В 1869 г. тридцатидвухлетний Пирпонт был втянут в спор за небольшую железную дорогу на севере штата Нью-Йорк, который закрепил за ним репутацию самоуверенного молодого банкира, не боящегося замарать свои руки. Эта корпоративная борьба станет драматическим примером перехода американского банкира от пассивной фигуры, выпускающей акции для компаний, к сильной, активной силе, управляющей их делами. Линия, о которой шла речь, - Олбани и Саскуэханна протяженностью 143 мили - была небольшой и незначительной. Она имела всего 17 локомотивов и 214 вагонов и проходила через малонаселенные горы Катскилл между Олбани и Бингемтоном (штат Нью-Йорк). Однако она стала ареной борьбы соперничающих сил, когда Джей Гулд решил, что она может способствовать росту состояния его железной дороги Erie Railroad, так называемой "Алой женщины Уолл-стрит". С помощью этой дороги Гулд надеялся продавать пенсильванский уголь в Новую Англию, а также конкурировать с New York Central за грузоперевозки с Великих озер.
С этой целью Гулд скупил пакет акций A&S, заключил союз с диссидентским крылом директоров и добился того, чтобы его любимец судья Джордж Барнард (George C. Barnard) отстранил основателя железной дороги Джозефа Рэмси (Joseph H. Ramsey) от работы в совете директоров. В ответ Рэмси отстранил от работы нескольких сторонников Гулда. В те времена корпоративная война была не просто эвфемизмом, и силы Рэмси и Гулда иногда вступали в прямое противостояние, а не подавали иски и получали судебные запреты. В битве при Саскуэханне Джим Фиск (Jim Fisk), в прошлом цирковой шофер и главный лейтенант Гулда, и его ребята из Бауэри - бандиты, содранные с улиц Нью-Йорка и работавшие на Гулда, - погрузились в поезд, идущий из Бингемтона на восток, и их армия насчитывала около 800 человек. Силы Рэмси погрузили около 450 бойцов на поезд, идущий на запад из Олбани. В кинематографическом финале оба поезда столкнулись в Лонг-Тоннеле под Бингемтоном. Фары были разбиты, один локомотив частично сошел с рельсов, восемь или десять человек были застрелены, прежде чем силы Гулда скрылись. Губернатор Тутс Хоффман вызвал ополчение штата, чтобы остановить кровопролитие.
7 сентября 1869 г., на время сложив оружие, силы Гулда и Рэмси сошлись на ежегодном собрании правления A&S. Рэмси - "маленький седоголовый джентльмен с бледным лицом, весом около 115 фунтов, с очень яркими глазами" - завербовал хриплого Пирпонта, только что вернувшегося из поездки на Запад; Пирпонт купил шестьсот акций дороги для Дабни, Моргана. Зять Пирпонта Герберт Л. Сэттерли позже утверждал, что на встрече 7 сентября Пирпонт сбросил пухлого Джима Фиска с лестницы. Возможно, эта история апокрифична. Но встреча была настолько напряженной, что Рэмси, спрятавший подписные книги на кладбище в Олбани, попросил спустить документы в зал через заднее окно, чтобы они не попали в руки сил Гулда. В конце концов, встреча зашла в тупик из-за противоречивых предписаний, причем каждая из сторон вновь заявила о своем праве на контроль над дорогой на основании двух отдельных выборов.
Под руководством Пирпонта силы Рэмси нашли дружественного судью в городке Дели (штат Нью-Йорк), который с готовностью отстранил сланцы Эри. После этого Пирпонт посоветовал "Рэмси", вернувшим себе контроль, объединить свою железную дорогу с дружественной линией Делавэр и Гудзон, что и было сделано в феврале 1870 года. Урегулировав спор, Пирпонт сделал шаг, который определил его последующие финансовые маневры: он получил не только деньги, но и власть, став директором вновь объединенной железной дороги. Это первое место в совете директоров стало знаком грядущих событий: началась эпоха, когда банкиры входили в советы директоров корпораций и постепенно становились их хозяевами. Членство в совете директоров станет для других банкиров предупреждающим знаком, чтобы они держались подальше от захваченной компании. В 1870-х годах Пирпонт стал рассматривать себя не просто как поставщика денег для компаний: он хотел быть их адвокатом, первосвященником и доверенным лицом. Эта свадьба определенных компаний с определенными банками - "relationship banking" - станет кардинальной особенностью частного банковского бизнеса на протяжении следующего столетия. Это произошло не потому, что банкиры были сильны, а потому, что компании были еще слабы.
Теперь жизнь Пьерпонта была благополучной и устоявшейся. Он получал гигантскую зарплату - 75 000 долларов в год. Они с Фанни жили в доме по адресу 6 East Fortieth Street, через Пятую авеню от Кротонского водохранилища, которое, словно огромная египетская гробница, возвышалось на месте нынешней Нью-Йоркской публичной библиотеки. Дом Морганов был уютным и захламленным, обставленным коврами, тяжелой мебелью из красного дерева и картинами в золоченых рамах, нагроможденными одна на другую. В 1872 году Пирпонт приобрел Крэгстон, загородное поместье на реке Гудзон недалеко от Вест-Пойнта. Трехэтажный белый викторианский дом с разветвленными крыльцами занимал несколько сотен акров живописных речных пейзажей и был ответом Пьерпонта на Дуврский дом Джуниуса. Здесь были конюшни, молочная ферма, теннисные корты и питомники для разведения колли. (Когда колли стали буйными, он перешел на разведение кровного скота). С апреля по октябрь Пьерпонт ездил на Уолл-стрит, пересекая реку на своем паровом катере "Луиза", вмещавшем около восьми человек. Затем он отправлялся на поезде в Манхэттен. Теперь у Морганов было трое детей: Луиза, родившаяся в 1866 году, Джон Пьерпонт-младший, или Джек, родившийся в 1867 году, и Джульетта, родившаяся в 1870 году. Вскоре к ним добавится еще одна дочь, Энн.