Царь Алексей Михайлович и его вторая жена Наталья Кирилловна. Гравюра с медали
В 1661 г. вместо старой Столовой избы государь выстроил новую и великолепно украсил ее резьбою, золоченьем и живописью в новом заморском вкусе, по вымыслу инженера и полковника Густава Декенпина, который под именем вымышленика приехал к нам в 1658 г.78 Резные, золотильные и живописные работы исполняли уже в 1662 г. также иноземные мастера, большей частью поляки, призванные в Москву во время польской войны, а именно резчики, вырезавшие окна, двери и подволоку (плафон) – Степан Зиновьев, Иван Мировский с учениками, Степан Иванов и живописцы: Степан Петров, Андрей Павлов, Юрий Иванов. В том же 1662 г., 1 апреля, на именины царицы государь справил большое новоселье в этой Столовой79. Подобным же образом была украшена и новая Столовая царевича Алексея Алексеевича, построенная в 1667 г. В 1668 г. ее расписывали живописцы Федор Лидерский, Иван Артемьев, Дорофей Ермолин, Станислав Куткеев, Андрей Павлов; а резали ученики упомянутых выше мастеров, из которых Иван Мировский размеривал для резьбы и живописи подволоку80.
Так же впоследствии украшены были и новые Постельные хоромы, выстроенные царем в 1674 г. На трех плафонах этих хором государь велел написать притчи пророка Ионы, Моисея и об Эсфири. В 1663 г. каменных дел подмастерье Никита Шарутин отреставрировал во дворце соборную церковь Спаса Нерукотворенного Образа и заново переделал трапезу81. Без сомнения, трапеза была расширена по сравнению с прежней, потому что домовый храм Спаса при царе Алексее, жившем в теремных покоях, стал соборным и в этом значении заменил для царского двора древние соборы Спасо-Преображенский, Благовещенский и Сретенский. Примерно в то же время, вероятно, произведены были переделки и в теремном здании. В 1670 г. Передний Верхний двор, или площадка, находившаяся между этими покоями и церковью Спаса, была украшена медной вызолоченной решеткой, запиравшей вход с лестницы, которая вела в Терем с Постельного крыльца. Любопытно, что эта прекрасная решетка, сохранившаяся и доныне, была перелита из медных денег, выпущенных перед тем в народ и наделавших столько неудовольствий, убытков, смут и казней82.
В 1672 г. над зданием Аптекарской палаты был устроен театр, в котором с осени того же года магистр Яган Годфрид показывал комедию, или комидейное действо, со своей труппой из 26 человек комедиантов, мещанских детей83. С этого времени Потешный дворец становится известным как новое особое отделение царского дворца, заменившее упомянутые Потешные хоромы и в особенности Потешную палату, существовавшую до того времени в государевых каменных хоромах именно в подклетном этаже теремного здания84.
Ко времени царя Алексея Михайловича можно отнести и постройку церкви Спасова Нерукотворенного Образа, на сенях у царевен, сестер государя Ирины, Анны и Татьяны, хоромы которых стояли сзади дворца, у Куретных ворот, находившихся со стороны Троицкого подворья и Троицких кремлевских ворот. Церковь эта существовала уже в 1669 г., когда, по случаю смерти царицы Марьи Ильиничны, государь подал в нее сорокоуст для поминовения царицы. Она именовалась в это время: Спас, что словет Новая церковь; Спас Новая церковь, что у Троицкого подворья; также Спас у царевен на Сенях. После стали ее обозначать: что у Куретных ворот, что над Куретными воротами.
В истории государева дворца царствование Алексея Михайловича замечательно потому, что с этого времени в царский дворец вошло много разных изменений, которые до этого или очень мало, или даже совсем не были известны. Важные последствия в этом отношении принесла польская война 1654—1667 гг, когда царь сам лично
«поволил итти на недруга своего и супостата, польского и литовского короля Яна Казимера, за его многие неправды и за крестопреступление».