В годы Гражданской войны с Джорджем Пибоди произошла метаморфоза: из Скруджа он превратился в Санта-Клауса. Он был типичным бессердечным банкиром, одномерным накопителем. По словам современника, "дядя Джордж, как называют его американцы. ...был одним из самых скучных людей на свете: у него не было, по сути, никакого дара, кроме дара делать деньги". Однако этот угрюмый человек вдруг стал расточительным в своих дарах; его филантропия была столь же неумеренной, как и его прежняя жадность. Ему было трудно отказаться от своих скупых привычек. "Нелегко расставаться с богатством, накопленным за годы упорного и трудного труда", - признавался он. Теперь же накопленное за всю жизнь богатство было выплеснуто в одной компенсационной попойке, очистив совесть янки. Возможно, в юности Пибоди слишком много работал для других, а в зрелом возрасте - для себя. Как бы то ни было, он не мог делать ничего наполовину и снова впал в крайность.
К 1857 г. он начал финансировать Институт Пибоди в Балтиморе. (В отличие от более поздних пожертвований Моргана, часто анонимных и незаметных, Пибоди хотел, чтобы его имя красовалось на каждой библиотеке, фонде или музее, которые он одаривал). В 1862 г. он начал перечислять 150 тыс. фунтов стерлингов в трастовый фонд для строительства жилья для лондонской бедноты. Эти поместья Пибоди с газовыми лампами и водопроводом стали бы значительным улучшением по сравнению со средневековыми богадельнями викторианского Лондона, и они до сих пор усеивают город. Для финансирования проекта он передал пакет акций компании Hudson's Bay Company в размере пяти тысяч акций. За этот революционный акт щедрости он стал первым американцем, получившим свободу Лондонского Сити. "От чистого и благодарного сердца, - заявил он на обеде в Мэншн-Хаусе, - я говорю, что этот день возместил мне заботы и тревоги пятидесяти лет коммерческой жизни". Открытость Пибоди стала настолько известной, что вскоре его стали осаждать тысячей просительных писем в месяц.
В последние годы жизни Пибоди масштабы его благотворительной деятельности стали ошеломляющими. Он основал музей естественной истории в Йельском университете, музей археологии и этнологии в Гарварде, а также образовательный фонд для эмансипированных южных негров. Для последнего он передал партию дефолтных облигаций Миссисипи и Флориды на сумму в $l млн. в надежде, что эти штаты когда-нибудь возобновят выплаты и обогатят фонд. Были и другие завещания на жилищные проекты, в итоге составившие 500 тыс. фунтов стерлингов. По мере того как Пибоди превращался в единоличное государство всеобщего благосостояния, его почитатели видели в этом бывшем бритоголовом человеке небесные достоинства. Виктор Гюго заметил: "На земле есть люди ненавидящие и люди любящие". Пибоди был одним из последних. Именно на лице этих людей мы видим улыбку Бога". Гладстон говорил, что он "научил людей, как пользоваться деньгами и как не быть их рабом". Королева Виктория пыталась наградить его баронетством или рыцарским званием, но Пибоди, словно чуждый мирским удовольствиям, отказался от этого. Вместо этого королева направила из Виндзорского замка подробную личную записку, в которой восхваляла "княжескую щедрость" Пибоди по отношению к лондонской бедноте и приложила миниатюрный портрет себя с бриллиантом "Кохинор" и знаком ордена Подвязки.
На протяжении всего этого апофеоза Пибоди не оказывал благотворительной помощи Джуниусу Моргану. В 1864 г. истек срок их десятилетнего соглашения, и Пибоди вышел на пенсию. В этот момент, согласно обещанию, которое Пибоди дал, чтобы заманить Моргана в Лондон, младший партнер должен был получить в пользование его имя и, возможно, его капитал. Вместо этого Пибоди решил вывести из концерна и свое имя, и свой капитал. Возможно, в своей новой святости он хотел стереть свое имя с финансовой карты и закрепить его в мире добрых дел. Но для Моргана, как позже писал его внук , "в то время самым горьким разочарованием в жизни стало то, что Пибоди отказался сохранить старое название фирмы". Джуниус с неохотой переименовал фирму в J. S. Morgan and Company (так она называлась до образования Morgan Grenfell в 1910 г.). Пибоди также вынудил Моргана выкупить на невыгодных условиях аренду офиса на Олд-Брод-стрит, 22. Дж. П. Морган-младший писал: "Мой дед всегда говорил, что мистер Пибоди был очень строг к нему в отношении цены аренды". Конечно, гнев Джуниуса Моргана на Пибоди был сглажен необычайной прибылью, которую они разделили - более 444 тыс. фунтов стерлингов, полученных за десять лет. К тому же он унаследовал главный американский банк в Лондоне.