Паника 1857 года произвела глубокое впечатление на двадцатилетнего сына Моргана, Пирпонта, который только что начал работать на Уолл-стрит в качестве ученика без оклада в компании "Дункан, Шерман и компания", нью-йоркском агенте компании Peabody. Под руководством партнера Чарльза Дабни, отличного бухгалтера, Пирпонт учился оценивать бухгалтерские книги и постигать тайны хаотичной американской банковской системы. С тех пор как в 1832 году Эндрю Джексон уничтожил второй Банк США, в Соединенных Штатах не было единой валюты. В каждом штате существовала своя банковская система, и во многих местах долги можно было погашать в иностранной валюте. Пирпонта, новичка на Уолл-стрит, беспокоили слухи о грядущем дефолте его отца, а о спасении Банка Англии он узнал, посетив офис Сайруса Филда. Впоследствии его терпимое отношение к предложенной Федеральной резервной системе часто связывают именно с этим ранним спасением Банком Англии фирмы его отца.
Для семьи Морганов это было боевое крещение. Потрясенный, старший Морган стал более осторожным и скептичным банкиром. Теперь он требовал предоставления выписок от банков-корреспондентов в Америке, даже если это означало их оскорбление. А сыну он начал читать лекции о необходимости консервативного ведения бизнеса, причем паника 1857 г. станет текстом многих проповедей. "Ты начинаешь свою деловую карьеру в богатое событиями время, - писал он. Пусть то, чему вы стали свидетелем, произведет на вас неизгладимое впечатление... "Медленно и верно" должно стать девизом каждого молодого человека". Джуниус Морган выработал в себе возвышенное презрение к ценовой конкуренции и перенял королевскую пассивность Ротшильдов и Барингов, которые отказывались предлагать более низкие условия: "Если мы не можем вести счет на такой основе, мы должны довольствоваться тем, что другие перебивают нас".
Вскоре последовала еще одна катастрофа. Подобно французским или универсальным немецким банкам, лондонские торговые банки принимали участие в акционерном капитале предприятий. Например, банк "Джордж Пибоди энд Компани" участвовал в финансировании экспедиции сэра Джона Франклина в поисках Северо-Западного прохода. Но самой дальновидной ставкой банка стало вложение 100 тыс. фунтов стерлингов в трансатлантический кабель Сайруса Филда, который должен был соединить Уолл-стрит и Сити. Схема выглядела вдохновенно 16 августа 1858 г., когда королева Виктория сделала первый звонок по кабелю президенту Джеймсу Бьюкенену. В порыве национальной гордости Нью-Йорк устроил двухнедельный фейерверк и эйфорическое празднование. Пибоди в головокружении писал Филду: "Ваши размышления, должно быть, похожи на размышления Колумба после открытия Америки". Однако он сказал слишком рано: в сентябре кабель оборвался, цены на акции предприятия резко упали, а Пибоди и Джуниус Морган понесли огромные убытки. Прошло восемь лет, прежде чем связь была восстановлена.
Хотя Пибоди оставался номинальным главой компании до 1864 г., в 1859 г. Джуниус Морган получил контроль над компанией George Peabody and Company. С ухудшением здоровья Пибоди впервые за двадцать один год отправился в отпуск в Европу. После начала Гражданской войны в США Морган торговал облигациями Союза, курс которых колебался в зависимости от исхода каждого сражения. После того как армия Союза была разбита при Булл-Ране, облигации упали, а затем резко возросли, когда войска Союза остановили наступление конфедератов у ручья Антиетам. Отправив телеграмму через Новую Шотландию, Пьерпонт предупредил своего отца о падении Виксбурга в июле 1863 г., и старший Морган успел получить прибыль от внезапного роста американских ценных бумаг. Подобные операции с бедствиями не считались кровожадными или предосудительными среди банкиров-купцов, а занимали почетное место в их мифологии. Как хвастался один из Ротшильдов: "Когда улицы Парижа залиты кровью, я покупаю".
Несмотря на свои симпатии к янки, Морган столкнулся с трудностями в финансировании Союза. После того как южные банки вывели свои вклады с Севера, Линкольн начал искать новые источники финансирования. Поскольку ланкаширские текстильные фабрики были тесно связаны с южными хлопковыми плантациями, город был не готов к любым крупномасштабным операциям для Севера. Для финансирования военного долга президент обратился к филадельфийскому банкиру Джею Куку, которого впоследствии прозвали финансовым П.Т. Барнумом: его агенты разошлись по всей Америке, чтобы продать военные облигации в рамках первой в истории страны массовой операции с ценными бумагами. Среди покупателей в Лондоне были Джордж Пибоди и Джуниус Морган. Однако Гражданская война стала единственным крупным военным конфликтом, в котором Морганам помешали политические обстоятельства: она стала удачей для немецко-еврейских банкиров с Уолл-стрит, которые привлекали кредиты у многочисленных сторонников Союза в Германии. В будущем политические импульсы Морганов идеально совпадут с выгодными возможностями.