При царе Иване Васильевиче, в 1547 г, 21 июня московский дворец сделался жертвою нового, ужаснейшего пожара, который также истребил и всю Москву.
«Загореся храм Воздвижения Честнаго Креста,– говорит летописец,– за Неглинной, на Арбатской улице, на Острове, и бысть буря велика, и потече огнь якож молния, и пожар силен промче во един час Занеглим.енье. И обратится буря на град больший (Кремль)»62.
Здесь, на царском дворе, вспыхнули кровли на палатах и деревянные избы государя. Потом занялись и каменные палаты, украшенные золотом; сгорели также Казенный двор с царской казной, Оружничья палата с воинским оружием, Постельная палата, царская конюшня и даже в погребах под палатами выгорело все, что только было в них деревянного. Не устояла и церковь Благовещения Златоверхая. В ней погибли невозвратно Деисис письма знаменитого иконописца Андрея Рублева, обложенный золотом, и все иконы греческого письма древних великих князей, собранные от многих лет и украшенные также золотом и бисером многоценным, т. е. дорогими каменьями. Летописец снова замечает, что «таков пожар не бывал на Москве, как она стала именоватися великими князьями, славна и честна быти по государству их». Опустошив весь Кремль, пожар перешел и в другие части города и свирепствовал с такою силою, что, по выражению летописца, «железо яко олово разливашеся и мед яко вода растаяваше».
А. Васнецов. Москва при Иване Грозном. Красная площадь
Государь выехал в село Воробьеве и жил там все время, пока в Кремле ставили для него новые деревянные хоромы и возобновляли распавшиеся от огня палаты. Для украшения Благовещенского собора иконами и царских палат стенописанием собраны были из Новгорода, Пскова и других городов иконописцы, которые и восстановили прежнее благолепие царского дворца.
Возобновив дворец, царь увеличил его впоследствии новой пристройкой. В 1560 г. он велел устроить для своих детей «особный двор и хоромы позади Большой Набережной полаты, на взрубе», с храмом Сретения Господня. Потом, в 1565 г., учреждая опричнину, царь задумал было свой особый Опричный дворец выстроить позади дворцовой церкви Рождества Богородицы, там, где были хоромы великой княгини и где стоял Поваренный дворец с разными приспешными палатами, с погребами и ледниками, по самые Куретные ворота63, которые вели на Поваренный дворец. Но замысел этот так и остался замыслом, потому, вероятно, что не совсем согласовался с духом опричнины, который требовал изменения старого порядка, между тем как предполагаемый дворец должен был стоять возле кремлевских палат, оставленных за земщиною64. По крайней мере известно, что царь велел выстроить себе дворец вне Кремля, за Неглинною, на Воздвиженке, напротив кремлевских Ризположенских (ныне Троицких) ворот, на месте, где был двор князя Михаила Темрюковича Черкасского. В этот дворец он и переехал 12 января 1567 г, но жил в нем недолго, потому что любимым его местопребыванием с этого времени была Александрова слобода, откуда он приезжал только для приема иноземных послов и весьма редко для других каких-либо дел. Покинутый царем, этот Опричный дворец сгорел во время нашествия крымского хана Девлет-Гирея, истребившего Москву ужаснейшим пожаром, во время которого сгорел и Кремлевский дворец. Это было в мае 1571 г.