который отчаянно боролся за сохранение узурпированной короны. Генрих понимал, что его единокровные братья должны быть довольны своим положением, в то время как Бофорты понимали, что занимают свои должности лишь по милости короля. К обоюдной выгоде обеих сторон, такие отношения сохранялись и в обозримом будущем.
В начале нового года Сомерсет снова был призван своим братом-королем сопровождать королевскую невесту на ее новую родину — на этот раз для того, чтобы доставить новую супругу короля Жанну Наваррскую из Бретани и исполнить брачный договор, заключенный в предыдущем году. Граф в сопровождении своего брата епископа Генри уже пытался пересечь Ла-Манш 28 ноября 1402 года, но, выйдя из Саутгемптона, они попали в яростный шторм, из-за которого их корабли пробыли в море одиннадцать дней. Их мучения закончились, 9 декабря, когда они причалили в Плимуте, так и не добравшись до бретонского берега[176]. Однако, епископ написал в Совет письмо с просьбой заплатить морякам, которые честно пытались переправить их через море, несмотря на неудачу плавания[177].